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有多項(xiàng)研究表明lncRNA與眾多生物學(xué)過程，復(fù)雜疾病相關(guān)，為了進(jìn)一步探究lncRNA在這些生命活動中的具體作用，我們需要對lncRNA的功能進(jìn)行分析。

在生物信息學(xué)中，對于基因功能的挖掘，通常的做法就是利用GO和KEGG等功能數(shù)據(jù)庫，但是這些數(shù)據(jù)庫中都是蛋白編碼基因的功能，為了利用這些數(shù)據(jù)庫中的信息，我們需要在lncRNA與mRNA之間建立起聯(lián)系，常見的思路有以下幾種

通過lncRNA和mRNA之間的相互作用
很多文獻(xiàn)和數(shù)據(jù)庫中都有報(bào)道的lncRNA與mRNA之間相互作用，也可以通過軟件來預(yù)測二者之間的結(jié)合，通過lncRNA的靶標(biāo)mRNA, 來研究lncRNA的功能。

通過lncRNA與mRNA的共表達(dá)
通常認(rèn)為共表達(dá)基因集參與同一通路，或者受到同樣的調(diào)控，具有相似的生物學(xué)功能，利用表達(dá)譜數(shù)據(jù)尋找與lncRNA共表達(dá)的mRNA,從而來研究lncRNA的功能。

通過ceRNA調(diào)控機(jī)制
ceRNA是近幾年很火的一個(gè)概念，指的是各種RNA分子通過競爭性結(jié)合miRNA從而發(fā)揮調(diào)控作用，對于lncRNA而言，通過lncRNA-miRNA-mRNA這種ceRNA機(jī)制，將lncRNA關(guān)聯(lián)到mRNA上來，從而去探究lncRNA的功能。

Co-LncRNA通過分析查找與lncRNA共表達(dá)的mRNA,構(gòu)建lncRNA與mRNA之間的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)，并通過共表達(dá)的mRNA對應(yīng)的GO和KEGG來研究lncRNA的功能，該數(shù)據(jù)庫的網(wǎng)址如下

http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/Co-LncRNA/

從GEO和TCGA中收集了來自28個(gè)組織/細(xì)胞系, 共6500個(gè)樣本的RNA-seq數(shù)據(jù)，然后通過經(jīng)典的 tophat+cufflinks+RSEM策略分別對mRNA和lncRNA進(jìn)行定量，通過斯皮爾曼相關(guān)性分析和線性回歸，分析lncRNA與mRNA之間的共表達(dá)，構(gòu)建lncRNA與mRNA的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)。對于lncRNA, 對其共表達(dá)的mRNA做GO和KEGG富集分析，采用的方法是費(fèi)舍爾檢驗(yàn)，將功能富集的結(jié)果當(dāng)做該lncRNA的注釋，完整流程示意如下

CEGs代表共表達(dá)基因Co-Expressed Genes，通過這個(gè)菜單可以瀏覽共表達(dá)分析的結(jié)果，示意如下

選擇數(shù)據(jù)集和共表達(dá)分析的方法，設(shè)置閾值，通過mRNA或者lncRNA的名字來查找對應(yīng)的共表達(dá)基因，點(diǎn)擊pattern可以查看詳細(xì)的分析結(jié)果，示意如下

通過CEGsFuncs查看lncRNA的共表達(dá)mRNA的功能富集結(jié)果，示意如下

對于KEGG富集的結(jié)果，點(diǎn)擊可以查看具體的通路圖，在通路圖上，會將共表達(dá)的蛋白編碼基因用紅色標(biāo)記，示意如下

通過CEGsNet, 可以查看lncRNA與mRNA的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)，示意如下

該網(wǎng)站還支持上傳自己的lncRNA和mRNA表達(dá)譜，然后進(jìn)行共表達(dá)分析，界面示意如下

該數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)是免費(fèi)下載的，通過該數(shù)據(jù)庫，我們不僅可以查找已有的lncRNA與mRNA的共表達(dá)分析結(jié)果，還可以對自己的數(shù)據(jù)進(jìn)行共表達(dá)分析。

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的Co-LncRNA:lncRNA与蛋白编码基因的共表达网络数据库的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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