前言

目前為止，除了WGCNA分析要求內存比較高以外，windows下的R和Rstudio都能滿足我的使用需求。
近來，再分析師兄的RNA-seq數據，兩種處理5個時間點，差異基因很少，表型數據很多，想著再做個WGCNA分析。

1.R安裝

目前，最新版本為 R 3.5.3，以此為例！
需要Root權限
見R的官方網站：
https://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/
http://cran.stat.ucla.edu/bin/linux/ubuntu/README.html

#查看 ubuntu 系統信息 user@super-server:~$ lsb_release -a No LSB modules are available. Distributor ID: Ubuntu Description: Ubuntu 18.04.1 LTS Release: 18.04 Codename: bionic #獲取 root 權限，因為只有root可以修改sources.list文件 user@super-server:~$ sudo -s #查看源信息 root@super-server:$ cd /etc/apt/ root@super-server:~$ vim /etc/apt/sources.list #在末尾添加相應版本的源信息 deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ #我的系統是bionic #or 選擇自己喜歡的源 deb https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN//bin/linux/ubuntu bionic-cran35/

root@super-server:/etc/apt# su user
#更新源列表
user@super-server:~/etc/apt$ sudo apt-get update
…
由于沒有公鑰，無法驗證下列簽名： NO_PUBKEY 51716619E084DAB9
…
# 解決報錯
user@super-server:/etc/apt$ sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E084DAB9
Executing: /tmp/apt-key-gpghome.sA6IGCcJzS/gpg.1.sh --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 51716619E084DAB9
gpg: 密鑰 51716619E084DAB9：公鑰“Michael Rutter <marutter@gmail.com>”已導入
gpg: 合計被處理的數量：1
gpg: 已導入：1
user@super-server:/etc/apt$ sudo apt-get update
獲取:1 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN//bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ InRelease [3,609 B]
獲取:2 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN//bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ Packages [41.6 kB]
獲取:3 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ InRelease [3,609 B]
命中:4 http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security InRelease
獲取:5 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/ Packages [41.6 kB]
命中:6 http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic InRelease
命中:7 http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-updates InRelease
命中:8 http://cn.archive.ubuntu.com/ubuntu bionic-backports InRelease
已下載 86.8 kB，耗時 2秒 (46.7 kB/s)
正在讀取軟件包列表… 完成

#安裝 r-base，sudo默認最新版3.5.3
user@super-server:~$ sudo apt-get install r-base
# 查看R版本
user@super-server:~$ R
R version 3.5.3 (2019-03-11) – “Great Truth”
Copyright ? 2019 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

2.Rstudio安裝（待更新）

師弟裝的，等我咨詢一下實戰結果~

user@super-server:~$ sudo apt-get install gdebi-core user@super-server:~$ wget https://download2.rstudio.org/rstudio-server-1.1.463-amd64.deb user@super-server:~$ sudo gdebi rstudio-server-1.1.463-amd64.deb user@super-server:~$ ifconfig # 查看服務端ip地址

還有其他檢查的命令沒有展示

user@super-server:~$ sudo rstudio-server verify-installation #檢查是否安裝正確 user@super-server:~$ sudo rstudio-server start #啟動 user@super-server:~$ sudo rstudio-server status #查看狀態 user@super-server:~$ sudo rstudio-server stop #停止 user@super-server:~$ ifconfig |grep 'inet addr' #查看服務器ip user@super-server:~$ sudo rstudio-server start #修改配置文件后重啟 user@super-server:~$ sudo rstudio-server active-sessions #列出活躍的sessions user@super-server:~$ sudo rstudio-server suspend-session <pid> #暫停sessions user@super-server:~$ sudo rstudio-server suspend-all #暫停所有session

注意：

/var/log/rstydio-server/ #Rstudio日志目錄
配置文件：
/etc/rstudio/rserver.conf

使用：本地瀏覽器打開：
http://192.168.1.103:8787。賬戶密碼為安裝時的賬戶密碼。

Rsudio.png

3.總結

也就是更新一下源，因為ubuntu默認的源R的版本較低。
我也試過無權限下載R安裝包單獨安裝，也成功了，但是重復操作，依賴庫的關系很復雜，沒有重現。
最近由于需要，我也比較執拗于新版軟件，終于get最新版R和Rstudio啦！
堅持就是勝利！！！

4.參考來源

https://www.jianshu.com/p/d1b456e2375a
https://www.jianshu.com/p/6129a9517313

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的服务器 | 安装最新版R和Rstudio（3.5.3）的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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