snack

Wang Y , Narayanaswamy A , Tsai C L , et al. A Broadly Applicable 3-D Neuron Tracing Method Based on Open-Curve Snake [J]. Neuroinformatics, 2011, 9(2-3):193-217. DIADEM Special Issue 特刊的一篇文章

預處理

1.預處理的第一步 去噪、增強連續性 curvelet and scalar voting algorithm 2.預處理的第二步GVF 計算向量場（這是snack模型中的deforming force）和雅可比矩陣。 3 預處理的第三步 Frangi’s vesselness measure ,這個是利用雅可比矩陣管狀結構。特征值.這個不會增強分支點 4 pre-segmentation 預分割graph-cut segmentation ，vessel-cut。每一個z slice 單獨。 5 預處理最后一步，種子點獲取。有幾種方式，方式1，極值點，極值點沿GVF移動幾次。方式2，骨架化。去除半徑以內的重復點。方式3，local maximal vesselness。 6.所有種子點根據對應的vesselness values排序。

模型

模型是個最小化的模型，包含兩個值。內力和外力。內力控制延伸與否，外力使得其靠近中心線。

特點

雙向追蹤

后處理方法

1. 長度閾值 2. 去除沒有連接到主樹的樹

Tips

If accepted, seed points within a certain user-set distance to this snake are removed from the seed list to avoid repeat tracing.一條snack如果被接收了，那么其一定寬度范圍內的其他種子點都會被移除，防止重復追蹤。

Next, in order to avoid fragmented traces caused by gaps or holes in the foreground, we plan to employ graph-based approaches like minimum spanning tree or perceptual grouping approaches for automatic fragmentation linking.避免因gap或holes提前停止的話，可能需要采用基于圖論的方法或者感知生長的方式。

Leakage (snake growing into the background)到達邊界時disabling the stretching force。k(s)=0

總結

以上是生活随笔為你收集整理的vaa3d_神经元追踪算法介绍之snack_neuron tracing的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網站內容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。