以清房為名限制人員出入，如果是在軍事禁區、軍事基地等需要嚴格管制的場所，符合相關法律和規定，且操作規范，可以被視為合法。但如果是在普通居民區或者沒有必要限制人員出入的場所，部隊以清房為名限制人員出入就屬于侵犯公民自由權利的行為，是不合法的。所以具體情況需要結合相關法律法規和實際情況進行綜合判斷。

總結

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