1.準備文件

1.1：iTOL網站：https://itol.embl.de/
1.2：一個nwk格式文件，SPL3.nwk，可以使用mega生成，格式如下：

((((name04,name05),name06),name01),name02,(name03,name07));

1.3：一個詳細信息文件比如SPL3.txt，格式如下：

ID Phylum Genus Expression_level name01 c Salvia miltiorrhiza 0.8 name02 a Ambrosia artemisiifolia 1.3 name03 b Platanus acerifolia01 1.6 name04 c Platanus acerifolia02 1.8 name05 c Platanus acerifolia03 1.4 name06 c Platanus acerifolia04 1.2 name07 b Cardamine hirsuta 1.1

這個SPL3.txt文件需要自己提前準備好，其中ID列是自己起的名字，Phylum的含義是哪些聚類在一起，Genus的含義是基因的名字，Expression_level的含義是表達量，

2.使用R包itol.toolkit進行文件加工

getwd() install.packages("BiocManager") BiocManager::install("Biostrings") install.packages("devtools") # if you have not installed "devtools" package devtools::install_github("TongZhou2017/itol.toolkit")library(itol.toolkit) library(data.table) library(dplyr) # alternatively, this also loads %>% tree_1 <- "SPL3.nwk" hub_1 <- create_hub(tree_1) data_file_1 <- "SPL3.txt" data_1 <- data.table::fread(data_file_1)# relabel by genus unit_1 <- create_unit(data = data_1%>%select(ID, Genus), key = "SPL3_labels", type = "LABELS",tree = tree_1)# tree_colors range by phylum unit_2 <- create_unit(data = data_1 %>% select(ID, Phylum), key = "SPL3_range", type = "TREE_COLORS", subtype = "range", tree = tree_1) unit_3 <- create_unit(data = data_1 %>% select(ID,Expression_level), key = "SPL3_Expression_level", type = "DATASET_SIMPLEBAR",tree = tree_1) unit_3@specific_themes$basic_plot$size_max <- 100hub_1 <- hub_1 + unit_1 + unit_2+unit_3 write_hub(hub_1,getwd())

輸出的結果文件有三個：SPL3_labels.txt，SPL3_Expression_level.txt，SPL3_range.txt
SPL3_labels.txt內容如下

LABELS SEPARATOR TAB DATA name04 Platanus acerifolia02 name05 Platanus acerifolia03 name06 Platanus acerifolia04 name01 Salvia miltiorrhiza name02 Ambrosia artemisiifolia name03 Platanus acerifolia01 name07 Cardamine hirsuta

SPL3_Expression_level.txt內容如下：

DATASET_SIMPLEBAR SEPARATOR TAB DATASET_LABEL SPL3_Expression_level COLOR #ffff00 LEGEND_TITLE Example legend title LEGEND_SHAPES 1 1 2 2 LEGEND_COLORS #ff0000 #00ff00 #00ffff #0000ff LEGEND_LABELS value1 value2 value3 value4 MARGIN 0 DATASET_SCALE 0.8 NA 1.8 WIDTH 1000 HEIGHT_FACTOR 1 MAXIMUM_SIZE 100 BAR_SHIFT 0 BAR_ZERO 0 DATA name04 1.8 name05 1.4 name06 1.2 name01 0.8 name02 1.3 name03 1.6 name07 1.1

SPL3_range.txt內容如下：

TREE_COLORS SEPARATOR TAB DATA name04 range #7570b3 c name05 range #7570b3 c name06 range #7570b3 c name01 range #7570b3 c name02 range #1b9e77 a name03 range #d95f02 b name07 range #d95f02 b

3.使用iTOL網站進行美化

使用之前最好注冊個賬號，好處是能保存你的運行記錄
3.1
upload a tree，上傳上述的SPL3.nwk即可，但是，出來的圖會比較簡陋，此時，我們的itol.toolkit就發揮了它的價值

然后點擊右邊紅框里的Datasets，然后upload annotation files

首先上傳SPL3_labels.txt，名字立即得到注釋；然后上傳SPL3_range.txt；然后上傳SPL3_Expression_level.txt；

后記：iTOL里面還有很多小的技巧和參數，另外itol.toolkit的功能很強大，我只是用了其中的三個小功能，后期還要繼續探索學習

總結

以上是生活随笔為你收集整理的使用R包itol.toolkit制作精美进化树的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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