功能：

用于有參考基因組存在的比對工具（適用于whole-genome, transcriptome, and exome sequencing data）

用法：

hisat2-build [options]* <reference_in> <ht2_base>

hisat2 [options]* -x <hisat2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r> | --sra-acc <SRA accession number>} [-S <hit>]

索引：

-x <hisat2-idx>：參考基因組的index的basename。

比對的數據：

-1 <m1>：針對paired 測序，例子：-1 flyA_1.fq,flyB_1.fq

-2 <m2>：針對paired 測序，例子：-1 flyA_2.fq,flyB_2.fq

-U <r>：針對unpaired測序

--sra-acc <SRA accession number>：針對SRA數據庫的數據。例子：--sra-acc SRR353653,SRR353654

輸出：

-S <hit>：輸出文件名。（sam文件）

[options]:

--dta-cufflinks:出來的結果更適合cufflinks處理。

拒絕低效率勤奮，保持高效思考

總結

以上是生活随笔為你收集整理的HISAT2的运用的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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