生物信息學習的正確姿勢

NGS系列文章包括NGS基礎、高顏值在線繪圖和分析、轉錄組分析?（Nature重磅綜述|關于RNA-seq你想知道的全在這）、ChIP-seq分析?（ChIP-seq基本分析流程）、單細胞測序分析?(重磅綜述：三萬字長文讀懂單細胞RNA測序分析的最佳實踐教程)、DNA甲基化分析、重測序分析、GEO數據挖掘（典型醫學設計實驗GEO數據分析 (step-by-step)）、批次效應處理等內容。

當你感覺上課就像打醬油時，當你對讀研感到很迷茫時，當你坐在電腦前孜孜不倦時，請看下面的文章，很受用，至少我心里現在沒有以前浮躁。好的文章有時能改變一個人的精神狀態，下面就是其中之一。

上海大學一位老師說：“不可否認的是，研究生面臨著比較大的生存壓力，但是要平衡自己的方向，在沒有生存威脅的情況下，要專注于學習。”。他表示，在社會心理普遍比較浮躁的情況下，就要求研究生要拿出寬廣的視野來，權衡自己眼前的利益和長遠發展的基礎，“瘋狂做兼職是沒有自信的表現。”他認為，研究生要從長遠來看，看到社會整體的發展趨勢，堅定發展的信念，不為暫時的困難所束縛，尤其是不要被眼前一時的較小的物質利益所蒙蔽。“在校研究生從2012年的100萬到如今的200萬，在我國整個人口結構中占的比例還是非常低的。研究生仍然是社會的精英群體，既然是精英群體，就要有責任感和使命感。”

讀研首先要改變的是自己的心理狀態，說起來簡單，但實際上很困難。不過既然已經上了研，就不要抱怨了，努力想想自己該干啥才是王道。首先需要明確幾種好的心態。

• 無論做研究還是做工程，不要期待導師給你太多的指導，這點全世界都一樣，不要抱怨，獨立解決問題的能力就是這樣鍛煉出來的。好的導師能夠在大方向上給一些意見，但具體的工作是需要自己去做的。

• 別人沒有義務來幫助你，不管是師兄或同學，最可靠的人永遠是自己。別人幫助你，要表示感謝，并努力幫助別人。別人不幫助你，也不要抱怨。

• 不要抱怨課程無聊，老師講得不好。讀到研究生，自學能力沒有的話不如退學。

• 研究生畢業不見得能找到好工作，好工作是給能力強的人，而不是給學歷高的人，見到nb的本科生，也要虛心學習。

研究生期間應該做的事情：

• 養成鍛煉身體的習慣，30以前你找病，30以后病找你。

• 如果你學的專業，在中國不是最好的，那么請好好學英語。請不要說什么英語教育是毒瘤的狗屁話，研究生畢業前，至少也要達到能夠進行英語面試的準備。

• 努力做一個善良的人，學著改變自己，控制自己的欲望。善待你周圍的人。

• 學習時間管理的方法，訂計劃，執行計劃。這個習慣會讓你終身受益。

• 學習怎么使用 google scholar，包括各類搜索方法。（GeenMedical：文獻查詢、篩選、引用排序、相似文獻、全文下載、雜志分區、影響因子、結果導出、雜志評述、直接投稿，一站服務）

• 爭取每一個能讓自己能力增強的機會（實習，比賽之類的），個人建議大家要努力爭取實習機會，和導師好好商量，3個月的相關領域的實習會對能力的幫助很大。對找好的工作也是一個有利的籌碼。

• 每天看書。除本專業的相關書籍外，看半個小時其它方面的書：經濟學，管理學，各類勵志書籍。還可以看看一些牛人的 blog或公眾號。(生信的系列書籍)

• 養成寫東西的習慣。定期寫 blog 或公眾號是一個好辦法，寫做是一個鍛煉自己邏輯思維能力的好辦法。（科研團隊成長三部曲：1云筆記?2云協作?3公眾號）

• 多動手，對計算科學的同學來說，多寫程序，多看程序。自己去找英文論文看。（生物信息之程序學習）

• 培養游戲之外的一些愛好。（Web of stories - 聽大師講故事）

• 和別人討論的時候，先理解別人的觀點，學會聆聽。寫了一些，如果不足，大家補充。

研究生畢業前應該具備的能力：

• 能把自己的觀點說清楚——口頭+書面。

• 能夠順利撰寫專業英語論文，基本不需要翻譯軟件（英語寫作常見錯誤總結和學習視頻）。

• 對自己的職業有初步的規劃和想法（14歲的男孩說想學生信，應該給予哪些指導？）。

• 知識面擴大，做好踏入社會的準備。

• 身體健康，還能打打球。

• 有一幫不錯的朋友，能夠互相幫助。

book list：

• 高效能人士的七個習慣 （建議多讀幾遍）

• 要事第一 （學學定計劃，規劃時間）

• 聰明人的訓練 （勵志的看以上三本就可以了）

• 經濟學（第17版）

• 什么是數學（理工科強烈推薦）

• 人性的弱點

如何充實地度過研究生生活？
笛卡爾說過:“最有價值的知識是方法的知識。”

