各位親愛的土豪富婆，承蒙您慧眼識珠大駕光臨大Y老師為您準備的小灶課堂。

-----以下是日常碎碎念，日理萬機的您，可以直接跳到圖圖圖圖分割線享用-----

? ? ? ? 對于“詐尸式”更新，大Y老師其實是很不贊同的，尤其是收到土豪富婆的問 (cui) 候 (geng)，每天在心頭惦念我粉百千次，卻騰不出手來更新的時候。本來按計劃呢，這一期我們應當繼續PCA的進階，不過，既然這位大牛兄弟提出來要講一講MA，你們猜寵粉狂魔大Y老師會作何選擇呢？大Y老師真的很高興看到有人主動提出想要了解的圖，相信這位朋友一定是一位積極又努力的優秀牛。大Y老師也一如既往地歡迎大家發私信。

? ? ? ? ? 至于為什么隔了這么久，大Y老師還是有必要解釋一下。近期在申請幾個級別較高的基金，占用了包括吃飯睡覺在內的所有時間，沒能快點加更，還請各位大牛海涵（手動抱拳）。說起來，有機會的話，寫一些申請書撰寫的小技巧，不知大家可有興趣？

? ? ? ? ? 上次我們聊到了婚姻，正巧就出臺了一項未婚已育婦女可辦理生育津貼的新政。關于婚姻的內核，大Y老師與朋友展開了坦率的交流，也寫了很大一段文字想與大家分享。不過可能不夠zzzq，還是決定不發出來了。對于中國來說，隨著經濟的發展，私有化財產的增加，每個個體更加獨立，思想也必然更加多元化。80、90后尚且存在“男大當婚、女大當嫁”的思維慣性，00、10、20后以后會怎么看待婚姻制度，怎么選擇自己的生活方式，還真是一個未知數啊。

? ? ? ? ? 從生物學的角度，結婚不屬于人類本能。婚姻制度是人類社會生活的選擇，是一個非常法律化、物質化、現實化的框架形式。從法律層面看，你會發現，婚姻里面所有的東西都有價格，除了愛情。為什么有人說婚姻是愛情的墳墓？相對于婚姻的極度現實，愛情極度形而上。愛情完全是精神層面的感受，沒有辦法用任何法律、物質、現實的載體來衡量。愛情和婚姻的矛盾沖突在婚禮現場達到第一個巔峰。假如你是個愿意留意觀察人性的人，就有機會看到，臺上山盟海誓的情侶，轉眼可能因為禮金分配大鬧脾氣，象征純潔愛情的信物，最終一定要比一比克拉大小。這種強烈對比又矛盾統一的狀態，讓大Y老師愿意揣著禮金，奔波于不同婚宴，并樂此不疲。人性是復雜的，觀摩人性是個高深又刺激的課題（大Y老師注，觀摩人性可以，但不要考驗啊，考驗人性是必輸無疑的）。

? ? ? ? 和結婚不同，追求愛情是人類的本能，愛情是人類的情感需求之一。如果做個類比的話，對于很多人來說，親情就像空氣，與生俱來，以至于常常忘記它的存在；友情嘛，像文憑，別管你用什么途徑，只要想辦法努努力，總能擁有幾個，只是含金量會有區別；愛情呢，像奢侈品，擺在櫥窗里閃閃發光，讓每個人心生向往，但真的不是誰都可以擁有，然后就，滿大街都是A貨。

? ? ? ?那么，有什么辦法可以獲得真愛嗎？看好了，大Y老師告訴你兩點干貨，第一你得真信愛情，第二，你得向內求。可能有朋友就要質疑了，說我向外追求男神女神都來不及呢，我向內能求到啥呢？你先自己琢磨琢磨，這期碎碎念太多了，下期碎碎念，大Y老師告訴你。

