全球疫情肆虐，各大科技公司都在竭盡全力抗擊疫情。3月13日，阿里云對(duì)外宣布，將向醫(yī)療科研機(jī)構(gòu)、疾控中心等一線病毒研究機(jī)構(gòu)免費(fèi)開放基因計(jì)算服務(wù)，可大幅提升宏基因組測序、疫苗研發(fā)相關(guān)的處理效率，最快只需60秒即可完成新冠病毒的核酸對(duì)比工作。

實(shí)時(shí)熒光定量PCR（RT-PCR）和宏基因組測序（mNGS）是目前用于確診新型冠狀病毒感染的常見方法，PCR操作流程簡單、成本低，但準(zhǔn)確率較低，mNGS雖然操作較為復(fù)雜，但準(zhǔn)確率很高，兩者結(jié)合可進(jìn)一步提升檢測結(jié)果的準(zhǔn)確性，有效防止病毒變異產(chǎn)生的漏檢。

實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)顯示，?mNGS檢測新冠病毒準(zhǔn)確率高達(dá)95%，但其中核酸序列比對(duì)非常耗時(shí)，以某患者為例，計(jì)算機(jī)需要對(duì)超過30億個(gè)堿基進(jìn)行一一比對(duì)，相同片段超過額定數(shù)量，才可判定為確診，通常這一過程需要30分鐘或更久。

此次阿里云免費(fèi)開放的基因計(jì)算服務(wù)AGS（Alibaba Genomics Service），基于GPU和容器技術(shù)，可大幅提升核酸比對(duì)的速度，疾控中心、各大高校、醫(yī)院、基因企業(yè)等一線病毒研究機(jī)可在阿里云上輕松實(shí)現(xiàn)包括新型冠狀病毒SARS-CoV-2和39種BetaCov RNA的病原體基因組的檢測，同時(shí)也支持科研人員上傳和比對(duì)自定義病毒庫。

以一組的宏基因組數(shù)據(jù)量為3.2Gbase（22M reads）的宏基因組測序數(shù)據(jù)為例，?科研人員只需在阿里云上通過命令行AGS rna-mapping API 啟動(dòng)比對(duì)過程，隨即阿里云容器服務(wù)調(diào)度GPU云服務(wù)器啟動(dòng)加速計(jì)算，60秒內(nèi)即可得到高質(zhì)量匹配reads的數(shù)據(jù)和初步質(zhì)量報(bào)告，為多種病原體檢測，和進(jìn)一步的新冠病毒蛋白質(zhì)研究及變異研究提供快速準(zhǔn)確的數(shù)據(jù)支撐。

此前，阿里云在疫情發(fā)生第一時(shí)間就宣布向新冠疫苗研發(fā)科研機(jī)構(gòu)免費(fèi)提供一切AI算力，目前已收到了包括浙江大學(xué)醫(yī)學(xué)院、GHDDI全球健康藥物研發(fā)中心、清華大學(xué)醫(yī)學(xué)院、北京大學(xué)醫(yī)學(xué)院等國內(nèi)外數(shù)十家權(quán)威科研機(jī)構(gòu)的申請(qǐng)，第一批申請(qǐng)的算力資源已部署上線，為疫苗研發(fā)提速加碼。

總結(jié)

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