我是python的新手，在過去的一周里我一直在努力解決這個(gè)問題，有人能幫我解決這個(gè)問題，這對完成我的項(xiàng)目很有幫助。在

我試著根據(jù)給定序列的用戶輸入進(jìn)行單一突變及其2,3組合：

輸入順序：&gt；PEACCEL

用戶突變輸入文件：

E2R

C4W

E6G型#!/usr/bin/python

import getopt

import sys

import itertools as it

from itertools import groupby

def main(argv):

try:

opts,operands = getopt.getopt(sys.argv[1:],'i:m:o:'["INPUT_FILE:=","MUTATIONFILE:=","OUTPUT_FILE:=","help"])

if len(opts) == 0:

print "Please use the correct arguments, for usage type --help "

else:

for option,value in opts:

if option == "-i" or option == "--INPUT_FILE:":

seq=inputFile(value)

if option == "-m" or option == "--MUTATION_FILE:":

conA=MutationFile(value)

if option == "-o" or option == "--OUTPUT_FILE:":

out=outputName(value)

return seq,conA

except getopt.GetoptError,err:

print str(err)

print "Please use the correct arguments, for usage type --help"

def inputFile(value):

try:

fh = open(value,'r')

except IOError:

print "The file %s does not exist \n" % value

else:

ToSeperate= (x[1] for x in groupby(fh, lambda line: line[0] == ">"))

for header in ToSeperate:

header = header.next()[1:].strip()

Sequence = "".join(s.strip() for s in ToSeperate.next())

return Sequence

def MutationFile(value):

try:

fh=open(value,'r')

content=fh.read()

Rmcontent=str(content.rstrip())

except IOError:

print "The file %s does not exist \n" % MutFile

else:

con=list(Rmcontent)

return con

def Mutation(SEQUENCES,conA):

R=len(conA)

if R>1:

out=[]

SecondNum=1

ThirdChar=2

for index in range(len(conA)):

MR=conA[index]

if index==SecondNum:

SN=MR

SecondNum=SecondNum+4

if index==ThirdChar:

TC=MR

ThirdChar=ThirdChar+4

SecNum=int(SN.rstrip())

MutateResidue=str(TC.rstrip())

for index in range(len(SEQUENCES)):

if index==SecNum-1:

NonMutate=SEQUENCES[index]

AfterMutate=NonMutate.replace(NonMutate,MutateResidue)

new=SEQUENCES[ :index]+AfterMutate+SEQUENCES[index+1: ]

MutatedInformation= ['>',NonMutate,index+1,MutateResidue,'\n',new]

values2 = ''.join(str(i)for i in MutatedInformation)

if __name__ == "__main__":

seq,conA=main(sys.argv[1:])

Mutation(seq,conA)

這是我程序的一部分，我把(2，4，6)的R，W，G替換為E，C，E，然后將這些替換的字母存儲到名為R的變量中，這個(gè)變量包含三行這：在

^{pr2}$

現(xiàn)在，我想把這三個(gè)單一突變組合成2和3。

這就像一個(gè)系有兩個(gè)突變，一個(gè)系有三個(gè)突變。在

示例和預(yù)期輸出如下：2C

PrAwCEL

PrACCgL

PEAwCgL

3C

PrAwCgL

算法

他是我代碼的一部分，所以我將解釋我的算法

1.我讀了突變文件，其中(E)是氨基酸字母，它是(2)輸入序列PEACCEL的位置，第三個(gè)字母(R)是E2將成為R

2.因此，首先我從用戶突變文件中提取位置和第三個(gè)變量，并將它們存儲到變量SecNum和MutateResidue(thirdchar)。在

3.然后，我用循環(huán)按索引讀取一個(gè)序列(PEACCEL)，然后無論哪個(gè)索引與SecNUm(E2，4，6)相匹配，我將這些序列替換為突變文件(2R，4W，6G)中第三個(gè)字符的突變殘基

4.最后，我用這條線將變異殘基索引與其他殘基連接起來：(new=SEQUENCES[：index]+AfterMutate+SEQUENCES[index+1:]

提前謝謝

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的字母组合如何用python实现_如何将特定字母组合成两个或两个以上？的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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