今天要和大家分享的是今年發表在Oncology reports期刊詳情關于免疫微環境與腫瘤預后的文章Tumor?infiltrating M2 macrophages driven by specific genomic alterationsare associated with prognosis in bladder cance.

這篇文章主要研究腫瘤免疫微環境對膀胱癌的影響機制，作者應用生物信息學方法分析免疫浸潤情況，發現M2巨噬細胞浸潤水平與膀胱癌的組織學分級、病理分期、生存期等有關。推斷膀胱癌特異性基因組改變，如基因突變和拷貝數改變，可能是M2巨噬細胞浸潤的重要驅動因素。

讓我們來看下文章都用到了哪些數據：

1)??來自TCGA的膀胱癌樣本的基因表達數據

2)??來自TCGA,GEA,以及EBIArrayExpress的臨床數據

3)??來自TCGA的突變以及拷貝數數據

接下來給大家展示下文章用到的主要方法

1.?基于ssGSEA評分的免疫浸潤分析

2.?基于CIBERSORT方法的免疫浸潤分析

3.??RNA-seq分析

4.??免疫組化分析

5.??生存分析

長話短說，讓我們來看下文章的主要內容和結果吧

1. 免疫景觀與膀胱癌組織病理學特征相關

圖1

圖2

為了探索免疫細胞對于膀胱癌的影響，作者在TCGA數據集中對低、高組織學分級膀胱癌樣本中大多數類型免疫細胞的標記基因進行了評估。如圖1A所示，結果表明，B細胞、巨噬細胞和M2巨噬細胞在高級別膀胱癌中富集。接下來使用ssGSEA方法，可以看出如圖1B所示多種免疫細胞富集在高級別的膀胱癌中。利用CIBERSORT對TCGA數據集中不同級別膀胱癌樣本中免疫細胞亞群的相對比例進行統計估計。在圖1C中可以看出M2巨噬細胞在22個腫瘤浸潤免疫細胞亞群中所占比例最大，揭示它們可能在膀胱癌的進展中起關鍵作用。而圖1D表示使用GSE32894數據集進行驗證。圖2A-C探討膀胱癌不同病理階段的免疫細胞浸潤情況。進一步，驗證數據集數據分析證實，巨噬細胞和M2巨噬細胞浸潤水平與膀胱癌病理分期呈正相關(圖2D,E)。

2. M2巨噬細胞浸潤與膀胱癌預后的關系

圖3

在這一部分作者使用生存分析以及ssGSEA進一步探索M2巨噬細胞對膀胱癌的影響。圖3A揭示在TCGA數據中M2巨噬細胞浸潤高的預后更差，而總體巨噬細胞浸潤對生存影響不顯著。圖3B,C揭示了在兩個驗證集中驗證這一結果。

3. 膀胱癌中巨噬細胞和M2巨噬細胞浸潤驗證

圖4

表1

為了研究華東地區膀胱癌患者腫瘤組織中巨噬細胞和M2巨噬細胞的浸潤情況，作者計算了10例新收集的膀胱癌樣本的腫瘤浸潤得分，如圖4A所示，高級別的膀胱癌有更高的腫瘤浸潤水平。接下來使用免疫組化分析這10例樣本中巨噬細胞以及M2巨噬細胞的浸潤情況(圖4B)。圖4C對免疫組化得分與ssGSEA得分進行了分析，發現在相同樣本中具有一致性。IHC進一步分析48個腫瘤組織中巨噬細胞和M2巨噬細胞的浸潤情況發現，巨噬細胞和M2巨噬細胞與膀胱癌的分級和侵襲性/分期有關，而與年齡和性別無關(表I)。

4. M2巨噬細胞浸潤在MIBC中因分子亞型而異

圖5

在這一部分作者進一步當研究是否M2巨噬細胞浸潤與MIBC的轉錄分子亞型有關，圖5A中，TCGA數據庫的RNA?seq數據與ssGSEA評分的相關性分析顯示，巨噬細胞和M2巨噬細胞之間的浸潤程度在不同MIBC亞型存在顯著差異。此外，在驗證數據集E - MTAB - 1803的基底樣亞型中，巨噬細胞和M2巨噬細胞浸潤顯著增高(圖5B)。圖5C展示了在GEO驗證數據的情況。

5. M2巨噬細胞浸潤與膀胱癌的特異性突變有關

圖6

巨噬細胞的浸潤，尤其是M2巨噬細胞的浸潤與膀胱癌的惡性進展和MIBC的分子亞型相關，這揭示特異性的內在基因組學可能影響M2巨噬細胞的浸潤。因此，探究M2巨噬細胞浸潤水平在不同基因突變類型間的差異。利用TCGA數據集使用ssGSEA算法對大量突變基因進行分析，發現多個突變基因間M2巨噬細胞浸潤水平存在差異，結果如圖6A所示。而圖6B,C則揭示了驗證集中的情況。

6. M2巨噬細胞浸潤與膀胱癌特異性拷貝數變化相關

圖7

作者在這一部分進一步探討M2巨噬細胞浸潤在不同膀胱癌特異性拷貝數變化中是否存在差異，結果表明，M2巨噬細胞浸潤受拷貝數特異性擴增類型的影響。圖7給出了TCGA數據集中ssGSEA算法的結果。

7. M2巨噬細胞浸潤與膀胱癌中差異表達的miRNA有關

圖8

作者在最后一部分研究了M2巨噬細胞的浸潤與miRNA的關系，在所有突變基因中均未發現特異性miRNA一致表達差異。由于先前報道PIK3CA突變與巨噬細胞浸潤有關，作者選擇了野生型和突變型PIK3CA之間表達差異(P<0.1)的mirna。依次分析這些mirna在其余突變基因中的差異表達，最終識別出七個miRNA如圖8所示。

這篇文章的主要內容就介紹到這里，總結一下,作者從多個角度研究了膀胱癌中巨噬細胞浸潤，特別是M2巨噬細胞，聯系了腫瘤微環境與基因組改變，研究的角度方法值得借鑒，感興趣的小伙伴可以仔細研讀。

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的seer文献_文献解读 | 师兄带你读一篇免疫浸润3分文章！的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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