生物信息學-蛋白質的結構分析與預測

Structural analysis & prediction of proteins

文章目錄

• 生物信息學-蛋白質的結構分析與預測
• • 1.蛋白質結構分類 (Classification)
  • 2.蛋白質結構顯示 (Visualization)
  • 3.蛋白質結構預測 (Prediction)
  • • • 蛋白質結構從頭預測方法的探索
  • 4.蛋白質結構分析的應用 (Application)
  • • 1.基本理化性質分析
    • 2.蛋白轉運信號與細胞定位分析
    • 3.跨膜蛋白結構分析
    • 4.修飾位點、切割位點分析及其他

1.蛋白質結構分類 (Classification)

primary structure—secondary structure—Domain

SCOP分類數據庫
蛋白質結構分類數據庫SCOP（structure classification of proteins）
SCOP的層次:家族（family）、超家族（superfamily）、折疊（fold）、結構類型（class）

蛋白質家族：

1.（序列含義）對位排列具有大于50%的同一性，且具有相似生化功能的一組蛋白質。–SCOP, CATH

2.（結構含義）具有顯著結構相似性但序列相似性并不必需的一組蛋白質。 --FSSP/DALI
蛋白超家族： 有遠源序列相似性的不等長度的蛋白質家族的組合。超家族成員具有共同的進化祖先

2.蛋白質結構顯示 (Visualization)

3.蛋白質結構預測 (Prediction)

蛋白質結構從頭預測方法的探索

Home - Prediction Center

4.蛋白質結構分析的應用 (Application)

1.基本理化性質分析

－ Amino acid composition (氨基酸組成)
－ Molecular weight (分子量)
－ Hydrophobicity (疏水性)
－ Solvent accessibility (溶劑可進入性)
－etc

分析工具：
單機軟件：BioEdit, DNAstar, etc
在線服務：Expasy Protparam, Protein calculator, EBI-
SAPS, etc

2.蛋白轉運信號與細胞定位分析

Prediction of subcellular location and signal sequences

3.跨膜蛋白結構分析

4.修飾位點、切割位點分析及其他

－ Glycosylation site (糖基化位點)
－ Acetylation site (乙酰化位點)
－ Phosphorylation site (磷酸化位點)
－ Cleavage site by protease (蛋白酶切割位點)
－ etc

Services list (dtu.dk)

總結

以上是生活随笔為你收集整理的生物信息学学习笔记（二）--蛋白质的结构分析与预测Structural analysis prediction of proteins的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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