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python学习——把计算GC含量的代码封装成函数

發布時間:2024/4/17 27 豆豆
生活随笔 收集整理的這篇文章主要介紹了 python学习——把计算GC含量的代码封装成函数 小編覺得挺不錯的,現在分享給大家,幫大家做個參考.

把代碼封裝成函數的好處是可以重復使用該段代碼,并且會使代碼結構清晰

例如要計算chr1以及chr2染色體的GC含量,代碼如下:

1 # 將代碼封裝為函數并重復使用,例如計算染色體的GC含量 2 chr1 = 'ATCGCGATCCGAATGCAGGAatcagagataccgaNNNNNNttAATGAC' 3 chr2 = 'agataCGATGNNGATcCCGGGTTATAGCTAGCNNNGGG' 4 def get_gc_content(chr): 5 chr = chr.upper() #也可是使用.lower()把大寫轉換成小寫計算 6 count_a = chr.count('A') 7 count_t = chr.count('T') 8 count_c = chr.count('C') 9 count_g = chr.count('G') 10 gc_content = (count_g + count_c) / (count_a + count_c + count_g + count_t) 11 return gc_content 12 13 chr1_gc_content = get_gc_content(chr1) # 計算chr1的GC含量 14 chr2_gc_content = get_gc_content(chr2) # 計算chr2的GC含量 15 16 print('chr1 gc content : {:.2%}'.format(chr1_gc_content)) 17 print('chr2 gc content : {:.2%}'.format(chr2_gc_content))

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轉載于:https://www.cnblogs.com/caicai2019/p/10854965.html

總結

以上是生活随笔為你收集整理的python学习——把计算GC含量的代码封装成函数的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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