linux非权限安装bioperl,Bioperl的简单安装
按照Bioperl上介紹的方法在linux下安裝Bioperl老是安不上,或者是安裝上了,但不能用,上面介紹的幾種方法都試了,全不行,后面自己想了個辦法,就是利用cpan只對要用到的模塊進行單獨安裝,簡單適應,如果你和我碰到了同樣的問題不妨試試。
1、確定cpan能用。>perl -MCPAN -e shell
cpan>install Bundle::CPAN
cpan>q
2、升級cpan,保證安裝的模塊是最新的。>cpan
cpan>install Module::Build
cpan>o conf prefer_installer MB
cpan>o conf commit
cpan>q
3、安裝Bioperl最重要的模塊SeqIO(該模塊可以實現文件格式轉換,計算序列長度,blast信息提取等),中間會有些選項要求選擇,一路回車采用默認的就行了。cpan>install Bio::SeqIO
4、安裝SeqFeature模塊(序列特征信息的獲取或解析)。cpan>install Bio::SeqFeature
5、安裝GenBank模塊cpan>install Bio::GenBank
6、安裝AlignIO和AlignI模塊(數據格式格式轉換)。cpan>install Bio::AlignIO
cpan>install Bio::AlignI
7、安裝DNAstatistics模塊(序列統計分析,進化距離計算)。cpan>install Bio::DNAstatistics
上面是一引起常用的模塊,至于其它的一些模塊如果要用到就按這種方法安裝就行了。
原文來自:http://bioinformation.cn/?p=411
總結
以上是生活随笔為你收集整理的linux非权限安装bioperl,Bioperl的简单安装的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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