本次使用的Linux系統為Win10的Ubuntu子系統

Q1：

在任意文件夾下面創建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夾系列

mkdir -p 1/2/3/4/5/6/7/8/9

Q2：

在創建好的文件夾下面，比如我的是 /Users/jimmy/tmp/1/2/3/4/5/6/7/8/9 ，里面創建文本文件 me.txt

cd 1/2/3/4/5/6/7/8/9

touch me.txt

Q3：

在文本文件 me.txt 里面輸入內容

Go to: http://www.biotrainee.com/

I love bioinfomatics.

And you ?

vi me.txt

cat me.txt

3

Q4：

刪除上面創建的文件夾 1/2/3/4/5/6/7/8/9 及文本文件 me.txt

cd

ls

rm -r ./1

ls

Q5：

在任意文件夾下面創建 folder1~5這5個文件夾，然后每個文件夾下面繼續創建 folder1~5這5個文件夾

法1

list="1 2 3 4 5"

echo $list

for i in $list; do for j in $list; do mkdir -p folder_${i}/folder_${j};done;done

#sudo apt-get install tree

tree

5

法2

mkdir -p folder_{1..5}/folder_{1..5}

Q6：

在第五題創建的每一個文件夾下面都 創建第二題文本文件 me.txt ，內容也要一樣。

touch me.txt

for i in $list; do cp ./me.txt ./folder_${i}/me.txt; for j in $list; do cp ./me.txt ./folder_${i}/folder_${j}/me.txt;done;done

6

Q7

再次刪除掉前面幾個步驟建立的文件夾及文件

rm -r ./fold*

Q8

wget http://www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed

cat -n test.bed | grep H3K4me3

wc test.bed

8

Q9

wget http://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip

unzip rmDuplicate.zip

tree rmDuplicate

9

Q10

打開第九題解壓的文件，進入 rmDuplicate/samtools/single 文件夾里面，查看后綴為 .sam 的文件，搞清楚 生物信息學里面的SAM/BAM 定義是什么。

SAM(The Sequence Alignment / Map format)為序列比對文件的格式；

BAM為SAM的二進制文件，主要是為了節約空間；可以用samtools工具實現sam和bam文件之間的轉化。

cd rmDuplicate/samtools/single

ls -lh *.sam

head tmp.sam

less -SN tmp.sam

wc tmp.sam

10

Q11

安裝 samtools 軟件

參考文章生物信息學常見1000個軟件的安裝代碼、samtools安裝(已更新) - 簡書、編譯安裝samtools，以及自己的Linux特點，前期需要安裝make、gcc、libbz2-dev、htslib、curl-7.56.0(前三個用CL：apt-get安裝，后兩個需要下載包安裝)

小插曲：之前用linux下載的速度較慢，后來用迅雷下載到電腦桌面，再copy到ubuntu子系統里。可以建立快捷方式In -s /mnt/c/Users/Dell/Desktop ./Desktop

#為最后設置環境變量做準備

cd ./biosoft/mybin

echo 'export PATH=/home/li/biosoft/myBin/bin:$PATH' >>~/.bashrc

source .bashrc

#準備安裝

cd ./biosoft/samtools

#wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.3.1/samtools-1.3.1.tar.bz2

# wget https://sourceforge.net/projects/samtools/files/latest/download

cp ./Desktop/samtools-1.3.1.tar.bz2 ./

tar xvfj samtools-1.3.1.tar.bz2

cd samtools-1.3.1

./configure --prefix=/home/li/biosoft/myBin

make

make install

11

安裝這個samtools軟件還是花費了挺長時間，會出現各種想不到的錯誤，然后再逐一解決或者換種思路。現在想想conda真是太方便了。

Q12

打開 后綴為BAM 的文件，找到產生該文件的命令。提示一下命令是：/home/jianmingzeng/biosoft/bowtie/bowtie2-2.2.9/bowtie2-align-s --wrapper basic-0 -p 20 -x /home/jianmingzeng/reference/index/bowtie/hg38 -S /home/jianmingzeng/data/public/allMouse/alignment/WT_rep2_Input.sam -U /tmp/41440.unp

samtools view -h tmp.sorted.bam | grep CL

12

Q13

根據上面的命令，找到我使用的參考基因組 /home/jianmingzeng/reference/index/bowtie/hg38 具體有多少條染色體。

有點未理解這個題目是什么意思

samtools view -h tmp.rmdup.bam | grep SN | wc

samtools view -h tmp.rmdup.bam | grep SN | cut -f 2 | sort | uniq -c

Q14

上面的后綴為BAM 的文件的第二列，只有 0 和 16 兩個數字，用 cut/sort/uniq等命令統計它們的個數。

samtools view -h tmp.rmdup.bam | grep -v "^@" > tmp.txt

cut -f 2 tmp.txt | sort | uniq -c

14

Q15

重新打開 rmDuplicate/samtools/paired 文件夾下面的后綴為BAM 的文件，再次查看第二列，并且統計

cd ../paired/

samtools view -h tmp.rmdup.bam | grep -v "^@" > tmp.txt

cut -f 2 tmp.txt | sort | uniq -c

15

Q16

wget http://www.biotrainee.com/jmzeng/sickle/sickle-results.zip

unzip sickle-results.zip

tree sickle-results

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Q17

解壓 sickle-results/single_tmp_fastqc.zip 文件，并且進入解壓后的文件夾，找到 fastqc_data.txt 文件，并且搜索該文本文件以 >>開頭的有多少行？

unzip single_tmp_fastqc.zip

cd single_tmp_fastqc/

grep -c "^>>" fastqc_data.txt

# 24

Q18

下載 http://www.biotrainee.com/jmzeng/tmp/hg38.tss 文件，去NCBI找到TP53/BRCA1等自己感興趣的基因對應的 refseq數據庫 ID，然后找到它們的hg38.tss 文件的哪一行。

grep -n NM_000546 hg38.tss #TP53第一個refseq的ID

17-2

Q19

解析hg38.tss 文件，統計每條染色體的基因個數。

cut -f 2 hg38.tss | sort | uniq -c | sort -r | head -20

19

Q20

解析hg38.tss 文件，統計NM和NR開頭的熟練，了解NM和NR開頭的含義。

NM 為轉錄產物序列，即成熟mNA轉錄本序列；

NP指蛋白產物，主要是全長轉錄組氨基酸序列，但也有一些自由部分蛋白質的部分氨基酸的序列。

cut -f 1 hg38.tss | cut -c 1-2 | sort | uniq -c

20

總結

以上是生活随笔為你收集整理的Linux零基础作业,Linux作业1--基础20题的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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