之前做網(wǎng)站，要構(gòu)建一個網(wǎng)頁版的blast，我是一臉懵逼，這東西咋做，我只會在NCBI上用啊，網(wǎng)上找的資料基本還都是如何使用blast我就更懵逼了，問了同學(xué)，打開了思路，biopython上有相關(guān)函數(shù)但是好慢好卡，還容易崩，我又問問了，在本地下載個blast+再寫個函數(shù)，跑就完事了，最后分析下結(jié)果，反正能比對就ok了，按著這思路，就做了如下的工作。

　　1.下載blast+

　　　ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 下載對應(yīng)的版本并進行安裝

　　2.網(wǎng)頁部分的構(gòu)建

　　　因為只需要blastn的功能，所以仿照blastn界面謝了一個界面

　　　2.1 涉及到參數(shù)及設(shè)計

　　　　序列輸入? =》 -query <file_in> 輸入你要查找的序列，將上傳的序列文件名放進去，最好是絕對路徑

　　　　查詢范圍? =》 -query_loc <n-x> 需要查找的位置（start-stop） ps:start/stop輸入是數(shù)字型

　　　　查詢類型? =》 -task <string> 選擇查詢的類型，blastn下有好幾種類型"blastn","blastn-short","megablast"各有有缺

　　　　保留閾值? =》 -evalue 保留匹配的閾值，自己設(shè)定，一般默認是10

　　　　匹配長度? =》 -word_size <integer,>=4> 設(shè)置最佳匹配長度

　　　　匹配得分? =》 -reward <int,>=0> 匹配上的得分

　　　　錯配罰分? =》 -penalty <int,>=0> 錯配的罰分

　　　　open gap? =》 -gapopen<int> open gap 分數(shù)

　　　　extend gap =》 -gapextend<int> extend gap分數(shù)

　　　　篩選? ? =》 -dust<str> "yes"or"no" 篩選低復(fù)雜區(qū)域

　　　　結(jié)果輸出? =》 -outfmt 輸出結(jié)果格式

　　　　　　　　　　　我用的是 -6 用"\t"格式分割? -7 用"\t"分割，包含注釋

　　　　　　　　　　　輸出還有一些列格式，沒怎么用到，所以不贅述

　　　　-6 輸出一般是12列

　　　　Queryid（查詢id）　　Subject id（比對上的id） 　　identity（配對一致性%）　　alignment length(比對上的區(qū)域長度)　　mismatches(錯配數(shù))

　　　　gap open　　q.start（匹配上的查詢序列起點）　　q.end（匹配上查詢序列終點）　　s.start(匹配上目標(biāo)序列的起點)　　s.end(匹配上目標(biāo)序列的終點)

　　　　e-value　　bitscore(比對上的的得分)

　　3.構(gòu)建自己的庫

　　　載入自己的需要的fa數(shù)據(jù)作為庫 blastn 只要nucl庫

　　　命令：makeblastdb.exe -in 基因組genomic.fna -parse_seqids -hash_index -dbtype nucl -out 自定義庫名

　　4.寫程序獲取上傳的信息

　　　我用的是python,切換到blast+所在文件夾/bin/下

　　　"""blastn -query %s? -db %s -out %s -task %s -evalue %d -word_size %d -reward %d -penalty %d -gapopen %d -gapextend %d -dust %s -outfmt 6 """%(inname,db,outname,task,evalue,word_size,reward,penalty,gapopen,gapextend,dust)

　　　　設(shè)置好語句，就可以跑了

　　5.獲取到結(jié)果，將結(jié)果循環(huán)展示到結(jié)果界面上

?

　　大概的構(gòu)建過程就是這樣，見仁見智。。記錄一下，沒白看。。。。

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的网页版blast构建的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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