透射電鏡兩大圖像格式，dm3和ser，分屬Gatan和ThermoFisher（原FEI）。Gatan放出了公開版的GMS，可以免費(fèi)使用和轉(zhuǎn)換dm3格式為tif，但是ThermoFisher就很摳，離了電鏡沒(méi)有公開的TIA軟件可用于處理和轉(zhuǎn)換圖像，已知的一些破解版本都很老舊。

現(xiàn)在試出一種方法，用ImageJ軟件配合插件去批量將ser文件轉(zhuǎn)換成jpg文件，就可以進(jìn)行后續(xù)處理了。

ImageJ軟件版本很重要，版本不對(duì)，插件里使用的函數(shù)識(shí)別不出來(lái)，已知Fiji版本（https://fiji.sc/）可以滿足需求，注意下載后Fiji文件夾放置路徑不能有中文名。

使用方法：

1.下載Fiji

2.下載TIA_reader.jar?插件放入plugins文件夾

3.下載TEM_Ser_dm3_Folder_Export.ijm插件放入plugins文件夾

4.在ImageJ的plugins下面找到TEM_Ser_dm3_Folder_Export即可使用。

感謝“我不是龍哥”文章的幫助，以下為“我不是龍哥”原文原版轉(zhuǎn)載

https://www.bilibili.com/read/cv10923101

我們拿到的透射電鏡原始數(shù)據(jù)格式，主要是TIA拍攝的.ser（.emi為TIA內(nèi)部格式，第三方軟件不可讀）以及DM拍攝的dm3格式。對(duì)于dm3格式轉(zhuǎn)成普通圖片比較容易，因?yàn)樾掳鍰M已經(jīng)免費(fèi)，網(wǎng)上也還有各種舊版可以搜到。然而.ser格式對(duì)于部分同學(xué)可能還是比較麻煩，雖然也有TIA安裝包和教程（鄙人也上傳過(guò)，需要的可以自行查看），但是還是有部分人會(huì)裝不上。

????那么還有沒(méi)有其他軟件可以實(shí)現(xiàn)將.ser直接轉(zhuǎn)換成圖片呢？當(dāng)然是有的，那就是Image J。其實(shí)這也是一個(gè)功能強(qiáng)大的軟件，可以添加各種插件，功能很多，我們利用它可以將.ser文件批量轉(zhuǎn)為圖片。下面介紹怎么使用Image J進(jìn)行.ser文件讀取和批量轉(zhuǎn)換。

軟件下載地址：https://imagej.nih.gov/ij/download.html

Image J軟件下載頁(yè)面，選擇對(duì)應(yīng)系統(tǒng)版本下載即可。
插件下載地址：https://imagej.nih.gov/ij/plugins/index.html#io

插件下載頁(yè)面
對(duì)于我們處理dm3和ser文件，只需要下載TIA Reader就行了，其他插件可以自行探索。將下載的軟件壓縮包解壓，把下載的TIA Reader插件復(fù)制到文件夾：ImageJ\plugins\Input-Output。此時(shí)直接運(yùn)行Image J文件夾下的Image J.exe就可以打開軟件：

Image J 軟件主界面
可以看到Plugins->Input-Output下有了TIA Reader插件：

Input-Output下TIA Reader插件
利用TIA Reader便可以直接打開ser格式TEM圖片：

Image J打開ser格式圖片窗口，雖然沒(méi)有標(biāo)尺，但是窗口頂部有整張圖片的尺寸信息，利用這個(gè)信息便可以添加標(biāo)尺。
可以看到Image J還自帶了dm3插件，因此也可以直接讀取dm3格式TEM圖片。下一步我們講如何實(shí)現(xiàn)批量轉(zhuǎn)換。批量轉(zhuǎn)換需要添加另一個(gè)插件，該插件可以將文件夾下的ser和dm3文件同時(shí)轉(zhuǎn)換為普通圖片，名稱為TEM_Ser_dm3_batch_convert.ijm，插件由github上IMBalENce發(fā)布，原地址：https://github.com/IMBalENce/EM-tool。部分愿意折騰的同學(xué)可以在文末獲取該插件源碼，將源碼復(fù)制到文本文檔中便可進(jìn)行修改調(diào)試，然后將名稱及后綴修改為TEM_Ser_dm3_Folder_Export.ijm，同樣復(fù)制到文件夾ImageJ\plugins\Input-Output。不愿麻煩的直接下載（鏈接：https://pan.baidu.com/s/1gcCW2sW4_01knRis7Hvc3Q
提取碼：2ueq 復(fù)制這段內(nèi)容后打開百度網(wǎng)盤手機(jī)App，操作更方便哦），然后復(fù)制到對(duì)應(yīng)文件夾，重啟軟件就可以看到該插件：

