Windows7環境下Circos使用教程

一、下載安裝軟件包

1.strawberry perl 因為Circos軟件是依賴perl語言編譯環境的，但是windows環境下默認是沒有perl的，所以需要先安裝perl編譯環境才能正常運行Circos。

(1).下載perl軟件地址：http://www.perl.org。然后選擇download菜單。

(2).進入download菜單頁面，會有三種操作系統的下載文件，我們選擇windows，推薦下載strawberry perl這個版本。

(3).點擊鏈接，會跳轉到另一個下載頁面，這時要根據自己機器是32位還是64位選擇下載正確版本。

(4).運行.msi文件，然后在控制臺cmd中輸入測試命令：perl -v，如果能正確輸出版本信息，說明安裝成功。

2.Circos

(1).訪問http://circos.ca/，選擇software菜單。

(2).選擇子菜單，download菜單。

(3).進入download有比較多版本可以選擇，而且也有一些輔助軟件，可以只選擇最新版本下載。這個是壓縮文件，解壓即可使用不需要安裝。

3.必要模塊

要能正常運行Circos，還依賴一些必要的模塊，這里列出的是基本模塊，如果運行例程時提示miss the Perl module ***，就需要自己手動下載缺失的模塊。如下圖錯誤就是缺失了必要的模塊Statistics::Basic，需要下載。

(1).訪問http://www.cpan.org/，在search里面輸入你缺失的模塊名稱，然后search。

(2).選擇第一個搜索結果。

(3).下載這個模塊。這是一個待解壓的文件，需要解壓兩次，然后我們找到這里面的所有的.pm文件，一般來說都在根目錄和lib中，但是也有例外，比方說Statistics::Basic這個模塊就在Basic文件夾下，這也是為什么用strawberry perl的cpan控制臺使用get、make、instal命令下載安裝了這個模塊，但是運行還是提示缺失這個模塊的原因。

(4).把模塊的.pm文件放到Circos的lib文件夾中。需要注意的是，類似上面的Statistics::Basic要現在lib文件夾中先創建一個文件夾Statistics，然后再把Basic的.pm文件拷到Statistics文件夾中。重復1-4步操作，把其他基本模塊下載下來，然后拷貝到lib文件夾下，如下圖目錄所示。

(5).編譯步驟,在cpan上下載需要的模塊,比如Win32::SerialPort,一般是gz格式的，用rar解壓就行。解壓后在cmd中進入這個目錄(簡單的dos命令應該知道吧),就用常見的方法:
perl Makefile.pl
gmake
gmake test
gmake install

注意： 如果module中沒有Makefile.pl文件，只有Build.pl文件,則用以下命令：

perl Build.PL
.Build && .Build test
.Build install

(6) 驗證安裝結果：

cmd下運行： perldoc 模塊名

出現文檔介紹內容時，安裝成功

或者使用命令“instmodsh” 查詢系統所有安裝的Module

(6) 測試用例命令行：perl f:soft oolboxcircos-0.69-6circos-0.69-6incircos -conf f:soft oolboxcircos-0.69-6circos-0.69-6exampleetccircos.conf; 這句命令可以這么理解，perl是命令頭，這個很好理解，就是使用perl進行編譯執行；這個命令現在后面有三個參數，第一個是指使用bin文件夾下的circos來運行這條命令；第二個參數是一個描述，指編譯執行conf文件；最后一個參數就是具體的.conf文件的具體位置。我們打開etc這個文件夾，可以看到還有很多其他的.conf文件，這些文件其實都是circos.conf的依賴項，我們可以打開circos.conf看到有很多<<include ***.conf>>的語句，這可以理解為依賴這個.conf文件。執行成功，我們可以從控制臺看到花費時間，同時在根目錄會生成一幅circos.png圖片。PS: 執行命令行前，需要將目錄更換至存圖片的路徑, 如下圖所示，“C:Usersheyi9”就是生成圖片的存儲路徑。

(7) 這里建議使用perl .incircos -conf .exampleetccircos.conf -outputdir output -outputfile circos.png命令，這個與之前不同的是加了幾個參數，分別是輸出圖片的文件夾名稱，這里是用output代替的，另一個是輸出文件名稱，這里是用circos.png代替的，這兩個都是可以自己設定的。默認不設定的話，就是在根目錄下circos.png，這樣就會覆蓋掉以前例程產生的圖片，所以輸出圖片最好不要同名。

二、使用官網上其他例程

這里還下載了其他的官網例程，但是測試通過了幾個，還有一些依然有錯誤，還有待學習。

(1).訪問http://circos.ca/documentation/tutorials/quick_start/，可以看到有9個工程例程。

(2).這里以第三個為例，點擊第三個鏈接。可以看到有三個菜單，Lesson、image和configuration。第一個是簡單說明；第二個是運行結果產生的圖片；第三個是配置文件，也是最核心的代碼部分。

(3).我們可以簡單的按照configuration里面的文件，在原工程的基礎上直接修改。這里configuration需要設置三個文件：circos.conf、ideogram.conf和ticks.conf。我們直接復制粘貼到原工程里面的文件里(也可以重新新建文件夾，然后自己手動添加這三個文件)，然后執行即可。這里建議使用perl .incircos -conf .exampleetccircos.conf -outputdir
output -outputfile circos.png命令，這個與之前不同的是加了幾個參數，分別是輸出圖片的文件夾名稱，這里是用output代替的，另一個是輸出文件名稱，這里是用circos.png代替的，這兩個都是可以自己設定的。默認不設定的話，就是在根目錄下circos.png，這樣就會覆蓋掉以前例程產生的圖片，所以輸出圖片最好不要同名。

注意：

1、部分摘錄來自：海牛寶寶愛學習的CSDN博客（https://blog.csdn.net/jishucai/article/details/45476511）

2、perl module下載地址：https://metacpan.org/

3、需要安裝哪些module，請看此鏈接：https://www.plob.org/article/1187.html

4、一定補充要安裝Number::Format （下載連接：https://metacpan.org/pod/Number::Format）

總結

以上是生活随笔為你收集整理的学习笔记17—circos安装集（window环境）的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網站內容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。