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生物分子互作基礎 1.生物分子互作用研究方法

1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理

1.2 分子對接研究生物分子相互作用

1.3 蛋白蛋白對接研究分子相互作用

蛋白數據庫 1. PDB 數據庫介紹

1.1 PDB蛋白數據庫功能

1.2 PDB蛋白數據可獲取資源

1.3 PDB蛋白數據庫對藥物研發的重要性

2.PDB 數據庫的使用

2.1 靶點蛋白結構類型、數據解讀及下載

2.2 靶點蛋白結構序列下載

2.3 靶點蛋白背景分析及相關數據資源獲取途徑

2.4 批量下載蛋白晶體結構

蛋白結構分析 1. Pymol 軟件介紹

1.1 軟件安裝及初始設置

1.2 基本知識介紹(如氫鍵等)

2.Pymol 軟件使用

2.1蛋白小分子相互作用圖解

2.2 蛋白蛋白相互作用圖解

2.3 蛋白及小分子表面圖、靜電勢表示

2.4蛋白及小分子結構疊加及比對

2.5繪制相互作用力

2.6 Pymol動畫制作

3.實例講解與練習

同源建模 1. 同源建模原理介紹

1.1 同源建模的功能及使用場景

1.2 同源建模的方法

Swiss-Model 同源建模；

2.1 同源蛋白的搜索(blast等方法)

2.2 蛋白序列比對

2.3蛋白模板選擇

2.4 蛋白模型搭建

2.5模型評價(蛋白拉曼圖)

2.6 蛋白模型優化

3.實例講解與練習

小分子構建 1. ChemDraw軟件介紹

1.1小分子結構構建

1.2 小分子理化性質(如分子量、clogP等)計算

3.實例講解與練習

小分子化合物庫

小分子數據庫

1.1 DrugBank、ZINC、ChEMBL等數據庫介紹及使用

1.2 天然產物、中藥成分數據庫介紹及使用

生物分子互作用Ⅰ

Autodock 1.分子對接基礎

1.1分子對接原理及對接軟件介紹

分子對接軟件(Autodock或薛定諤) 使用

2.1半柔性對接

2.1.1 小分子配體優化準備

2.1.2 蛋白受體優化及坐標文件準備

2.1.3 蛋白受體格點計算

2.1.4 半柔性對接計算

2.2對接結果評價

2.2.1 晶體結構構象進行對比

2.2.2 能量角度評價對接結果

2.2.3 聚類分析評價對接結果

2.2.4 最優結合構象的選擇

2.2.5 已知活性化合物對接結果比較

3.實例講解與練習

虛擬篩選 2.3柔性對接

2.3.1 小分子配體優化準備

2.3.2 蛋白受體優化及坐標文件準備

2.3.3 蛋白受體格點計算

2.3.4 柔性對接計算

2.3.5 柔性對接結果評價

2.3.6 半柔性對接與柔性對接比較與選擇

分子對接用于虛擬篩選(Autodock，Vina或薛定諤)

3.1 虛擬篩選定義、流程構建及演示

3.2 靶點蛋白選擇

3.3化合物庫獲取

3.4虛擬篩選

3.5 結果分析(打分值、能量及相互作用分析)

生物分子互作用II

ZDOCK 1.預測蛋白-蛋白相互作用(ZDOCK)

1.1 受體和配體蛋白前期優化準備

1.2 載入受體和配體分子

1.3蛋白蛋白相互作用對接位點設定

1.4蛋白蛋白對接結果分析與解讀

實例講解與練習

構效關系分析 1. 3D-QSAR模型構建(Sybyl軟件)

1.1 小分子構建

1.2創建小分子數據庫

1.3 小分子加電荷及能量優化

1.4 分子活性構象確定及疊合

1.5 創建3D-QSAR模型

1.6 CoMFA和CoMSIA模型構建

1.7 測試集驗證模型

1.8模型參數分析

1.9模型等勢圖分析

1.10 3D-QSAR模型指導藥物設計

實例講解與練習

分子動力學模擬 1. 分子動力學簡介(GROMACS軟件)

1.1分子動力學基本原理

1.2 Linux 系統介紹

1.3 分子動力學軟件介紹(Gromacs)

