摘要：

中藥是基于系統生物學的多組分天然藥物.中藥中的生物活性分子是中藥作用的分子基礎.運用計算機輔助藥物設計方法研究中藥中的活性分子作用的機理,對于基于中藥的多組分多靶點藥物的開發,對于中藥作用機理的闡明,對于中藥的現代化有重要的意義.作者在博士期間,做了一些計算機輔助藥物設計方法在中藥體系中的應用.主要包括以下內容: 1.研究中藥復方血府逐瘀湯中分子在心血管疾病靶標-配體空間的分布,得到了血府逐瘀湯中分子在腎素,血管緊張素轉化酶Ⅰ,3-羥基-3-甲基戊二酰輔酶A還原酶和P-糖蛋白的靶標-配體空間的分布圖,進一步探討了血府逐瘀湯中可能存在的混雜藥物機理. 2.利用計算機輔助藥物虛擬篩選方法從中草藥三維結構,性質數據庫虛擬篩選得到具有抗血小板聚集的gpⅡb/Ⅲa受體抑制劑,和可能具有抗癌效果的G-四鏈體穩定劑并進一步經過實驗驗證. 3.用分子動力學和結合自由能計算方法研究了HCVNS3絲氨酸蛋白酶與一類多酚類抑制劑之間的結合模式,預測了它們之間的結合自由能,為進一步設計和改造:HCVNS3絲氨酸蛋白酶抑制劑提供了結構信息. 4.對14種常見的分子對接打分函數進行了比較,討論了各種打分函數的優缺點,為分子對接具體應用中打分函數的選擇提供了參考. 5.用分子動力學和結合自由能計算方法研究了兩類選擇性抑制劑與雌性激素受體之間的結合模式,進一步探討了配體在兩個子類型雌性激素受體之間選擇性結合的機理. 此外,在第一章中對中藥是基于系統生物學的多組分多靶點藥物進行了綜述,包括多組分多靶點藥物開發的現狀,系統生物學的發展,利用系統生物學確定中藥活性分子與靶標之間的協同作用是中藥研究的主要方向.在第二章綜述了計算機輔助藥物設計虛擬篩選方法,包括分子對接,藥效團模型以及相似性比較方法.最后是作者在攻讀博士期間發表的論文及致謝.

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總結

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