命令行界面q2cli

QIIME 2 command-line interface (q2cli)

https://docs.qiime2.org/2021.2/interfaces/q2cli/

注：最好按本教程順序學習，想直接學習本章，至少完成本系列《1簡介和安裝》。

本指南介紹了q2cli，它是QIIME 2 Core發行版中包含的QIIME 2命令行界面。教程廣泛使用q2cli，因此建議在開始教程之前先閱讀本文檔。本文檔尚在開發中，將來會擴展。

基本用法 Basic usage

q2cli包含一個qiime命令，該命令用于從命令行執行QIIME分析。運行qiime查看可用子命令的列表：

qiime

顯示如下內容：

Usage: qiime [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...QIIME 2 command-line interface (q2cli)--------------------------------------To get help with QIIME 2, visit https://qiime2.org.To enable tab completion in Bash, run the following command or add it toyour .bashrc/.bash_profile:source tab-qiimeTo enable tab completion in ZSH, run the following commands or add them toyour .zshrc:autoload bashcompinit && bashcompinit && source tab-qiimeOptions:--version Show the version and exit.--help Show this message and exit.Commands:info Display information about current deployment.tools Tools for working with QIIME 2 files.dev Utilities for developers and advanced users.alignment Plugin for generating and manipulating alignments.composition Plugin for compositional data analysis.cutadapt Plugin for removing adapter sequences, primers, andother unwanted sequence from sequence data.dada2 Plugin for sequence quality control with DADA2.deblur Plugin for sequence quality control with Deblur.demux Plugin for demultiplexing & viewing sequence quality.diversity Plugin for exploring community diversity.diversity-lib Plugin for computing community diversity.emperor Plugin for ordination plotting with Emperor.feature-classifier Plugin for taxonomic classification.feature-table Plugin for working with sample by feature tables.fragment-insertion Plugin for extending phylogenies.gneiss Plugin for building compositional models.longitudinal Plugin for paired sample and time series analyses.metadata Plugin for working with Metadata.phylogeny Plugin for generating and manipulating phylogenies.quality-control Plugin for quality control of feature and sequence data.quality-filter Plugin for PHRED-based filtering and trimming.sample-classifier Plugin for machine learning prediction of samplemetadata.taxa Plugin for working with feature taxonomy annotations.vsearch Plugin for clustering and dereplicating with vsearch.

將列出幾個子命令，包括插件命令（例如feature-table, diversity）和內置命令（例如info, tools）。

您可以通過運行qiime info來發現當前安裝了哪些插件以及有關QIIME部署的其他信息：

qiime info

顯示如下內容：

System versions Python version: 3.6.12 QIIME 2 release: 2021.2 QIIME 2 version: 2021.2.1 q2cli version: 2021.2.1Installed plugins alignment: 2021.2.1 composition: 2021.2.1 cutadapt: 2021.2.1 dada2: 2021.2.1 deblur: 2021.2.1 demux: 2021.2.1 diversity: 2021.2.1 diversity-lib: 2021.2.1 emperor: 2021.2.1 feature-classifier: 2021.2.1 feature-table: 2021.2.1 fragment-insertion: 2021.2.1 gneiss: 2021.2.1 longitudinal: 2021.2.1 metadata: 2021.2.1 phylogeny: 2021.2.1 quality-control: 2021.2.1 quality-filter: 2021.2.1 sample-classifier: 2021.2.1 taxa: 2021.2.1 types: 2021.2.1 vsearch: 2021.2.1Application config directory /mnt/bai/yongxin/miniconda2/envs/qiime2-2021.2/var/q2cliGetting help To get help with QIIME 2, visit https://qiime2.org

向任何命令提供--help以顯示有關該命令的信息，包括該命令定義的所有子命令，選項和參數。例如，要了解有關feature-table 插件命令的更多信息，請運行：

qiime feature-table --help

顯示如下內容：

Usage: qiime feature-table [OPTIONS] COMMAND [ARGS]...Description: This is a QIIME 2 plugin supporting operations on sample byfeature tables, such as filtering, merging, and transforming tables.Plugin website: https://github.com/qiime2/q2-feature-tableGetting user support: Please post to the QIIME 2 forum for help with thisplugin: https://forum.qiime2.orgOptions:--version Show the version and exit.--citations Show citations and exit.--help Show this message and exit.Commands:core-features Identify core features in tablefilter-features Filter features from tablefilter-features-conditionally Filter features from a table based onabundance and prevalencefilter-samples Filter samples from tablefilter-seqs Filter features from sequencesgroup Group samples or features by a metadatacolumnheatmap Generate a heatmap representation of afeature tablemerge Combine multiple tablesmerge-seqs Combine collections of feature sequencesmerge-taxa Combine collections of feature taxonomiespresence-absence Convert to presence/absencerarefy Rarefy tablerelative-frequency Convert to relative frequenciesrename-ids Renames sample or feature ids in a tablesubsample Subsample tablesummarize Summarize tabletabulate-seqs View sequence associated with each featuretranspose Transpose a feature table.