一、研究生期間我們應該做什么

• 建立合理的知識結構:盡量廣地涉獵學科基本知識，盡量深地了解研究領域方方面面、過去和現在。（測序發展史：150年的風雨歷程）

• 掌握獨立研究的方法和技能：盡量多的學習各種研究方法，熟練掌握研究過程和步驟。

• 學會寫論文：寫論文不僅是訓練表達能力，更是訓練思維的邏輯性，論文體例雖是八股，但卻是整理思路、與他人溝通的有效結構，不可不尊重。

就個人而言，個人心理管理就是經常自我心態調整。知足長樂、量力而行。

• 研究和娛樂要相結合。（教育部推出首批490門"國家精品在線開放課程"）

• 凡事都有它存在的理由，不要經常抱怨。

• 不要隨隨便便拿兩個人來比，只看到他所得到的，卻看不到他所失去的，這有什么意義？

• 正確面對困境，用辯證的眼光去看問題。

二、如何確定適合自己的研究領域

小故事:

有一個草坪鋪路的故事可以用來回答這個問題。保護草坪是很難的，因為草坪上的路往往并不是按人的方便性來修的。有一次一個設計師承接了一個項目，交付使用后在這個建筑物的周圍全部鋪上了草坪，沒有路，任人去踩，幾個月后，草坪上就分明出現了幾條道：有粗有細，然后他就此基礎上修路，也有粗有細，結果可想而知。

在開始的時候，你可以沒有明確的目標，只要張開你的所有觸角，去看，去讀，去感受，你會不自覺地愛看一些東西，那是你的興趣，也是你的知識結構決定的，日子久了，也會出現幾條路，這些路也都可以通向你要追求的目標。學會傾聽心音，讓心來告訴你如何走，就不會被別人的價值觀、流行的熱點牽著跑。

三、如何進入一個研究領域

進入一個領域最簡單也是最有效的辦法是找一本這個領域最早的論述專著或教材，比如協作學習，可以看 Robert E. Slavin《Cooperative Learning》。當你把這個領域的基本概念的內涵以及相互之間的關系搞清楚了之后，再去讀這個領域的論文，你就會因為心中有數而能夠很好地把握了。這種工作必須要先做，不可以在網上亂搜論文，否則你會感到：看了20篇文章，對這個領域的認識還沒有形成，這些概念自相矛盾。有此認識還算幸運，有的人恐怕被偏見所引導，還不知道，這是最可怕的。

四、如何選定一個研究課題

對于現在我們研一的學生，在學習基礎課程的同時不妨多做一些泛讀：

• 瀏覽各有關學會的網站，看看最近召開的學術會議的議題。（iBiology |真·免費的最好生物科學知識盛宴）

• 翻翻國內有關的期刊，看看最近這些年大家都在忙什么。（文獻檢索新姿勢，教你如何直搜文中的科研圖片！）

根據你自己的知識結構，你會很自然地有所傾向，再多看看你感興趣的話題，比較之后，也許就形成了你的論文選題了。

PS:聽過一句話，不管現在的專業是不是熱門，或者多么的不堪，但是，一旦不愛自己的專業，自甘平庸，那畢業的時候真的死定了。不管多爛的專業，先愛它，然后學好它。

陽光溫熱 科研靜好

• 從來就沒有太晚的時候

很多人老是說自己基礎如何如何差，擔心搞不定。有這種心態是很自然的，但是不要因此而否定自己的能力，人都是逼出來的。我當年本科也是爛得一塌糊涂，但是上了研究生后我說要用三年的時間做一點事情證明自己。事在人為，才坐了三年的冷板凳，到了畢業的時候論文專利什么都有了（SCI 6篇，1作四篇，IF 總和超過16，專利一項現在公示）。

