作者: 吳煒坤

本文僅在虛擬機環境下測試，可能實際操作中會遇到不同的問題
本文是新手向的安裝教程，如果需要在CentOS上安裝，可以參考本人其他安裝教程

由于許多新人朋友在學習Rosetta過程中，通常操作系統選擇的都是帶美麗漂亮界面便于文件操作的Ubuntu Desktop。但是目前還沒有一個完整相關教程，因此本人也嘗試在虛擬機中總結一下在Ubuntu Desktop18.04 LTS(或Ubuntu20.04 LTS)中安裝Rosetta的方法。

Rosetta下載

Rosetta的發布有兩種主要的形式: 穩定的正式版本(Numbered Release)和每周發行的版本（Weekly Release）,由于每周發行版本會修復bug和新增最新功能，強烈建議下載此版本的源碼。

注冊地址: https://www.rosettacommons.org/software/license-and-download

下載地址: https://www.rosettacommons.org/software/academic/

Rosetta的安裝

最新的Rosetta安裝依賴OPENMPI、BOOST、Python2.7

1.BOOST&Python2.7.15

Ubuntu18的庫比較完善，只需要額外安裝boost-dev即可。

sudo apt-get install build-essential sudo apt-get install libboost-dev sudo apt-get install python sudo apt-get install zlib1g zlib1g-dev

2. 編譯器的選擇

最新的Rosetta代碼編譯依賴完整的C++11特性，Ubuntu18自帶gcc-7, 完全可以編譯通過Rosetta，無需額外配置。如果想要配置Clang編譯器也是可以的。由于是新手向安裝，默認gcc編譯器即可。

3.OPENMPI的安裝

openmpi下載地址

下載后，把openmpi安裝包放在桌面，使用終端app打開，輸入以下命令。

cd ~/Desktoptar -zxvf ~/Desktop/openmpi-3.1.0.tar.gzcd ~/Desktop/openmpi-3.1.0./configuremake -j 4sudo make install

配置環境的方法如下，繼續在終端app中輸入:

# 進入vim編輯器, 打開bashrc文件 vi ~/.bashrc# 按下i, 輸入以下命令，然后按“:”輸入q和回車，保存退出 export PATH=~/Desktop/openmpi-3.1.0/bin:$PATH

讓環境變量和動態庫生效:

source ~/.bashrc sudo ldconfig

4.Rosetta的編譯與安裝

環境bash變量配置：

# 打開bashrc文件 vi ~/.bashrc# 添加以下內容 #Rosetta export ROSETTA=/mnt/sdd/software/rosetta_src_2019.21.60746_bundel(此處根據自己的實際路徑填寫即可) export ROSETTA3_DB=$ROSETTA/main/database export ROSETTA_BIN=$ROSETTA/main/source/bin export PATH=$PATH:$ROSETTA_BIN export LD_LIBRARY_PATH=$ROSETTA/main/source/bin:$LD_LIBRARY_PATH

編譯MPI模式版本的Rosetta, 此處以調用4個核編譯為例:

tar zxvf rosetta_src_* cd $ROSETTA/main/source/# 使用gcc編譯: ./scons.py -j 4 mode=release bin extras=mpi

如果此步發生了錯誤，請注意自己的gcc或g++版本是否過高，內存是否不足等。

Enjoy it.

總結

以上是生活随笔為你收集整理的linux安装g++编译器_Ubuntu Desktop下配置Rosetta安装教程的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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