dnastar拼接反向互补序列_反向互补、反向、互补序列有何区别?
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一、順序不同62616964757a686964616fe58685e5aeb931333433616234:
原序列:AATTCCGG,
則反向序列為:GGCCTTAA 就是原序列反過來;
互補(bǔ)序列:TTAAGGCC 就是與原序列互補(bǔ);
反向互補(bǔ):CCGGAATT 就是與反向序列互補(bǔ)。
二、概念不同:
互補(bǔ)的概念就是A-T,C--G配對
要將核苷酸序列轉(zhuǎn)換成反向互補(bǔ)序列,需要用DNASTAR軟件,其中有EditSeq組件。
三、序列編碼不同:
在用DNAMAN的多序列比對時,包括編碼鏈和非編碼連的比對,測序得到的目的片段可能是非編碼鏈(即目的基因的編碼鏈的互補(bǔ)序列),而NCBI中提交的序列都是編碼鏈的序列。
#!usr/bin/perl/-w
print "put in";
$a=;
chomp($a);
@q=split (//,$a);
@p=reverse @q;
foreach my $i (@p){
if ($i eq "A"){print "T";}
elsif ($i eq "T"){print "A";}
elsif ($i eq "G"){print "C";}
elsif ($i eq "C"){print "G";}
}
擴(kuò)展資料:
利用反向PCR可對未知序列擴(kuò)增后進(jìn)行分析,探索鄰接已知DNA片段的序列,并可將僅知部分序列的全長cDNA進(jìn)行分子克隆,建立全長的DNA探針。適用于基因游走、轉(zhuǎn)位因子和已知序列DNA旁側(cè)病毒整合位點分析等研究。
用傳統(tǒng)的緩沖液和其他提供者推薦的條件裂解DNA。反向PCR所擴(kuò)增的片段的大小由?PCR擴(kuò)增片段的大小決定,PCR擴(kuò)增的實際上限為3-4kb。
能裂解核心區(qū)的內(nèi)切酶使反向PCR只能擴(kuò)增引物所定模板(依賴于引物)的上游 或上游區(qū),而不裂解核心區(qū)的酶則使兩上邊側(cè)序列都擴(kuò)增,并帶有由內(nèi)切酶和環(huán)化類 型決定的接點(例如,互補(bǔ)突頭連接與鈍頭連接)。
總結(jié)
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