融合基因介紹

概念
在RNA水平上，由多個(gè)轉(zhuǎn)錄本構(gòu)成的轉(zhuǎn)錄本。
在DNA水平上，由兩個(gè)或多個(gè)基因共同組成的新基因。

NGS如何鑒定融合基因

spanning reads
R1和R2沒有覆蓋到連接點(diǎn)，只是比對(duì)的位置位于兩個(gè)不同的基因上。潛在的融合基因，解釋性較弱。

split reads
R1或R2的一條read位于連接點(diǎn)的兩側(cè)，有一條read直接覆蓋到連接點(diǎn)上。解釋性較強(qiáng)。

本質(zhì)
染色體重排。
研究意義
異常基因融合可能引用惡性血液疾病以及腫瘤。探討發(fā)病機(jī)制、biomaker的篩選。

STAR-Fusion

原理

將reads通過STAR比對(duì)reference genome，篩選出split和dicordant reads作為候選融合基因。

候選融合基因與reference genome比對(duì)，根據(jù)overlap預(yù)測出融合基因。

過濾預(yù)測結(jié)果，去除假陽性結(jié)果。

運(yùn)行步驟
STAR-Fusion可以這件用原始Fastq數(shù)據(jù)分析。
4. 下載genome resouce lib：https://data.broadinstitute.org/Trinity/CTATRESOURCELIB/
5. 預(yù)處理genome resource lib：

FusionFilter/prep_genome_lib.pl--genome_fa ref_genome.fa--gtf ref_annot.gtf--fusion_annot_lib fusion_lib.dat.gz 融合基因注釋信息--blast_pairs blast_pairs.outfmt6.gz--pfam_db PFAM.domtblout.dat.gz

運(yùn)行

STAR-Fusion--genome_lib_dir CTAT_resource_lib(建立的reference lib所在的目錄)--left_fq read-1.fq--right_fq(單端時(shí)省略該參數(shù)) read_2.fq--output_dir star_fusion_outdir

輸出結(jié)果
star-fusion.fusion_predictions.abridged.tsv，比較關(guān)心的是轉(zhuǎn)錄本融合的左右兩個(gè)轉(zhuǎn)錄本的ID和融合為電動(dòng)的坐標(biāo)。JunctionRead和SpanningFrag個(gè)數(shù)越多，為一個(gè)真實(shí)的融合基因的可能性越大。spliceType表示斷裂點(diǎn)breakpoint是否位于exon邊界。

#FusionName JunctionReadCount SpanningFragCount SpliceType LeftGene LeftBreakpoint RightGene RightBreakpoint LargeAnchorSupport FFPM LeftBreakDinuc LeftBreakEntropy RightBreakDinuc RightBreakEntropy annots THRA--AC090627.1 27 93 ONLY_REF_SPLICE THRA^ENSG00000126351.8 chr17:38243106:+ AC090627.1^ENSG00000235300.3 chr17:46371709:+ YES_LDAS 23875.8456 GT 1.8892 AG 1.9656 ["CCLE","FA_CancerSupp","INTRACHROMOSOMAL[chr17:8.12Mb]"]

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的转录组：STAR-Fusion融合基因的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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