除了之前提到的，使用GDC 官方提供的gdc-client.exe對(duì)TCGA數(shù)據(jù)進(jìn)行下載外(TCGA數(shù)據(jù)分析(1))，還可以使用R包對(duì)TCGA數(shù)據(jù)進(jìn)行下載，這個(gè)神奇的R包叫做TCGAbiolinks。

注: 它下載數(shù)據(jù)成功率非常低，官方API中也未推薦，所以這也是我沒用它的原因，但是做出的分析結(jié)果相當(dāng)豐富

01 TCGAbiolinks 安裝與加載

運(yùn)行如下命令即可

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install("TCGAbiolinks")library(TCGAbiolinks)

02?TCGA數(shù)據(jù)下載

以下載TCGA-GBM數(shù)據(jù)為例，完全不需要gdc-client.exe的命令行操作，數(shù)據(jù)下載如下

proj?"TCGA-GBM"query project = proj,data.category = "Transcriptome Profiling", data.type = "Gene Expression Quantification", workflow.type = "HTSeq - Counts")GDCdownload(query)data

在這一步，你極有可能會(huì)出現(xiàn)以下幾種情況：

2.1 網(wǎng)絡(luò)鏈接超時(shí)

--------------------------------------o GDCquery: Searching in GDC database--------------------------------------Genome of reference: hg38Error in is.response(x) : Timeout was reached: Operation timed out after 10000 milliseconds with 0 out of 0 bytes received

或者這種

2.2?Server down

Error in value[[3L]](cond) : GDC server down, try to use this package later

2.3 下載成功

也有可能很幸運(yùn)，出現(xiàn)了這種，這個(gè)時(shí)候就說明數(shù)據(jù)開始下載了。

--------------------------------------o GDCquery: Searching in GDC database--------------------------------------Genome of reference: hg38--------------------------------------------oo Accessing GDC. This might take a while...--------------------------------------------ooo Project: TCGA-GBM--------------------oo Filtering results--------------------ooo By data.typeooo By workflow.type----------------oo Checking data----------------ooo Check if there are duplicated casesooo Check if there results for the query-------------------o Preparing output-------------------Downloading data for project TCGA-GBMOf the 174 files for download 2 already exist.We will download only those that are missing ones.GDCdownload will download 172 files. A total of 43.787024 MBDownloading as: Fri_Apr_17_22_27_19_2020.tar.gzDownloading: 44 MB

03 數(shù)據(jù)下載結(jié)果

下載數(shù)據(jù)的速度還可以，一共有174套數(shù)據(jù)，會(huì)下載到當(dāng)前工作目錄下的，這個(gè)文件夾。

TCGA-GBM\harmonized\Transcriptome_Profiling\Gene_Expression_Quantification

如果你出現(xiàn)2.1，2.2 的情況怎么辦呢？采用之前gdc-client.exe進(jìn)行下載嘍。為什么會(huì)出現(xiàn)2.1,2.2 的錯(cuò)誤，一方面是自己本身網(wǎng)絡(luò)的問題，可能需要設(shè)置代理才可以訪問并下載數(shù)據(jù)，另一方面可能是數(shù)據(jù)庫(kù)不穩(wěn)定。關(guān)于2.2 網(wǎng)上給出了這個(gè)解決方案

devtools::install_github("BioinformaticsFMRP/TCGAbiolinks")

注：我試了，依然不行🙇

TCGAbiolinks看起來(lái)真的很香！有機(jī)會(huì)還會(huì)繼續(xù)嘗試。

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的tcga数据下载_使用R下载TCGA数据的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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