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1、1、 ranhou 名詞解釋1， 先導(dǎo)化合物L(fēng)ead compound,又稱為原型物prototype,是通過各種途徑、方法、手段獲得的具有某種藥理學(xué)或生物學(xué)活性的化合物。其不一定為實(shí)用的優(yōu)良藥物，可能因其藥效不強(qiáng)、特異性不高、毒性較大等而不能直接藥用，需要進(jìn)行結(jié)構(gòu)修飾和改造，使之成為實(shí)用的高效、低毒、可控的優(yōu)良藥物，這一過程稱為先導(dǎo)化合物的優(yōu)化。通過高通量篩選(high-throughput screenings)可發(fā)現(xiàn)先導(dǎo)化合物，或通過天然物的次級代謝產(chǎn)物找到先導(dǎo)化合物。2， 系綜由J. Willard Gibbs在1878年提出的。指在一定宏觀條件下，大量性質(zhì)和結(jié)構(gòu)完全相同、相互獨(dú)立的出。

2、于各種運(yùn)動狀態(tài)的系統(tǒng)的集合。系綜是假想的概念，并不是真是的客觀實(shí)體，理論上是抽象的，真正的實(shí)體是組成系綜的一個個系統(tǒng)，這些系統(tǒng)具有完全相同的力學(xué)性質(zhì)。每個系綜的微觀狀態(tài)可能相同，也可能不同。根據(jù)能量或粒子數(shù)是否守恒，分為：微正則系綜(N,U,V)確定的系統(tǒng)能量和粒子數(shù)均守恒孤立系統(tǒng)正則系綜(N,T,V)確定的系統(tǒng)能量不守恒、粒子數(shù)守恒閉合系統(tǒng)巨正則系綜(,T,V)確定的系統(tǒng)能量和粒子數(shù)均不守恒開放系統(tǒng)在熱力學(xué)極限下，用三種方法計算同一宏觀系統(tǒng)(臨界點(diǎn)除外)的熱力學(xué)量是，會得到相同的結(jié)果。可以不管系統(tǒng)所處的實(shí)際環(huán)境，采用任何一種系綜來計算。3， 遍歷假說(統(tǒng)計力學(xué))Ergodic hypothe。

3、sis,是統(tǒng)計力學(xué)的基本假說，時間平均Time average等于系綜平均Ensemble average。運(yùn)動軌道均勻地覆蓋相空間的允許區(qū)域, 從而使動力學(xué)相互作用對時間的平均可以被相應(yīng)相空間的平均所取代。統(tǒng)計力學(xué)(又叫統(tǒng)計物理學(xué))是研究大量粒子(原子、分子)集合的宏觀運(yùn)動規(guī)律的科學(xué)。在物理學(xué)和熱力學(xué)中，表示在很長一段時間內(nèi)，處于一定微觀狀態(tài)的相空間中具有相同能量一定體積的粒子的時間與這個區(qū)域的體積成正比，常用于統(tǒng)計分析中。分子動力學(xué)模擬得到的軌跡文件記錄的是體系內(nèi)各個粒子的位置坐標(biāo)及相應(yīng)速度，根據(jù)時間平均=系綜平均&體系的性質(zhì)可以通過對其不同微觀狀態(tài)(系綜)求和得到，即可計算體系的全部熱力。

4、學(xué)性質(zhì)和動力學(xué)性質(zhì)。4， 蛋白-配體相互作用指紋(Protein-Ligand Interaction Fingerprints)PLIF,將P-L的相互作用的三維信息轉(zhuǎn)化為簡單的一維指紋形式。廣泛用于藥物的篩選，也可用于Docking等其他虛擬篩選結(jié)果的后處理，并且結(jié)果更好。MOE中的PLIF記錄了復(fù)合物的氫鍵、粒子間相互作用和表面接觸三種作用力。MOE中PLIF模塊對復(fù)合物中蛋白的每個殘基有如下規(guī)定：a) 任意殘基可以參與一下相互作用：邊鏈氫鍵給體/受體、骨干氫鍵給體/受體、離子相互作用和表面相互作用。b) 對于以上6中任意一類，MOE中PLIF設(shè)置兩個閾值：較高&較低閾值。c) 計算氫鍵。

5、的強(qiáng)弱和距離時考慮了距離和方向，值的大小=該鍵成為好的氫鍵的概率。d) 離子相互作用=兩個離子鍵庫侖力的大小，正比于兩個離子的形成電荷，反比于其距離平方。e) 表面相互作用，配體存在和不存在的情況下，殘基溶劑暴露表面積之差，疏水相互作用的指標(biāo)。2、 流程、方法、原理描述題(一) 計算機(jī)輔助藥物設(shè)計的方法基礎(chǔ)； P4(二) 空間多樣性子集法一種空間取樣的方法，可用來拆分樣本為訓(xùn)練集和測試集。1. 缺省設(shè)置數(shù)據(jù)庫中第一個樣本的排序號為#12. 在剩下的樣本中，找出與第一個樣本距離最遠(yuǎn)(可通過計算剩余樣本與第一個樣本的相似性得到)的，將此樣本設(shè)置排序號為#23. 再從剩余樣本中找出同時與#1和#2距離最遠(yuǎn)的樣本，將其排序號設(shè)為#34. 依此類推，紙質(zhì)設(shè)置完總樣本65%的排序號，或是設(shè)置完全部樣本的排序號。(三) 同源模建 P47，48(四) 定量構(gòu)效關(guān)系 P643、 判斷題(2*6=12分)4、 論述題1， 簡述四聚體如何進(jìn)行同源模建。2， 談?wù)劇坝嬎銠C(jī)輔助藥物設(shè)計”有哪七大研究方向，并對這些研究方向在“計算機(jī)輔助藥物設(shè)計”中的角色進(jìn)行描述P2 P35、 方案設(shè)計題(14分)假有現(xiàn)有一套數(shù)據(jù)集，針對HCV的兩個不同靶點(diǎn)(其中一共有 5個不同蛋白)，分別測量得到 80個化合物的活性數(shù)據(jù)，且已經(jīng)獲得這些靶標(biāo)的序列，請給出據(jù)此信息，你能為HCV抑制劑研究設(shè)計的研究內(nèi)容。

總結(jié)

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