• 定位決定地位

我當初上研究生的時候，老聽博士師兄們討論 SCI，一問才知道就是發表的文章被一個叫 web of science 的搜索引擎收錄的文章。雖然中文雜志有一些被收錄，但是英文雜志幾乎全部收錄，于是我就想既然如此直接發英文文章豈不省事。中文文章審稿慢、周期長，另外再考慮到中國的國情，和自己以后想走的路，還是直接走國際路線比較好。我畢業的時候所有的文章都是英文的，現在回過頭來看，也覺得英文文章不是太難。

• 導師的層次決定你的層次

如果你是一個勤于努力的人，想要飛得更高的話，導師的層次決定了你的層次。以我導師為例，他在我們這個方向研究搞了幾十年，是國際公認的牛人之一，所以他接觸的都是我們這個方向一流的人物。他也經常邀請一些大牛來所里做報告，這些都是很好的交流和學習的機會，而一般導師的學生是沒有這個機會的。他看問題和做事的方法給了我很多啟發，所以選擇導師很重要，站得高才能看得遠。（看人家的導師，不需要做實驗，居然發表了27篇Cell，Cancer Cell，Immunity等高水平文章）

• 交流很重要

通俗的說法就是多和牛人聊天。什么是牛人，我的看法是比你自己強的都是牛人。所以不管是教授博導、副教講師，還是前輩師兄，只要能就某一個問題和你討論，都是學習的好機會。我這三年聊的最多的就是和我的副導師也是我導師的在讀博士，剛開始聊很具體的問題，后來討論的面就比較廣了。三年下來，感覺就不一樣。當然為了準備討論的題目而翻看資料論文，也是一個積累的過程。

• 文獻要多看

剛開始看文獻的時候，什么雜志都看。到后來就發現了本專業的主流雜志，所以這幾個雜志幾乎是每期瀏覽、重點閱讀。一個雜志一旦成為了本專業的主流，那一定有很多年的積累，對于一個初入此道的新人來說，可以起到事半功倍的作用。另外 web of science 提供文章的引用報告，對于一篇文章可以查到其引用的詳細信息，通過引用可以了解到這篇文章的分量。當文章看到一定數量之后，你就會發現其實一個方向，做得最好的往往就是那幾個到十幾個小組，這樣的話就可以對這些小組的文章進行系統閱讀和跟蹤研究。有人的地方就有江湖，學術界也是另外一個江湖，不了解江湖的形勢怎么能混得下去呢？（如何快準狠地找到相關領域的經典文獻？）

• 水平是慢慢提高的

大家都想發IF高的雜志，但是水平的提高是一步一步來的。像我剛開始的論文投在IF一點幾的雜志上，到了研二就投到了IF四點幾的雜志上。所以從無到有是一個過程，從良到優還是一個過程，要循序漸進，欲速則不達。（Manuscript match— 找到最適合你文章的那個ta（之期刊雜志））

• 活要干得漂亮

很多國際一流的雜志，文章的組織、圖表的設計都很漂亮，還有老外的ppt一般也做得比我們要好。有人說有了好的結果才是最重要的，但是如果不會完美地表達自己的結果也算是為山九仞、功虧一簣。一個好的研究人員，不光需要做出好的工作，還需要將此工作介紹給同行的能力。一篇好的論文不光是一篇好的報告，應該是一件完整的藝術品。回過頭來看，現在自己對當年發表的論文在構圖方面還覺得的有很多地方做得不是太好，當然了現在的眼光也和當年不一樣了，像 Latex 這樣的軟件學會了還是很有用的。

• 要有一點歷史知識

對于本學科的發展歷程要有一個大致的認識，最好做一番橫向和縱向的比較。橫向的就是和其它的學科發展相比較，認識到本學科現在所處的地位。縱向就是比較它本身的發展過程，如果該學科現在熱、為什么熱，如果冷、為什么冷。一兩年看不出來，放到十年二十年，甚至五十年這樣一個范圍，就可以看得比較清楚了。很多國外專業的經典書籍，一般第一章都是介紹學科發展歷史的。

• 如何找牛人

下面幾個辦法我覺得還不錯，大家試試如何。第一是本專業的主流期刊，里面的編委都是在本領域成名的人物。第二就看本專業的會議的顧問名單，再爛的會議也能找幾個牛人來充充場面。至于他們來不來開會就另當別論了。第三是一般一個成熟的學科都會有國際的學術團體、學會，像 APS，ACersS， IEEE 等，這些學會一般每年都會有年會，會上一般都會發幾個大獎來肯定牛人鼓勵后進。找到這樣的獲獎名單，一個一個地看，也會找到不少已經是牛人或者快要成為牛人的人。對于本專業的牛人，尤其是國際上認可的那些人，要知道他們的名字，更要知道他們為什么成名。用 web of science，很容易找到某個人最高引的文章。不管懂不懂下載下來看看，如果你能從文章里面看出來該文為何高引，你的水平也就很不錯了。（Web of stories - 聽大師講故事）

