Question 1：什么是ANOSIM分析？

ANOSIM分析（Analysis of Similarities）即相似性分析，主要用于分析高維數(shù)據(jù)組間相似性，為數(shù)據(jù)間差異顯著性評價(jià)提供依據(jù)。在一些高維數(shù)據(jù)分析中，需要使用PCA、PCoA、NMDS等方法進(jìn)行降維，但這些方法并不顯示組間差異的顯著性指標(biāo)，因此可以使用ANOSIM分析解決此問題。
ANOSIM相似性分析是一種非參數(shù)檢驗(yàn)，用來檢驗(yàn)組間（兩組或多組）差異是否顯著大于組內(nèi)差異，從而判斷分組是否有意義。首先利用Bray-Curtis算法計(jì)算兩兩樣品間的距離，然后將所有距離從小到大進(jìn)行排序，并計(jì)算R和P值。R值用于不同組間屬否存在差異，P值用于說明是否存在顯著差異。

Q2：如何應(yīng)用ANOSIM？

ANOSIM was used to compare within- and between-group similarity through a distance measure, to test the null hypothesis that the average rank similarity between samples within a group is the same as the average rank similarity between samples belonging to different groups.

參考文獻(xiàn)：
Effect of Different Hemodialysis Methods on Microbiota in Uremic Patients

Q3：如何不使用R語言進(jìn)行ANOSIM分析？

小編和他的小伙伴們開發(fā)了一個(gè)在線的作圖小網(wǎng)站——云圖圖（www.cloudtutu.com，免費(fèi)的哦~），操作步驟如下：
①登錄網(wǎng)址：https://www.cloudtutu.com/#/index（推薦使用360或者谷歌瀏覽器）
②輸入用戶名和密碼（小編已經(jīng)為大家填好了，如果不顯示可添加文末二維碼添加小編獲取），輸入驗(yàn)證碼后即可登錄，不必注冊，直接使用，不必?fù)?dān)心隱私泄露，是不是誠意滿滿~
③登錄后在工具一欄（全部分析）里找到ANOSIM分析，點(diǎn)擊進(jìn)入；
④請按照界面右側(cè)的說明書或者下文進(jìn)行操作，即可在2分鐘內(nèi)獲得一張精美的ANOSIM分析圖嘍~
話不多說，我們開始行動吧~

Step 1 上傳數(shù)據(jù)

※目前平臺僅支持.txt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件的文件上傳。
平臺可對不規(guī)范的數(shù)據(jù)格式進(jìn)行部分處理，但還是請您盡量按照示例數(shù)據(jù)的格式調(diào)整數(shù)據(jù)，以便機(jī)器可以識別。
a)準(zhǔn)備一個(gè)數(shù)據(jù)矩陣（如微生物OTU表、物種豐度表、基因表達(dá)量矩陣、代謝物含量表，也可以是測量數(shù)據(jù)，例如身高、體重、表型等）；
b)表格需要帶表頭和列名，第一行為樣本名，第一列為指標(biāo)名（如OTU ID，gene name等）。
c)請?zhí)峤籺xt(制表符分隔)文本文件或者.csv文件。操作方法為：全選excel中的所有內(nèi)容（ctrl+A），復(fù)制到記事本中，將記事本文件另存后上傳該文件。
※傳完文件后一定要填寫說明書下方的分組信息！

Step 2 設(shè)置參數(shù)

2.1 在界面右側(cè)編輯分組信息：需要對所有樣品進(jìn)行分組，本網(wǎng)站支持在線修改分組名稱。不填寫分組信息無法運(yùn)算！

Step 3 下載文件

點(diǎn)擊運(yùn)行后等待5-10秒即可下載結(jié)果，平臺提供PDF格式的矢量圖和表格下載。表格中包含了組間相關(guān)性的P值和R值可以用于后續(xù)分析。

Step 4 作圖后處理

TUTU云平臺提供的是PDF格式的矢量圖，可通過矢量圖處理軟件（Inkscape或AI）進(jìn)行編輯和調(diào)整（如：文字字體，文字大小，圖片分辨率等）。圖形處理軟件和使用方法可掃描文后的二維碼添加小編微信獲取。下載表格文件可以用于后續(xù)分析。

結(jié)果說明

邊框代表上下四分位數(shù)間距(Interquartile range，IQR)，橫線代表中位值，上下觸須分別代表上下四分位以外的1.5倍IQR范圍。Between反應(yīng)組間差異，A、B、C組分別表示組內(nèi)差異。如果各個(gè)箱線圖的槽口互相不重合，說明各組中位數(shù)有差異。

It can be seen from Figure X that there are significant differences in colony distribution between the CK group and the dialysis group; there are also significant differences in colony distribution among the three groups of patients with different dialysis methods. Between represents the difference between groups; others are within groups; the greater the distance is, the greater the difference is; and the thickness is the sample size.

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的在线作图丨差异分析——ANOSIM相似性分析的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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