TEM_Ser_dm3_Folder_Export
好了，這回愉快地進(jìn)行批量格式轉(zhuǎn)換吧！點(diǎn)擊插件后選擇源文件夾和導(dǎo)出目標(biāo)文件夾：

選擇源文件夾和導(dǎo)出目標(biāo)文件夾，可以復(fù)制目錄填入
軟件會(huì)自動(dòng)完成轉(zhuǎn)換，轉(zhuǎn)換出的圖片標(biāo)尺信息在文件名末尾，為整圖橫向尺寸信息。如下圖所示：

導(dǎo)出圖片尺寸信息在文件名末尾，為整圖尺寸
（說(shuō)明：試用過(guò)程發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)換為tif格式會(huì)出現(xiàn)圖片襯度不對(duì)，即整圖全黑。因此，此處給出的插件已經(jīng)自行修改為導(dǎo)出jpg格式，如果需要其他格式請(qǐng)自行研究。

注意：如果數(shù)據(jù)中有EDS面掃和線掃，請(qǐng)將對(duì)應(yīng)的文件先拿出再進(jìn)行轉(zhuǎn)換，否則插件會(huì)讀取每個(gè)點(diǎn)的譜圖造成速度緩慢，不過(guò)沒(méi)有其他問(wèn)題。）

TEM_Ser_dm3_batch_convert插件源碼：

// Batch convert TIA or Gatan dm3 image file to tiff
// by Zhou XU
// 2020/05/05
// at Monash Centre for Electron Microscopy
// Windows 10 Enterprise Ver. 1803
// ImageJ ver. 1.52p

List.setCommands;
if (List.get("TIA Reader")!="") {
????// Check to make sure TIA reader plugin is installed
????//open directory of images
????input = getDirectory("location where images are stored");
????output = getDirectory("Location for results");

????// determine number of Files of given FileFormat
????list = getFileList(input);
????ImgNumber=0;
????for (i=0; i<list.length; i=i+1) {
????????if (endsWith(list[i], ".ser")) {
????????????ImgNumber=ImgNumber+1;
????????????filename = input + list[i];
????????????print(filename);
????????????run("TIA Reader", ".ser-reader...=filename");
???
????????????// get the pixel size and unit of image, TIA reader should have set the scale when import in
????????????getPixelSize (unit, pixelWidth, pixelHeight);
????????????imageWidth = getWidth();
????????????HFW = imageWidth * pixelWidth;
???
????????????filename_short = substring(list[i], 0, lastIndexOf(list[i], "."));
????????????exportFile = output + filename_short +"_HFW"+ HFW + unit + ".jpg";
????????????saveAs("JPEG", exportFile);
????????????run("Close All");
?????????}
?
????????else if (endsWith(list[i], ".dm3")) {
????????// for gatan dm3 files
????????ImgNumber=ImgNumber+1;
????????filename = input + list[i];
????????print(filename);
????????open(filename);
???
????????// get the pixel size and unit of image, TIA reader should have set the scale when import in
????????getPixelSize (unit, pixelWidth, pixelHeight);
????????imageWidth = getWidth();
????????HFW = imageWidth * pixelWidth;
???
????????filename_short = substring(list[i], 0, lastIndexOf(list[i], "."));
?????????exportFile = output + filename_short +"_HFW"+ HFW + unit + ".jpg";
????????saveAs("JPEG", exportFile);
????????run("Close All");
????????}
????}
}

else {

????Dialog.create("Error");
????Dialog.addMessage("TIA Reader plugin is not intalled, \nplease download and install from ????\nhttps://imagej.nih.gov/ij/plugins/tia-reader.html \n ");
????//Dialog.addHelp("<html>https://imagej.nih.gov/ij/plugins/tia-reader.html");
????Dialog.show();

} 作者：我不是龍哥 https://www.bilibili.com/read/cv10923101 出處：bilibili

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的采用ImageJ+插件批量转换透射电镜ser图像的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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