CADD(Computer Aided Drug Design):計算機輔助藥物設計，依據生物化學、酶學、分子生物學以及遺傳學等生命科學的研究成果，針對這些基礎研究中所揭示的包括酶、受體、離子通道及核酸等潛在的藥物設計靶點，并參考其它類源性配體或天然產物的化學結構特征，以計算機化學為基礎，通過計算機的模擬、計算和預算藥物與受體生物大分子之間的相互作用，考察藥物與靶點的結構互補、性質互補等，設計出合理的藥物分子。它是設計和優化先導化合物的方法，特別是在食品、生物、化學、醫藥方面應用廣泛

1.PDB數據庫的介紹和使用

1.1數據庫簡介

1.2靶點蛋白的結構查詢與選取

1.3靶點蛋白的結構序列下載

1.4靶點蛋白的下載與預處理

1.5批量下載蛋白晶體結構

2.Pymol的介紹與使用

2.1軟件基本操作及基本知識介紹

2.2蛋白質-配體相互作用圖解

2.3蛋白-配體小分子表面圖、靜電勢表示

2.4蛋白-配體結構疊加與比對

2.5繪制相互作用力

3.notepad的介紹和使用

3.1 優勢及主要功能介紹

3.2 界面和基本操作介紹

3.3插件安裝使用

1.蛋白-蛋白對接

1.1蛋白-蛋白對接的應用場景

1.2相關程序的介紹

1.3目標蛋白的收集以及預處理

1.4使用算例進行運算

1.5關鍵殘基的預設

1.6結果的獲取與文件類型

1.7結果的分析

以目前火熱的靶點PD-1/PD-L1等為例。

2.蛋白-多肽對接

2.1蛋白-多肽的應用現狀

2.2相關的程序介紹

2.3靶點蛋白及多肽的收集和處理

2.4蛋白-多肽分子對接

2.5相關結果的分析

以目前火熱的新冠多肽藥物為例。

操作流程介紹及實戰演示

3.涉及金屬酶蛋白的對接

3.1 金屬酶蛋白-配體的背景介紹

3.2蛋白與配體分子的收集與預處理

3.3金屬離子的處理

3.4金屬輔酶蛋白-配體的對接

3.5結果分析

以人類法尼基轉移酶及其抑制劑為例

1.柔性對接

1.1柔性對接的使用場景介紹

1.2柔性對接的優勢

1.3蛋白-配體的柔性對接

重點：柔性殘基的設置方法

1.4相關結果的分析

以周期蛋白依賴性激酶2（CDK2）與配體1CK為例

2.共價對接

2.1兩種共價對接方法的介紹

2.1.1柔性側鏈法

2.1.2兩點吸引子法

2.2蛋白和配體的收集以及預處理

2.3共價藥物分子與靶蛋白的共價對接

2.4結果的對比

以目前火熱的新冠共價藥物為例。

3.蛋白-水合對接

3.1水合作用在蛋白-配體相互作用中的意義及方法介紹

3.2蛋白和配體的收集以及預處理

3.3對接相關參數的準備

重點：水分子的加入和處理

3.4蛋白-水分子-配體對接

3.5結果分析

以乙酰膽堿結合蛋白(AChBP)與尼古丁復合物為例

1.小分子數據庫的介紹與下載

2.相關程序的介紹

2.1 openbabel的介紹和使用

2.2 chemdraw的介紹與使用

3.虛擬篩選的前處理

4.虛擬篩選的流程及實戰演示

案例：篩選新冠肺炎病毒相關蛋白抑制劑

5.結果分析與作圖

6.藥物ADME預測

6.1ADME概念介紹

6.2預測相關網站及軟件介紹

6.3預測結果的分析

1. linux系統的介紹和簡單使用

1.1 linux常用命令行

1.2 linux上的常用程序安裝

1.3 體驗：如何在linux上進行虛擬篩選

2.分子動力學的理論介紹

2.1分子動力學模擬的原理

2.2分子動力學模擬的方法及相關程序

2.3相關力場的介紹

3.gromacs使用及介紹

重點：主要命令及參數的介紹

origin介紹及使用

1.一般的溶劑化蛋白的處理流程 2.蛋白晶體的準備 3.結構的能量最小化 4.對體系的預平衡 5.無限制的分子動力學模擬 6.分子動力學結果展示與解讀 以水中的溶菌酶為例

1.蛋白-配體在分子動力學模擬的處理流程 2.蛋白晶體的準備 3.蛋白-配體模擬初始構象的準備 4.配體分子力場拓撲文件的準備 4.1 gaussian的簡要介紹 4.2 ambertool的簡要介紹 4.3生成小分子的力場參數文件 5.對復合物體系溫度和壓力分別限制的預平衡 6.無限制的分子動力學模擬 7.分子動力學結果展示與解讀 8.軌跡后處理及分析 以新冠病毒蛋白主蛋白酶靶點及相關抑制劑為例

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的计算机辅助药物设计总结的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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