原標題：小白實戰課堂！轉錄因子的候選靶基因查詢～～

一文學會Harmonizonme和hTFtarget數據庫使用方法

嗨，小伙伴們大家好！這里是每周一弘毅專欄，我志向用小小文字助力你的SCI發表之路。接上周話題，轉錄因子相關課題經常遇到的兩個問題，一是已知靶基因尋找它上游的轉錄因子？二是已知轉錄因子尋找它可能的靶基因？前一個問題上周已經給大家做過演示，本周針對第二個問題給大家介紹Harmonizonme和hTFtarget數據庫，跟著弘毅的腳步一起來看看吧~！

前情提要

1.轉錄因子相關名詞

DBD(DNA binding domain)

TFBS(ranion factor binding site)

Target genes

2.轉錄因子結合位點預測

JASPAR

NCBI

UCSC數據庫

Harmonizonme數據庫

數據庫概覽

進入Harmonizonme主頁(https://maayanlab.cloud/Harmonizome/)，點擊About可見數據庫簡介，于2016年發布，目前收錄來自66個在線數據庫的114個基因組學、轉錄組學、蛋白質組學和代謝組學數據集，著重于定義基因和不同屬性之間的關聯，屬性可以是基因、蛋白質、細胞系、組織、實驗干預因素、疾病、表型或藥物，并構建基因與基因和屬性與屬性的相似性網絡。本文重點介紹轉錄因子和靶基因數據集。

功能及操作演示

轉錄因子靶基因預測，進入Harmonizonme主頁，點擊SEARCH進入檢索界面，下拉菜單選擇Database，檢索框輸入tranion factors targets，回車得到14條檢索結果，前6個為轉錄因子靶基因數據庫。

選擇CHEA Tranion Factor Targets進入功能頁面，首先是該數據庫簡介，包括數據來源和參考文獻，頁面下拉依次是不同數據集下載鏈接，以及該數據庫收錄的各個轉錄因子詳細信息。

以人類SOX2為例，檢索框輸入SOX2，點擊進入詳情頁面，頁面下拉可見該數據庫收錄的SOX2靶基因共8156個。

點擊Downloads & Tools后面的下載按鈕可以下載靶基因列表，該文件為Json文件，對于不熟悉R語言的小伙伴來說極為不友好，可按照另一種方法獲取靶基因列表。

返回上一級頁面，下拉到Data Access，點擊 Gene-Attribute Edge List下載該數據庫全部的轉錄因子和靶基因信息列表，用Excel打開，其中source列是靶基因，`target列是轉錄因子，分別提供Gene symbols和Gene ID。

使用數據篩選功能，在target列檢索SOX2，刪除source列重復值，可以得到8156個靶基因結果。

同樣的方法得到其他5個數據集收錄的SOX2靶基因列表，JASPAR Predicted Tranion Factor Targets Dataset中有5個靶基因結果，TRANSFAC Predicted Tranion Factor Targets Dataset中有1228個靶基因結果，TRANSFAC Curated Tranion Factor Targets Dataset、MotifMap Predicted Tranion Factor Targets和ENCODE Tranion Factor Targets Dataset中無SOX2靶基因信息。

hTFtarget數據庫

數據庫概覽

點擊(http://bioinfo.life.hust.edu.cn/hTFtarget#!/)，進入hTFtarget (Database of Human Tranion Factor Targets)主頁，該數據庫收錄399種細胞系、129種組織或細胞和141種干預因素共569種條件下的7190個實驗樣本大規模ChIP-Seq數據中659個TFs相關信息。點擊Document可看到hTFtarget中關于TFs靶基因數據是基于ChIP-Seq數據分析和TFBSs分析兩方面的結果。

功能及操作演示

轉錄因子靶基因預測，進入hTFtarget主頁，點擊TF進入檢索界面，檢索框輸入SOX2，點擊進入詳情頁面, 點擊下載按鈕得到SOX2靶基因列表。

最后將以上兩個數據庫查到的靶基因列表繪制Venn圖取交集，可以使用在線Venn圖繪制工具(http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/)，分別輸入CHEA中8156個靶基因，JASPAR中5個靶基因結果，TRANSFAC中1228個靶基因和hTFtarget獲取的靶基因列表，結果顯示4個數據庫共有的SOX2靶基因數目為0，CHEA、TRANSFAC和hTFtarget共有的SOX2靶基因有1個，為RBBP9，Pubmed檢索未見報道，可以嘗試實驗驗證一波。

文獻單圖復現

文獻案例： PMID: 33144585，IF=6.304分

本文Figure6A，本文已實驗驗證主變量miR-671-5的靶基因為轉錄因子NFIA，隨后通過Harmonizome預測到NFIA的1404個候選靶基因，并在GSE21034 數據集獲得85個表達差異基因(adjust_P<0.05，|Fold change?|?>2)，二者取交集獲得11個候選靶基因，再然后使用cBioPortal分析NFIA與11個候選靶基因相關性，結合Pubmed數據，以及qPCR和WB實驗結果，最終能否證實NFIA可以靶向CRYAB并調節其表達。

單圖復現如下：

進入GEO數據庫檢索GSE21034 ，進入該數據集詳情頁面，可見該數據集包含GPL5188和GPL10264兩個平臺測序結果，點擊Analyze with GEO2R，選擇GPL5188平臺加載185個樣本，其中包含131例原發腫瘤組織和29例癌旁正常組織，分別添加到分組后，點擊Analyze得到差異分析結果，下載后Excel打開，依次如下操作

(1)一個基因對應多個探針的情況保留logFC最大值；

(2)一個探針對應多個基因的情況刪除該條目；

(3)空白無名稱條目刪除；

(4)篩選功能，篩選條件為adjust_P<0.05，|Fold change?|?>2。最終得到85個表達差異基因。

進入Harmonizonme主頁，點擊SEARCH進入檢索界面，下拉菜單選擇Database，檢索框輸入tranion factors targets，得到6個轉錄因子靶基因數據庫，同前法查詢NFIA靶基因，結果只有TRANSFAC Predicted Tranion Factor Targets中查詢到NFIA的靶基因1404個，其余5個數據庫未收錄其靶基因信息，同前法獲得NFIA的靶基因列表。

將GEO獲得的差異表達基因與Harmonizonme獲得的NFIA靶基因列表分別輸入在線Venn圖繪制工具(http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/Venn/ )，即可得到Venn圖，PS或AI添加交集部分包含的基因名稱，即可得到本文Figure6A。

投我以桃，報之以李，開發并維護數據庫不易，小伙伴們使用Harmonizonme和hTFtarget時，別忘記引用以下參考文獻哦！~

寫在結尾

我有雙份的快樂，一份留給我家可可愛愛的寶寶和我的family members，一份留給不經意間看到的你！好啦~關于Harmonizonme和hTFtarget數據庫加餐就到這里啦！欲知更多生信知識，我們相約“挑圈聯靠”公眾號~下期再見了~~！

小白實戰課堂開課啦！手把手教你轉錄因子與靶基因預測操作～！

歡迎大家關注解螺旋生信頻道-挑圈聯靠公號~

撰文丨弘 毅

排版丨四金兄

值班 | 阿 琛

責任編輯：

總結

以上是生活随笔為你收集整理的mysql的genelog_小白实战课堂！转录因子的候选靶基因查询～～的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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