好啦，下面我們就要開始今天的識圖之旅啦。老規矩，請大家先一起喝一口水，因為下面的內容可是全網獨家干貨，真的超干~

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-----我是圖圖圖圖的分割線-----

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【第一回合】

? ? ? MA（Minus-versus-Add）plot圖還有好幾個別稱，這側面說明，它的名字其實沒有特別的意義。為什么需要MA plot呢？

? ? ? 有時候，人們需要通過點圖呈現a, b兩組變量在多個因素（比如很多基因表達量）上數值的比較。最直接的就是用這兩組數值分別作為橫縱坐標畫圖，當兩組毫無差異的時候，數值會全部落在45度斜線上。偏離這條斜線越遠，則兩組差異越大。但是并非所有人都像王濛一樣，眼睛就是尺，當點比較多（如基因比較多）的時候，人很難通過一條斜線來衡量兩組數值的關系，尤其很難比較不同點之間，兩組到底在哪個點上差異更大。顯然這樣一個依賴于45度斜線的散點圖并不能直觀地承載有效信息。于是統計學家想到，可不可以通過某種轉換，讓這條45度斜線變成一條水平線，那么哪個點偏離了這條線，就一目了然了。轉換后的X軸是兩組數值的均值，即(a+b)2，Y軸是兩組的差值，即b-a，一個是add，一個是minus，這就是MA（Minus-versus-Add）plot了。MA plot在早期microarray（芯片轉錄組測序）數據分析中會被使用，比如下圖：

F1000Res，2016

? ? ? ?XY軸都是通過轉換計算的，不過不管怎么轉換，只要是點圖，就符合大Y老師所講的必要元素，讓我們快速復習一下點圖基礎，然后一起解讀MA plot。

? ? ? ?MA plot的X軸是兩組均值。由于眾所周知的原因（聰明的你可以回憶一下上上期火山圖的內容哦），基因表達量數值范圍很大，不適合直接用實際值來畫圖，所以一般取的是log處理后的，表達量取值呢，CPM、TPM、FPKM，各種標化后的表達量任君選擇。Y軸則是兩組log處理表達量的差值。讓我們來一起回憶一下高中的數學內容，log(b) – log(a) = log(b/a)，這不是巧了嗎這不是，剛好是logFC（聰明的你可以回憶一下上上期火山圖的內容哦）。明確了X和Y軸的來歷，咱們就可以輕松地解讀MA plot啦。當一個點（即一個基因）的Y值是0，說明它在兩組間沒有差別，當它X軸數值越大，說明它在兩組的均值越大。那么，當一個點的X軸數值很大，Y軸絕對值也很大的時候，就說明它是那種平均表達量高，組間差別還很大的基因，意味著這個基因一定在其中一組有著驚人的表達量。反過來，如果它Y軸絕對值很大，但是X軸數值很小，說明它很有可能是小量表達的基因，微量的變化帶來較大的倍數波動。再進一步，聰明的你一定想得到，大部分Y軸絕對值大的點其實會集中在X軸數值居中的部位，所以大部分MA plot是沿X軸流線型或三角形分布的。

? ? ? 當然了，跟火山圖類似的，MA plot也可以增加許多補充元素，點的顏色、大小、基因標簽等等，讓圖形更加豐富飽滿。

【第二回合】

? ? ? ?后來，隨著bulk RNA-seq越來越普及，人們發現，未必平均表達量高的基因作用就更大，所以呈現差異基因的時候，MA plot的X軸可能幫不到什么忙。因而，現在MA plot已經很少用來呈現差異基因了，更多研究選擇了火山圖和熱圖組合的形式。不過，正是因為可以同時呈現平均表達量和變化量，在質控結果呈現部分，MA plot混得倒是風生水起。一方面，可以直觀展示數據測序質量。比如，如果大部分點的X軸數值都接近于0，說明基因表達量普遍偏低，可能測序深度不夠，或者文庫質量不好。另一方面，在RNA-seq數據的分析中，不僅需要進行標準化，還需要通過算法對數據進行降噪校正，去掉干擾信號。校正后的數據，其組間差異總體上應該較為平均地分布在Y=0兩側，也就是說，所有的點整體上看起來水平懸浮。但是，如果結果顯示出這些點整體跑偏，中線嚴重偏離了Y=0，甚至形成了弧形，則說明校正方法可能不太適宜。

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Abel Symposia 2016

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? ? ? ? 怎么樣，了解了MA plot的前世今生，對于看懂點圖是不是更有信心啦？支持大家多多轉發，讓更多的大牛們從苦學代碼中解脫，也歡迎給大Y老師私信聊聊你的想法。關于點圖，關于愛情，我們下期再聊。

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的生信识图之 点图进阶-3（MA）的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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