這將列出feature-table插件提供的操作（子命令），以及有關插件本身的信息（例如引文，網站，用戶支持）。

嘗試使用--help了解其他命令。例如，內置工具命令中有哪些可用操作？

開啟命令行補全Enable command-line tab completion

如果將Bash或Zsh用作Shell，則可以啟用制表符補全功能，這將大大提高QIIME 2命令行界面（command-line interface，CLI）的可用性。啟用制表符補全功能后，按Tab鍵將嘗試完成您鍵入的命令或選項，或者根據到目前為止鍵入的內容為您提供可用命令或選項的列表。這減少了您必須執行的鍵入操作的數量，并使命令和選項更易于發現，而無需將—help傳遞給要運行的每個命令。

提示：當前僅在Bash和Zsh Shell中支持QIIME 2 CLI選項補全。要檢查您擁有什么Shell，請運行echo $0。您應該在輸出中看到-bash或-zsh(例如我看到的是/bin/bash)。

請選擇適合對說明對應的Shell，方可啟用制表符補全。

Bash

運行以下命令以啟用制表符完成：

source tab-qiime

每次打開新終端并激活QIIME 2 conda環境時，除非將其添加到您的.bashrc / .bash_profile中，否則都將需要運行此命令。

Zsh

運行以下命令以啟用制表符完成：

autoload bashcompinit && bashcompinit && source tab-qiime

除非將其添加到.zshrc中，否則每次打開新終端并激活QIIME 2 conda環境時，都需要運行此命令。

驗證標簽頁完成 Verify tab completion

要測試選項卡補全功能是否正常運行，請嘗試鍵入以下部分命令，而無需實際運行該命令，請按Tab鍵（您可能需要按幾次）。如果制表符補全有效，則命令應自動補齊qiime info。

qiime i

譯者簡介

劉永鑫，博士，高級工程師，中科院青促會會員，QIIME 2項目參與人。2008年畢業于東北農業大學微生物學專業，2014年于中國科學院大學獲生物信息學博士，2016年遺傳學博士后出站留所工作，任工程師，研究方向為宏基因組數據分析。目前在Science、Nature Biotechnology、Protein & Cell、Current Opinion in Microbiology等雜志發表論文30余篇，被引3千余次。2017年7月創辦“宏基因組”公眾號，分享宏基因組、擴增子研究相關文章2400余篇，代表作有《擴增子圖表解讀、分析流程和統計繪圖三部曲(21篇)》、 《微生物組實驗手冊》、《微生物組數據分析》等，關注人數11萬+，累計閱讀2100萬+。

Reference

https://docs.qiime2.org/2021.2

Evan Bolyen, Jai Ram Rideout, Matthew R. Dillon, Nicholas A. Bokulich, Christian C. Abnet, Gabriel A. Al-Ghalith, Harriet Alexander, Eric J. Alm, Manimozhiyan Arumugam, Francesco Asnicar, Yang Bai, Jordan E. Bisanz, Kyle Bittinger, Asker Brejnrod, Colin J. Brislawn, C. Titus Brown, Benjamin J. Callahan, Andrés Mauricio Caraballo-Rodríguez, John Chase, Emily K. Cope, Ricardo Da Silva, Christian Diener, Pieter C. Dorrestein, Gavin M. Douglas, Daniel M. Durall, Claire Duvallet, Christian F. Edwardson, Madeleine Ernst, Mehrbod Estaki, Jennifer Fouquier, Julia M. Gauglitz, Sean M. Gibbons, Deanna L. Gibson, Antonio Gonzalez, Kestrel Gorlick, Jiarong Guo, Benjamin Hillmann, Susan Holmes, Hannes Holste, Curtis Huttenhower, Gavin A. Huttley, Stefan Janssen, Alan K. Jarmusch, Lingjing Jiang, Benjamin D. Kaehler, Kyo Bin Kang, Christopher R. Keefe, Paul Keim, Scott T. Kelley, Dan Knights, Irina Koester, Tomasz Kosciolek, Jorden Kreps, Morgan G. I. Langille, Joslynn Lee, Ruth Ley, Yong-Xin Liu, Erikka Loftfield, Catherine Lozupone, Massoud Maher, Clarisse Marotz, Bryan D. Martin, Daniel McDonald, Lauren J. McIver, Alexey V. Melnik, Jessica L. Metcalf, Sydney C. Morgan, Jamie T. Morton, Ahmad Turan Naimey, Jose A. Navas-Molina, Louis Felix Nothias, Stephanie B. Orchanian, Talima Pearson, Samuel L. Peoples, Daniel Petras, Mary Lai Preuss, Elmar Pruesse, Lasse Buur Rasmussen, Adam Rivers, Michael S. Robeson, Patrick Rosenthal, Nicola Segata, Michael Shaffer, Arron Shiffer, Rashmi Sinha, Se Jin Song, John R. Spear, Austin D. Swafford, Luke R. Thompson, Pedro J. Torres, Pauline Trinh, Anupriya Tripathi, Peter J. Turnbaugh, Sabah Ul-Hasan, Justin J. J. van der Hooft, Fernando Vargas, Yoshiki Vázquez-Baeza, Emily Vogtmann, Max von Hippel, William Walters, Yunhu Wan, Mingxun Wang, Jonathan Warren, Kyle C. Weber, Charles H. D. Williamson, Amy D. Willis, Zhenjiang Zech Xu, Jesse R. Zaneveld, Yilong Zhang, Qiyun Zhu, Rob Knight & J. Gregory Caporaso#. Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2. Nature Biotechnology. 2019, 37: 852-857. doi:10.1038/s41587-019-0209-9

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學習16S擴增子、宏基因組科研思路和分析實戰，關注“宏基因組”

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的QIIME 2教程. 22命令行界面q2cli(2021.2)的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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