計算等位基因頻率有兩種方式，第一種用vcftool計算：

/path/to/vcftools --vcf file.vcf --freq --chr 1 --out filefreq

　　很簡單的一個命令行，file.vcf指的是你要輸入的vcf文件，--freq表示計算等位基因頻率，--chr后面的1表示你要計算的區域在1號染色體，當然，你也可以選擇你想計算的染色體區域，filefreq指的是輸出的文件名。

結果如下圖所示：

第二種用plink計算：

/path/to/plink-1.07-x86_64/plink --noweb --bfile file --freq --out filefrquency

　　效果如下圖所示：

.frq (basic allele frequency report)

Produced by--freq. Valid input for--read-freq.

A text file with a header line, and then one line per variant with the following six fields:

CHR	Chromosome code
SNP	Variant identifier
A1	Allele 1 (usually minor)
A2	Allele 2 (usually major)
MAF	Allele 1 frequency
NCHROBS	Number of allele observations

總結

以上是生活随笔為你收集整理的plink, vcftool计算等位基因频率（allele frequency，vcf）的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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