下載地址：http://www.drive5.com/muscle/downloads.htm

1）運行:

win+R然后輸入cmd，然后cd進入muscle目錄

2) 比對:

muscle3.8.31_i86win32.exe   -in four_mioto.fasta   -out   four_mioto.aln 

其中-in是輸入文件， -out 是輸出文件。本次輸入文件是四個線粒體全序列數據。

3）構樹

構建UPGMA樹：

  muscle3.8.31_i86win32.exe   -maketree  -in seqs.aln  -out seqs.tree

構建 Neighbor-Joining 樹：

  muscle3.8.31_i86win32.exe  -maketree  -in seqs.afa  -out seqs.tree   -cluster neighborjoining

4）構樹

用figtree打開上述樹文件，進行美化調整

總結

以上是生活随笔為你收集整理的Musle比对软件（windows）的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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