透射電鏡兩大圖像格式，dm3和ser，分屬Gatan和ThermoFisher（原FEI）。Gatan放出了公開版的GMS，可以免費使用和轉換dm3格式為tif，但是ThermoFisher就很摳，離了電鏡沒有公開的TIA軟件可用于處理和轉換圖像，已知的一些破解版本都很老舊。

現在試出一種方法，用ImageJ軟件配合插件去批量將ser文件轉換成jpg文件，就可以進行后續處理了。

ImageJ軟件版本很重要，版本不對，插件里使用的函數識別不出來，已知Fiji版本（https://fiji.sc/）可以滿足需求，注意下載后Fiji文件夾放置路徑不能有中文名。

使用方法：

1.下載Fiji

2.下載TIA_reader.jar?插件放入plugins文件夾

3.下載TEM_Ser_dm3_Folder_Export.ijm插件放入plugins文件夾

4.在ImageJ的plugins下面找到TEM_Ser_dm3_Folder_Export即可使用。

感謝“我不是龍哥”文章的幫助，以下為“我不是龍哥”原文原版轉載

https://www.bilibili.com/read/cv10923101

我們拿到的透射電鏡原始數據格式，主要是TIA拍攝的.ser（.emi為TIA內部格式，第三方軟件不可讀）以及DM拍攝的dm3格式。對于dm3格式轉成普通圖片比較容易，因為新版DM已經免費，網上也還有各種舊版可以搜到。然而.ser格式對于部分同學可能還是比較麻煩，雖然也有TIA安裝包和教程（鄙人也上傳過，需要的可以自行查看），但是還是有部分人會裝不上。

????那么還有沒有其他軟件可以實現將.ser直接轉換成圖片呢？當然是有的，那就是Image J。其實這也是一個功能強大的軟件，可以添加各種插件，功能很多，我們利用它可以將.ser文件批量轉為圖片。下面介紹怎么使用Image J進行.ser文件讀取和批量轉換。

軟件下載地址：https://imagej.nih.gov/ij/download.html

Image J軟件下載頁面，選擇對應系統版本下載即可。
插件下載地址：https://imagej.nih.gov/ij/plugins/index.html#io

插件下載頁面
對于我們處理dm3和ser文件，只需要下載TIA Reader就行了，其他插件可以自行探索。將下載的軟件壓縮包解壓，把下載的TIA Reader插件復制到文件夾：ImageJ\plugins\Input-Output。此時直接運行Image J文件夾下的Image J.exe就可以打開軟件：

Image J 軟件主界面
可以看到Plugins->Input-Output下有了TIA Reader插件：

Input-Output下TIA Reader插件
利用TIA Reader便可以直接打開ser格式TEM圖片：

Image J打開ser格式圖片窗口，雖然沒有標尺，但是窗口頂部有整張圖片的尺寸信息，利用這個信息便可以添加標尺。
可以看到Image J還自帶了dm3插件，因此也可以直接讀取dm3格式TEM圖片。下一步我們講如何實現批量轉換。批量轉換需要添加另一個插件，該插件可以將文件夾下的ser和dm3文件同時轉換為普通圖片，名稱為TEM_Ser_dm3_batch_convert.ijm，插件由github上IMBalENce發布，原地址：https://github.com/IMBalENce/EM-tool。部分愿意折騰的同學可以在文末獲取該插件源碼，將源碼復制到文本文檔中便可進行修改調試，然后將名稱及后綴修改為TEM_Ser_dm3_Folder_Export.ijm，同樣復制到文件夾ImageJ\plugins\Input-Output。不愿麻煩的直接下載（鏈接：https://pan.baidu.com/s/1gcCW2sW4_01knRis7Hvc3Q
提取碼：2ueq 復制這段內容后打開百度網盤手機App，操作更方便哦），然后復制到對應文件夾，重啟軟件就可以看到該插件：

TEM_Ser_dm3_Folder_Export
好了，這回愉快地進行批量格式轉換吧！點擊插件后選擇源文件夾和導出目標文件夾：

選擇源文件夾和導出目標文件夾，可以復制目錄填入
軟件會自動完成轉換，轉換出的圖片標尺信息在文件名末尾，為整圖橫向尺寸信息。如下圖所示：

導出圖片尺寸信息在文件名末尾，為整圖尺寸
（說明：試用過程發現轉換為tif格式會出現圖片襯度不對，即整圖全黑。因此，此處給出的插件已經自行修改為導出jpg格式，如果需要其他格式請自行研究。

注意：如果數據中有EDS面掃和線掃，請將對應的文件先拿出再進行轉換，否則插件會讀取每個點的譜圖造成速度緩慢，不過沒有其他問題。）

TEM_Ser_dm3_batch_convert插件源碼：

// Batch convert TIA or Gatan dm3 image file to tiff
// by Zhou XU
// 2020/05/05
// at Monash Centre for Electron Microscopy
// Windows 10 Enterprise Ver. 1803
// ImageJ ver. 1.52p

List.setCommands;
if (List.get("TIA Reader")!="") {
????// Check to make sure TIA reader plugin is installed
????//open directory of images
????input = getDirectory("location where images are stored");
????output = getDirectory("Location for results");

????// determine number of Files of given FileFormat
????list = getFileList(input);
????ImgNumber=0;
????for (i=0; i<list.length; i=i+1) {
????????if (endsWith(list[i], ".ser")) {
????????????ImgNumber=ImgNumber+1;
????????????filename = input + list[i];
????????????print(filename);
????????????run("TIA Reader", ".ser-reader...=filename");
???
????????????// get the pixel size and unit of image, TIA reader should have set the scale when import in
????????????getPixelSize (unit, pixelWidth, pixelHeight);
????????????imageWidth = getWidth();
????????????HFW = imageWidth * pixelWidth;
???
????????????filename_short = substring(list[i], 0, lastIndexOf(list[i], "."));
????????????exportFile = output + filename_short +"_HFW"+ HFW + unit + ".jpg";
????????????saveAs("JPEG", exportFile);
????????????run("Close All");
?????????}
?
????????else if (endsWith(list[i], ".dm3")) {
????????// for gatan dm3 files
????????ImgNumber=ImgNumber+1;
????????filename = input + list[i];
????????print(filename);
????????open(filename);
???
????????// get the pixel size and unit of image, TIA reader should have set the scale when import in
????????getPixelSize (unit, pixelWidth, pixelHeight);
????????imageWidth = getWidth();
????????HFW = imageWidth * pixelWidth;
???
????????filename_short = substring(list[i], 0, lastIndexOf(list[i], "."));
?????????exportFile = output + filename_short +"_HFW"+ HFW + unit + ".jpg";
????????saveAs("JPEG", exportFile);
????????run("Close All");
????????}
????}
}

else {

????Dialog.create("Error");
????Dialog.addMessage("TIA Reader plugin is not intalled, \nplease download and install from ????\nhttps://imagej.nih.gov/ij/plugins/tia-reader.html \n ");
????//Dialog.addHelp("<html>https://imagej.nih.gov/ij/plugins/tia-reader.html");
????Dialog.show();

} 作者：我不是龍哥 https://www.bilibili.com/read/cv10923101 出處：bilibili

總結

以上是生活随笔為你收集整理的采用ImageJ+插件批量转换透射电镜ser图像的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網站內容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。