下載地址：http://www.drive5.com/muscle/downloads.htm

1）運(yùn)行:

win+R然后輸入cmd，然后cd進(jìn)入muscle目錄

2) 比對(duì):

muscle3.8.31_i86win32.exe   -in four_mioto.fasta   -out   four_mioto.aln 

其中-in是輸入文件， -out 是輸出文件。本次輸入文件是四個(gè)線粒體全序列數(shù)據(jù)。

3）構(gòu)樹

構(gòu)建UPGMA樹：

  muscle3.8.31_i86win32.exe   -maketree  -in seqs.aln  -out seqs.tree

構(gòu)建 Neighbor-Joining 樹：

  muscle3.8.31_i86win32.exe  -maketree  -in seqs.afa  -out seqs.tree   -cluster neighborjoining

4）構(gòu)樹

用figtree打開上述樹文件，進(jìn)行美化調(diào)整

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的Musle比对软件（windows）的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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