Gromacs 進行分子動力學模擬

2.1 配體分子的處理

2.2 蛋白結構的處理

2.3 修改蛋白坐標文件

2.4修改拓撲文件

2.5構建盒子并放入溶劑

2.6平衡系統電荷

2.7能量最小化

2.8 NVT平衡

2.9 NPT平衡

2.10 產出動力學模擬

分子動力學結果分析

3.1軌跡文件觀察

3.2能量數據作圖

3.3 計算結構的RMSD 值

3.4計算原子位置的根均方波動

3.5計算模擬過程中分子間的氫鍵數目

生物分子互作基礎 1.生物分子互作用研究方法

1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理

1.2 分子對接研究生物分子相互作用

1.3 蛋白蛋白對接研究分子相互作用

蛋白數據庫 1. PDB 數據庫介紹

1.1 PDB蛋白數據庫功能

1.2 PDB蛋白數據可獲取資源

1.3 PDB蛋白數據庫對藥物研發的重要性

2.PDB 數據庫的使用

2.1 靶點蛋白結構類型、數據解讀及下載

2.2 靶點蛋白結構序列下載

2.3 靶點蛋白背景分析及相關數據資源獲取途徑

2.4 批量下載蛋白晶體結構

蛋白結構分析 1. Pymol 軟件介紹

1.1 軟件安裝及初始設置

1.2 基本知識介紹(如氫鍵等)

2.Pymol 軟件使用

2.1蛋白小分子相互作用圖解

2.2 蛋白蛋白相互作用圖解

2.3 蛋白及小分子表面圖、靜電勢表示

2.4蛋白及小分子結構疊加及比對

2.5繪制相互作用力

2.6 Pymol動畫制作

3.實例講解與練習

同源建模 1. 同源建模原理介紹

1.1 同源建模的功能及使用場景

1.2 同源建模的方法

Swiss-Model 同源建模；

2.1 同源蛋白的搜索(blast等方法)

2.2 蛋白序列比對

2.3蛋白模板選擇

2.4 蛋白模型搭建

2.5模型評價(蛋白拉曼圖)

2.6 蛋白模型優化

3.實例講解與練習

小分子構建 1. ChemDraw軟件介紹

1.1小分子結構構建

1.2 小分子理化性質(如分子量、clogP等)計算

3.實例講解與練習

小分子化合物庫

小分子數據庫

1.1 DrugBank、ZINC、ChEMBL等數據庫介紹及使用

1.2 天然產物、中藥成分數據庫介紹及使用

生物分子互作用Ⅰ

Autodock 1.分子對接基礎

1.1分子對接原理及對接軟件介紹

分子對接軟件(Autodock或薛定諤) 使用

2.1半柔性對接

2.1.1 小分子配體優化準備

2.1.2 蛋白受體優化及坐標文件準備

2.1.3 蛋白受體格點計算

2.1.4 半柔性對接計算

2.2對接結果評價

2.2.1 晶體結構構象進行對比

2.2.2 能量角度評價對接結果

2.2.3 聚類分析評價對接結果

2.2.4 最優結合構象的選擇

2.2.5 已知活性化合物對接結果比較

3.實例講解與練習

虛擬篩選 2.3柔性對接

2.3.1 小分子配體優化準備

2.3.2 蛋白受體優化及坐標文件準備

2.3.3 蛋白受體格點計算

2.3.4 柔性對接計算

2.3.5 柔性對接結果評價

2.3.6 半柔性對接與柔性對接比較與選擇

分子對接用于虛擬篩選(Autodock，Vina或薛定諤)

3.1 虛擬篩選定義、流程構建及演示

3.2 靶點蛋白選擇

3.3化合物庫獲取

3.4虛擬篩選

3.5 結果分析(打分值、能量及相互作用分析)

生物分子互作用II

ZDOCK 1.預測蛋白-蛋白相互作用(ZDOCK)

1.1 受體和配體蛋白前期優化準備

1.2 載入受體和配體分子

1.3蛋白蛋白相互作用對接位點設定

1.4蛋白蛋白對接結果分析與解讀

實例講解與練習

構效關系分析 1. 3D-QSAR模型構建(Sybyl軟件)

1.1 小分子構建

1.2創建小分子數據庫

1.3 小分子加電荷及能量優化

1.4 分子活性構象確定及疊合

1.5 創建3D-QSAR模型

1.6 CoMFA和CoMSIA模型構建

1.7 測試集驗證模型

1.8模型參數分析

1.9模型等勢圖分析

1.10 3D-QSAR模型指導藥物設計

分子動力學模擬 1. 分子動力學簡介(GROMACS軟件)

1.1分子動力學基本原理

1.2 Linux 系統介紹

1.3 分子動力學軟件介紹(Gromacs)

Gromacs 進行分子動力學模擬

2.1 配體分子的處理

2.2 蛋白結構的處理

2.3 修改蛋白坐標文件

2.4修改拓撲文件

2.5構建盒子并放入溶劑

2.6平衡系統電荷

2.7能量最小化

2.8 NVT平衡

2.9 NPT平衡

2.10 產出動力學模擬

分子動力學結果分析

3.1軌跡文件觀察

3.2能量數據作圖

3.3 計算結構的RMSD 值

3.4計算原子位置的根均方波動

3.5計算模擬過程中分子間的氫鍵數目

總結

以上是生活随笔為你收集整理的计算机辅助药物设计manson,计算机辅助药物设计 薛定谔 autodock的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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