大家好，我是小馬老師。

本文介紹從dump文件導出data文件的方法。

在lammps模擬中，可能會遇到從前一個模擬dump文件中提取data文件的情況。

平常用的最多的方法是用ovito打開dump文件，點擊“file”-“export file”的方式導出data文件。

如果模擬的體系沒有鍵角，用這種方式是可以的，但如果模擬的是聚合物體系，用這種方法導出的data文件只有原子坐標，沒有鍵角等信息。

顯然，這樣導出的data文件無法作為下一步模擬的data文件。

下面介紹一種方法，可以很方便的從dump文件中導出包含鍵角信息的data文件。

使用的軟件還是python和ovito模塊。

python ovito模塊不僅可以一次性的讀入dump文件，也可以分別讀入包含鍵角信息的拓撲文件和包含模擬結果的軌跡文件。

在本例中，包含鍵角的拓撲文件可以用初始結構文件pp.data，軌跡文件就是模擬產生的dump.xyz文件。

讀入代碼為：

pipeline = import_file("pp.data") traj_mod = LoadTrajectoryModifier() traj_mod.source.load('dump.xyz') pipeline.modifiers.append(traj_mod)

讀入以上兩個文件后，使用export_file（）命令輸出data文件。

export_file(pipeline, "output.data", "lammps/data", atom_style="full")

打開output.data文件可以看到，data文件包含鍵角信息：

在ovito中也可以看到鍵連接情況：

所有代碼為：

from ovito.io import import_file, export_file from ovito.modifiers import LoadTrajectoryModifier #讀入結構和軌跡文件 pipeline = import_file("pp.data") traj_mod = LoadTrajectoryModifier() traj_mod.source.load('dump.xyz') pipeline.modifiers.append(traj_mod) #輸出data export_file(pipeline, "output.data", "lammps/data", atom_style="full")

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公眾號：lammps加油站

總結

以上是生活随笔為你收集整理的lammps教程：如何从dump文件导出带键角的data文件的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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