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编程问答

dnastar拼接反向互补序列_什么叫“反向互补序列”????????

發(fā)布時間:2024/8/1 编程问答 35 豆豆
生活随笔 收集整理的這篇文章主要介紹了 dnastar拼接反向互补序列_什么叫“反向互补序列”???????? 小編覺得挺不錯的,現(xiàn)在分享給大家,幫大家做個參考.

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一、順序不同:

原序列e5a48de588b63231313335323631343130323136353331333433616234:AATTCCGG,

則反向序列為:GGCCTTAA 就是原序列反過來;

互補序列:TTAAGGCC 就是與原序列互補;

反向互補:CCGGAATT 就是與反向序列互補。

二、概念不同:

互補的概念就是A-T,C--G配對

要將核苷酸序列轉(zhuǎn)換成反向互補序列,需要用DNASTAR軟件,其中有EditSeq組件。

三、序列編碼不同:

在用DNAMAN的多序列比對時,包括編碼鏈和非編碼連的比對,測序得到的目的片段可能是非編碼鏈(即目的基因的編碼鏈的互補序列),而NCBI中提交的序列都是編碼鏈的序列。

#!usr/bin/perl/-w

print "put in";

$a=;

chomp($a);

@q=split (//,$a);

@p=reverse @q;

foreach my $i (@p){

if ($i eq "A"){print "T";}

elsif ($i eq "T"){print "A";}

elsif ($i eq "G"){print "C";}

elsif ($i eq "C"){print "G";}

}

擴展資料:

利用反向PCR可對未知序列擴增后進行分析,探索鄰接已知DNA片段的序列,并可將僅知部分序列的全長cDNA進行分子克隆,建立全長的DNA探針。適用于基因游走、轉(zhuǎn)位因子和已知序列DNA旁側(cè)病毒整合位點分析等研究。

用傳統(tǒng)的緩沖液和其他提供者推薦的條件裂解DNA。反向PCR所擴增的片段的大小由?PCR擴增片段的大小決定,PCR擴增的實際上限為3-4kb。

能裂解核心區(qū)的內(nèi)切酶使反向PCR只能擴增引物所定模板(依賴于引物)的上游 或上游區(qū),而不裂解核心區(qū)的酶則使兩上邊側(cè)序列都擴增,并帶有由內(nèi)切酶和環(huán)化類 型決定的接點(例如,互補突頭連接與鈍頭連接)。

總結(jié)

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