• 文章多多益
  

這是一個人心浮動的年代，也是一個沒有英雄的年代，像愛因斯坦那樣靠兩三篇文章就可以驚動世界的時代已經一去不復返了。因此搞研究的人如果這一輩子只有幾篇文章也是不正常的，而文章往往是對科研工作的提煉和總結。因此只要做研究，尤其是基礎研究，論文應該是必須的。現在很多人是大同行，而不是小同行，具體到某一個點上，可能與你相同的組全世界也沒有幾個。因此通過發表在國際公認的學術期刊上的文章作為一個評價體系，也是有一定道理的。考慮到中國的國情，如果只靠同行的評價，礙于人情世故，很難得到一個公正的評價。既然國內現在以 SCI 為標準，那這個參數的值當然是越大越好了。有人說不能為了文章而文章，不能灌水。但是如果一個人可以在本行業的主流國際期刊發表文章，只要不造假抄襲，就算灌水也總比在國內那些雜志上灌水強。在不能得到一個更加合理科學的評價體系前，多發 SCI 也是一個合理的選擇。與其抱怨論文，還不如趁早研究論文是個什么東西。很多事情外面看很難，走進去了也就是那么一回事情了。(這些基因的名字太有才了，研究一下都可以發10分文章)

研究生階段的學習是從事科學研究的開端，是人生中的關鍵一步。回顧自己的基礎研究學習生活，主要體會有以下幾點：

• 持之以恒的精神。基礎研究工作是非常艱難的事情，一旦我們確定一個研究方向以后，尤其是對于進入一個新的研究領域而言，沒有近似的研究成果可以借鑒。這個研究是一件非常艱難和困苦的事情，這個過程有可能需要幾個月甚至幾年，這期間最重要的就是需要堅持。記得2004年8月在交大的一個高級力學培訓班上，一個交大的教授講他研究的一個項目已經有1年多了，但是毫無進展。哈佛大學的鎖志剛教授說再堅持一下，很快就會好起來的。堅持是我們最終解決問題的心態，具有這個心態是進行科學研究的基礎。

• 開放合作交流的意識。在進行研究的過程中，會遇到很多問題，由于自己知識積累有限，就需要經常與自己的導師以及領域內的教授進行討論交流，他們的一句話往往會一針見血地指出問題的關鍵。這個過程往往是判斷你的觀點正確與否的一個途徑，這個過程也是培養自己具有團隊意識的過程。另外對于一流的大師，我們也不要懼怕，要敢于表達自己的觀點，有時候哪怕即使是錯誤的。

• 保持一個好奇心。學科之間的交叉越來越多，了解其它學科的知識對于啟發自己的思維以及解決自己領域的問題有時會起到柳暗花明的作用。對于新的科技報道以及進展，要了解要思考。對于新鮮的事物要具有想了解的想法。一個廣泛的興趣愛好和好奇心是培養自己具有豐富想象力的前提，也是使自己進行創新的原動力。

總之，做研究要一步一個腳印踏踏實實進行，不能為求一時的結果或成績而違反科學道德，要有耐心、恒心和自信心。用鐘萬勰院士的一句話就是：“科學研究，要獨立自主，要走自己的路；人生不會一帆風順，難免有不如意事。把握住自己的方向，毋為一時得失所惑，切要，切要。”

高校內的二三事：

1.?學生說?|當代碩博生常犯錯覺圖鑒

2. ?保護導師，從我做起；愛護博導，人人有責

3.??博導告訴你，他只要這樣的學生……

4.??康德說……尼采說……黑格爾說……我導師說……

5.??沒被導師怒批過的學生不算真徒弟吧

6.??廣東高校歧視指南

7.??美國求學執教的見聞和感受，又是一場“北京人在紐約”？

8.??導師愛招女學生？

系列教程

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• 當我們談論生信的時候我們在談什么

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• 該如何自學入門生物信息學

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• 轉錄組分析的正確姿勢

• 收藏 你想要的生信學習系列教程-寶典在手，生信無憂

• 生信的系列書籍

• 文章用圖的修改和排版 (1)

• 文章用圖的修改和排版 (2)

• 簡單強大的在線繪圖

• 簡單強大的在線繪圖-升級版

• 簡單強大的在線繪圖-第3版

• 論文圖表基本規范

• 學術圖表的基本配色方法

• 數據可視化基本套路總結

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的一篇所有研究生都该读的好文：阳光温热 科研静好的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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