一直有個(gè)問題困擾我，用

autodock

或者

vina

計(jì)算出來的配體的構(gòu)象雖然能夠在

autodock

里面查看它和周圍殘基的相互作用。但是非常難于查找具體的

pocket

周圍的其它

信息。

最近在學(xué)習(xí)

pymol

，

pymol

里面的一個(gè)命令非常好的滿足我的需求。

以

protein?data?bank

里面的

4DXD

蛋白質(zhì)為例來分享這個(gè)命令：下載

4dxd.pdb

這個(gè)文件到自己的工作目錄。

>?load?4dxd.pdb

>?create?pocket,?byres?4dxd?within?5?of?resn?9pc

(

這條命令的目的就是以殘基

9pc

為中心，在

4dxd

這個(gè)蛋白質(zhì)里找出跟

9pc

距離在

5?A

的氨基酸，

生成一個(gè)

pocket

，

9pc

這個(gè)殘基是

4dxd

這個(gè)蛋白質(zhì)晶體中的一個(gè)配體)

>?show?sticks,?pocket

(

將

pocket

的殘基顯示成棒狀)

>?hide?lines

(

隱藏

4dxd

蛋白質(zhì)的

line

，這樣

pymol

只顯示

pocket

的殘基)

因?yàn)檎业搅诉@個(gè)口袋的殘基并且很清楚的顯示出來，

甚至可以做后續(xù)的處理，

比方說觀

察它的氫鍵受體和給體的分布情況等等。

如果想找自己計(jì)算的配體周圍的殘基，

上面的命令

可以改成

:

>?create?pocket,?byres

(

你的蛋白質(zhì)名稱，當(dāng)然你先要

load

進(jìn)去)

within?5?(

這個(gè)參數(shù)你可以自

己選擇你需要的，

3A

，

4A

或者

5A

等等)

of?(

你

load

進(jìn)去的配體的文件名)

希望對(duì)大家有幫住。

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的pymol怎么做底物口袋表面_用pymol生成盒子的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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