的真實性與可用性問題。另外還存在受體－配體相互作用的方式問題；設計出來的配體能否進行化學合成問題；藥物的體內轉運及代謝問題；藥物的體內毒副作用問題等。

最后一題：

1.首先通過已知的靶標序列，進行同源模建，得到三維結構，并選擇力場評價模型。

基于5個小分子化合物的相關數據，我們還可以做以下工作：

2.五個化合物作為先導化合物，為增加化合物的多樣性，可以將一個庫中的化合物與計算機合成庫中的化合物進行組合，形成衍生庫。

3.基于配體的化合物與受體已知結構，可以采用ph4方法，加H、局部電荷、根據表面性質找到活性位點，找到化合物的共同藥效團(即一系列特定的化學基團，氫鍵給體或供體，正點負電疏水基團等)。之后通過藥效團模型進行數據庫搜索，尋找包含特定藥效團的化合物，并進行優化。

4.由于已知受體結構，可以通過分子對接及從頭設計的方法來獲取先導化合物，分子對接就是受體和藥物分子間通過幾何匹配和能量匹配而相互識別的過程。確定復合物中兩個分子正確的相對位置和取向，對新藥的設計異常關鍵，對接后通過打分將分數較高的一些配體作為先導化合物，先對有關能量、結構進行評估，計算表面能及性質、調整、瀏覽對接情況的參數變化。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的计算机辅助药物设计试题,计算机辅助药物设计考试总结1的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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