在上文 [生信分析云平臺產品開發 - 4 生信分析pipeline的圖形化] 討論了生信分析pipeline的圖形化，如何用圖形的方式顯示生信pipeline，但是pipeline腳本按照變量的形式保存之后，如何運行，在什么環境下運行？是本文要解決的問題。

運行方式：本地 VS 遠程

1. 本地模式：

• 優勢：容易實現，運行效率高，不依賴網絡
• 劣勢：限制了軟件的適用范圍，本機性能就決定了分析性能，不易擴展，限于運算量較低的業務。

2. 遠程模式：

• 優勢：便于擴展，部署方便。本程序作為控制端，可以和分析端部署在一臺機器，也可以通過聯網方式連接。這樣就可以把控制端單獨部署，控制一個服務器集合>從單臺到簡單的集群
• 劣勢：增加了編程復雜度；需要編程實現與服務器端的交互，并保持長連接，時刻保持通信。分析過程狀態、服務器運行狀態，需要由服務器端推送到用戶端。

綜合考慮，結合軟件設計目標，這里選擇遠程模式

運行服務器節點：

服務器節點信息：

經常手動分析腳本的朋友大家的習慣可能是，ssh遠程登錄Linux服務器，在shell控制臺輸入各種腳本，軟件。這里首先要解決的就是服務器信息的保存，操作。根據日常習慣歸納實現后，上圖：

• 首先這里實現了，服務器賬戶信息的管理，賬戶、主機名、端口、密鑰、密碼，這些信息為了保證安全，需要二次加密，不能將密碼明文保存在數據庫中，一旦泄漏危害巨大

• 針對分析流程，按照約定定義了兩個變量：${data}數據輸入目錄，${result}輸出目錄
• 考慮到并行運算，這里設置了該賬戶可以并行運行的任務數量，已經連續運行任務的最小時間間隔。
• 前文中，針對pipeline里的變量，每個服務器賬戶對應一組變量，彼此獨立，互相隔離。
• 針對服務器狀態，提供狀態按鈕來驗證是否符合要求。網絡狀態、變量值是否符合要求
• Web終端應急操作，可以點擊終端按鈕直接打開shell，手動操作，見下圖:

運行的方式：

之前系統設計時所做的準備：

通過圖形化設計之后獲得的pipeline腳本

對應于服務器賬戶信息中的變量

錄入系統的樣本信息：樣本編號，${sn} Run ID ${id}等等

通過將保存的shell腳本，將腳本變量用以上信息替換為實際需要運行的腳本，通過遠程連接發送指令在服務器上運行

運行的過程：狀態監控，結果的判斷

發送完腳本，服務器端運行狀態需要和控制端保持連接，監控運行狀態，獲取運行輸出。

運行完成后服務器端推送信息到控制端，判斷是否符合要求，輸出文件是否存在

運行失敗后服務器端推送信息到控制端，顯示錯誤信息，錯誤日志，便于生信開發人員查找錯誤

統計每一個分析步驟的運行時間，便于統計分析

運行的結果：

如果需要獲取分析結果文件的，這時候需要將該文件下載至本系統指定目錄中。

如果需要將分析結果vcf，csv等格式文件保存于數據庫，按照前文中，pipeline圖形化中設計格式，讀取文件保存于系統數據庫中。

收集標準化的數據，累積數據，為以后數據挖掘，回歸分析做好準備

總結

以上是生活随笔為你收集整理的属于服务器端运行的程序_生信分析云平台产品开发 - 5 生信分析pipeline服务器端运行...的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網站內容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。