CESM2相比CESM1_2_2更新了很多，尤其是我要用的CAM-chem，所以打算重新porting。一開始一點也不懂自己瞎搞，一直理不清頭緒，網頁太多，自己看來看去抓不到重點。后來請教了一位師姐，磕磕絆絆各種弄環(huán)境、debug，弄了好久，終于測試通了第一個case，哇哇哭出來。。。這會兒來做些筆記，就記錄一下最核心的流程。

我這里是在曙光機器LASG上移植。

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step1：下載CESM2 code

官方網址：https://escomp.github.io/CESM/release-cesm2/downloading_cesm.html

用git clone就可以

checkout_externals這個步驟一定要的，否則下載下來的包是不完整的。

這里有個需要注意的地方：如果在windows環(huán)境中git clone下來的CESM2再上傳到LINUX下，很多文件下下來是dos文本文件（用vi編輯器打開:set ff查看；:set ff=unix可以改為unix文件），在linux下讀文件就會報錯。用：set ff=unix可以把文件類型改過來，但指不定哪個讀取又有問題。

所以最好是找個linux系統(tǒng)再git clone。真的這樣會少很多bug！

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step2: 設置環(huán)境變量: 修改.bashrc

CESM需要很多庫和環(huán)境支持。http://esmci.github.io/cime/versions/master/html/users_guide/porting-cime.html

1. 一個MPI運行環(huán)境

2. 編譯工具：gmake,cmake

3.netcdf庫4.3版或更高版本

因為CIME是基于python的框架，python當然是必不可少的。

編譯器intel或gnu，hdf5…這些最基本的服務器配置就不用說了。

不過在超算中心大部分庫可以用module load,下面是曙光為例我load的庫。其中perl很重要，很多bug問題可能就是perl沒裝對。

如果是個人機器或組內服務器，恕我不才，這些庫估計我也搞不定。。。也許可以參考下這個：https://blog.csdn.net/qq_37512669/article/details/87915996

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step3: 改3個xml文件：config_machines.xml,config_compilers.xml,config_batch.xml

tutorial里面有個special talk可以參考：http://www.cesm.ucar.edu/events/tutorials/2019/files/Specialized-edwards.pdf

CESM2包如果已經安裝到自己機器上的話，這三個xml文件位于~/cesm2/cime/config/e3sm/machines路徑下

官方文件可在這里查看：http://esmci.github.io/cime/versions/master/html/xml_files/cesm.html#cimeroot-config-cesm-machines

config_machines.xml:用戶自定義的機器描述。

config_compilers.xml:用戶自定義的編譯器介紹。

config_batch.xml:用戶批處理系統(tǒng)介紹。

這三個文件根據機器不同，設置也不同。需要按機器的配置來設置和多次調試（就是先進行step4,發(fā)現(xiàn)哪兒報錯了又回來改這幾個文件）。

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step4: 運行四個步驟：create case（生成）, setup（設置）, build（編譯）, run（運行）

官方網址：https://escomp.github.io/CESM/release-cesm2/quickstart.html

step4就到模式工作流了，流程和之前寫的CESM1_2_2（https://blog.csdn.net/qq_27984679/article/details/107099940）基本是一樣的，但是一些compset的名稱變了，以及*.xml中的設置有變化。

舉個例子：

./create_newcase --case /public1/home/pku_jingli2/CESM/cesm2/cime/scripts/FCHIST --compset FCHIST --res f19_g17 --mach hpccube --compiler intel --run-unsupportedcd FCHIST/./case.setup./case.build

(這里先去下inputdata，看step5)

./case.submit

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step5: 下載inputdata

因為大部分的機器不能連外網，所以check_inputdata --download的功能一般用不了，需要自己去重新下載這些inputdata。

inputdata數(shù)據網址：https://svn-ccsm-inputdata.cgd.ucar.edu/trunk/inputdata/

在./case.build之后，在$case/Buildconf下會生成各個模塊需要的input文件，在*list里面。

用python把all_list.txt轉成all_list-short.txt(去掉等號“=”和等號前面的字符)就可以得到文件網址列表

f = open('all_list.txt', 'r') f1 = open('all_list-short.txt','w') for (num,value) in enumerate(f):print ("line number", num+1, "is:", value)head,sq,tail=value.partition('=')print ("line number", num+1, "is:", tail)f1.write(tail) f1.close() f.close()

在linux下用wget下載比較方便：

wget --no-check-certificate -c -i all_list-short.txt

下完之后再上傳到inputdata目錄下，由于inputdata下面子目錄太多，手動太麻煩而且容易出錯。下面的代碼就是移動文件到對應正確的目錄，如果該目錄不存在就先創(chuàng)建一個。

f = open('all_list-short.txt', 'r') for (num,value) in enumerate(f):print ("line number", num+1, "is:", value)head,sq,tail=value.partition('inputdata/')list0=tail.strip().split('/')list1=list0[0:-1]str0='/'directory='./'+str0.join(list1)print(directory)if not os.path.exists(directory):os.makedirs(directory)filename=list0[-1].strip()if not os.path.exists(filename):print(filename+' do not exist')continueprint(filename+' do exist, begin move')os.popen('mv '+filename+' '+directory) f.close()

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核心流程就是上面幾個步驟，step2,3是最重要的，不過我講的有點少，因機器而異，主要我自己也是半桶水，就是記錄一下核心流程，有個概念。

相關教程指路：

1.?CESM移植方法-記錄：https://blog.csdn.net/qq_37512669/article/details/87915996（這個有記錄安裝各種庫）

2.CESM1.2.2移植攻略：http://bbs.06climate.com/forum.php?mod=viewthread&tid=49077（這個有推薦一個startman來安裝各種庫，看著蠻好的，雖然我沒用過）

總結

以上是生活随笔為你收集整理的CESM2笔记——porting-新机器移植的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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