今年1月2023 Nucleic Acids Research Database Issue上線，包含178 篇涉及生物學和相關領域的論文：其中90篇論文報告了新數據庫；82篇更新了該期先前發表的資源；6篇提供了最近在其他期刊發表的數據庫的更新。

2023NAR特刊-單細胞數據庫合輯

ABC Portal

ABC portal是ABC研究計劃的重要組成部分，共計收錄了國際上公開發表的198套人和小鼠的血液/免疫相關的單細胞轉錄組數據集，涉及文獻150篇，涵蓋了血液/免疫細胞的發育、分化和疾病相關的大量數據，數據來源覆蓋了骨髓、外周血、胎肝等各種造血組織。為了方便用戶對數據進行探索分析，所有數據都使用人工矯正后的單細胞參考數據進行了統一注釋。

ABC portal提供基于網頁的交互式分析模塊，可進行基因表達、細胞比例、細胞相互作用和疾病相關的基因特征分析。特別是，ABC portal支持基于樣本信息的個性化的樣本篩選，細胞類型篩選，并對篩選后的數據進行進一步分析；支持跨數據集的比較分析。交互設計簡潔易操作，分析內容多樣，并且可以設置個性化參數以滿足不同的數據分析目的。

數據庫地址：

👉 http://abc.sklehabc.com

AgeAnno

AgeAnno是一個綜合性的數據庫，旨在通過使用scRNA-seq和scATAC-seq測序數據為人類不同組織細胞類型的衰老相關基因提供全面的特征。

當前版本的AgeAnno包含來自28個健康組織樣本的1678610個細胞，年齡從0到110歲不等。開發團隊從以往的資源中收集了5580個衰老相關基因，并對細胞環境進行了動態功能注釋。對于scRNA-seq數據，開發團隊進行了包括差異基因表達、基因變異系數、細胞通信網絡、轉錄因子(TF)調節網絡和免疫細胞比例的分析。AgeAnno還提供差異染色質可及性分析，motif/TF富集和足跡分析，以及scATAC-seq數據的共同可及性峰值分析。我們還提供針對衰老相關基因的疾病和藥物。AgeAnno將成為系統表征人類不同組織細胞類型中衰老相關基因的獨特資源，有助于抗衰老和衰老相關疾病的研究。

數據庫地址：

👉 https://relab.xidian.edu.cn/AgeAnno/#/

HTCA

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HTCA是一個基于web的交互式健康人類單細胞轉錄組圖譜，包含19個成人組織及其匹配的胎兒組織，展示了跨組織的所有細胞類型的不同和深入的轉錄組圖譜。HTCA也是一個單細胞剪接變異圖譜，包含16個成人和胎兒組織的異構體表達譜。同時，HTCA作為一個多組學單細胞圖譜，包含來自空間轉錄組的11個成人和胎兒組織的表型特征，以及來自scATAC-seq的27個成人和胎兒組織的表型特征。

HTCatlas提供了 9 種在線分析工具，供用戶執行典型scRNA-seq分析中的主要步驟。通過提供對人類轉錄組譜的快速和簡單的探索，旨在為世界各地的研究人員提供有價值的見解，以了解胎兒和成年人群組織中細胞類型的多組學概況。同時，圖譜的廣泛分析特征可以為研究人員快速識別自有單細胞數據中的表型特征提供一個快速而簡單的解決方案。

數據庫地址：

👉 https://www.htcatlas.org

HUSCH

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Human Universal Single Cell Hub(HUSCH)是一個scRNA-seq數據庫，用于分析和可視化不同組織中的人類基因表達。HUSCH數據庫包括來自7個不同平臺的45個人體組織的185個數據集。HUSCH中的所有數據均采用標準工作流程進行統一處理、注釋和分析。

HUSCH為用戶提供了兩種探索路徑：組織探索和數據集挖掘。在數據集模塊中，HUSCH為每個細胞類型簇提供交互式基因表達可視化、差異表達分析、功能分析、轉錄調節因子預測和細胞間相互作用分析等。在組織模塊中，HUSCH集成了不同的數據集，并進行了數據整合、批次校正和細胞類型統一，從而提供了基于來自多個來源和平臺的單細胞數據集的組織內部基因表達可視化和分析。HUSCH提供了用戶友好的探索界面，用戶可以搜索、可視化、分析和下載人體組織圖譜的單細胞基因表達。

數據庫地址：

👉 http://husch.comp-genomics.org

SPEED

SPEED是一個覆蓋127個物種的單細胞數據庫，旨在更好地理解和利用所有目前已知的多個物種的 scRNA-seq 數據集，讓研究界通過一個用戶友好的界面免費訪問關于跨物種進化、發育和疾病的單細胞數據。

