以單層石墨烯為例：

1.?建模

1) 打開MS，新建項目，通過File—import查找Structures/ceramics/graphite并打開，即引入石墨的晶格結構，命名為graphene；

2) Build—Symmetry—Make P1，去除對稱性，刪除晶格結構中的一層；

3) Build—Symmetry—Supercell，將Supercell range改為3*3*1，一個3*3的單層石墨烯結構就得到了。

2. 優化

1) 打開Dmol3 Tools/Caculation。

參數設置：

Setup選項卡：

Task指所需要計算的內容，結構優化選擇Geometry Optimization；

Quality是指計算過程中的精度，fine為最好；

Functional是泛函的選擇，優化單層石墨烯可以選擇GGA和PBE；

Spin unrestricted指自旋不限制，需勾選；

Metal勾選，則K點網絡劃分比較細，計算精度高；

Use symmetry 是使用對稱性，優化石墨烯時可以勾選；

Electronic選項卡：

Integration accuracy 是指積分精度，一般選擇Fine；

SCF tolerance 是自洽場，選擇Fine；

K-point set 是k點網格精度，單層石墨烯可以設為2*2*1；

Basis set 有兩種：DNP和DND，一般來說，DNP精度較高；

點擊more，勾選Use smearing，Smearing越小，精度越高，可以設為0.002；

K point 設為2*2*1；

Job Control 選項卡：

若用當前電腦算，直接run就可以，若交到服務器上算，則File—Save file，將得到的文件提交到服務器。

2) 計算完成后，打開文件中的graphene.xrd，打開Dmol3 Tools/Analysis，選擇Structure，update之后所得到的結構就是優化得到的穩定結構。

3) 打開outmol 文件，文件最后的total energy 則是該結構對應的總能。

總結

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