SPEED分別在“Pan”、“Evo”、“Devo”和“Diz”模塊中提供了關于泛物種、進化、發育和疾病的單細胞圖譜。“C2C”、“G2G”和“S2S”三個分析模塊允許探索細胞間通訊、基因間串擾和跨物種分子進化。最后四個功能模塊“sSearch”、“sUp”、“sDown”和“sMarker”分別允許用戶檢索特定數據集、獲取不同細胞類型的共同標記基因、自由上傳和下載單細胞數據集。

數據庫地址：

👉 http://speedatlas.net

CNGBdb時空組、單細胞數據庫

STOmicsDB

STOMICS DataBase是一個與時空組學主題相關的綜合平臺，通過對公共數據庫的6000多篇文獻進行數據挖掘，聯合時空數據匯交系統，策劃了140個時空組學數據集，收錄超1000張時空切片數據。

STOMICS DataBase提供一站式服務，包括：文獻追蹤→ 數據獲取→ 可視化探索 → 在線分析 →? 數據歸檔→ 時空專輯數據庫發布，覆蓋時空組學數據全生命周期。目前其已支撐Nature、Science、Cell在內的11篇文章發表，包括【時空組學聯盟第一批生命發育時空圖譜】覆蓋小鼠、斑馬魚、果蠅、擬南芥四種模式生物胚胎或器官發育，【蠑螈腦再生時空圖譜】等。

數據庫地址：

👉 https://db.cngb.org/stomics/

CDCP

CDCP是一個單細胞數據集成、共享、分析的綜合平臺。其主要功能包括：1. 用戶可以在線獲取CDCP收錄數據集中樣本的詳細信息，并允許下載每個單細胞數據集的原始序列和表達矩陣；2. 與UCSC單細胞瀏覽器和ASAP等其它平臺不同，CDCP提供了一個共享和集成單細胞轉錄組學數據集平臺，并允許用戶上傳數據，可以實時更新；3. CDCP允許使用tSNE細胞降維圖、不同細胞類型的聚類分析圖以及顯示不同細胞類型數量的直方圖對每個單細胞數據集進行可視化，其中多個基因在不同細胞類型或簇中的表達模式可通過聚類圖和小提琴圖顯示。此外，CDCP還提供一個用戶友好的分析流程，通過提供單細胞表達矩陣，用戶可以在線對感興趣的細胞數據集進行重新分析，包括數據質控、注釋高度可變基因、降維/聚類、分析用于表征群體特征的標記基因等。

數據庫地址：

👉 https://db.cngb.org/cdcp/

首發公號國家基因庫大數據平臺

參考文獻

[1] Gao,X., Hong,F., Hu,Z., Zhang,Z., Lei,Y., Li,X. and Cheng,T. (2022)ABC portal: a single-cell database and web server for blood cells.Nucleic Acids Res., https://doi.org/10.1093/nar/gkac646.

[2] Huang,K., Gong,H., Guan,J., Zhang,L., Hu,C., Zhao,W., Huang,L.,Zhang,W., Kim,P. and Zhou,X. (2022) AgeAnno: a knowledgebase ofsingle-cell annotation of aging in human. Nucleic Acids Res.,https://doi.org/10.1093/nar/gkac847.

[3] Pan,L., Shan,S., Tremmel,R., Li,W., Liao,Z., Shi,H., Chen,Q.,Zhang,X. and Li,X. (2022) HTCA: a database with an in-depthcharacterization of the single-cell human transcriptome.Nucleic Acids Res., https://doi.org/10.1093/nar/gkac791.

[4]?Shi,X., Yu,Z., Ren,P., Dong,X., Ding,X., Song,J., Zhang,J., Li,T. andWang,C. (2022) HUSCH: an integrated single-cell transcriptomeatlas for human tissue gene expression visualization and analyses.Nucleic Acids Res., https://doi.org/10.1093/nar/gkac1001.

[5]?Shi,X., Yu,Z., Ren,P., Dong,X., Ding,X., Song,J., Zhang,J., Li,T. andWang,C. (2022) HUSCH: an integrated single-cell transcriptomeatlas for human tissue gene expression visualization and analyses.Nucleic Acids Res., https://doi.org/10.1093/nar/gkac1001.

[6]?Xu Z, Wang W, Yang T, et al. STOmicsDB: a database of Spatial Transcriptomic data[J]. bioRxiv, 2022.

[7]?Li Y, Yang T, Lai T, et al. CDCP: A visualization and analyzing platform for single-cell datasets. J Genet Genomics. 2021 Dec 29:S1673-8527(21)00374-X.

總結

以上是生活随笔為你收集整理的2023NAR数据库特刊：单细胞数据库合辑的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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