在轉錄組測序（RNA-Seq）中，基因的表達量是我們關注的重點?；虮磉_量的衡量指標有：RPKM、FPKM、TPM。

RPKM：Reads Per Kilobase Million；說實話，這個英文說明真的很費解，其實可以理解為“Reads Per Kilobase Per Million Reads”?，即“每一百萬條Reads中，對基因的每1000個Base而言，比對到該1000個base的Reads數”，計算公式。

FPKM：Fragments per Kilobase Million，FPKM意義與RPKM極為相近。二者區別僅在于，Fragment 與 Read。RPKM的誕生是針對早期的SE測序，FPKM則是在PE測序上對RPKM的校正。只要明確?Reads 和 Fragments的區別，RPKM和FPKM的概念便易于區分。Reads即是指下機后fastq數據中的每一條Reads，Fragments則是指每一段用于測序的核酸片段，在SE中，一個Fragments只測一條Reads，所以，Reads數與Fragments數目相等；在PE中，一個Fragments測兩端，會得到2條Reads，但由于后期質量或比對的過濾，有可能一個Fragments的2條Reads最后只有一條進入最后的表達量分析?？傊?，對某一對Reads而言，這2條Reads只能算一個Fragments，所以，Fragment的最終數目是Reads的1到2倍之間。

TPM：?Transcripts Per Million，這個英文也很費解。先不糾結字面意思了，直接解釋它的計算方法。TPM的計算分3步：

step1：根據基因/轉錄本長度?校正count值；假設某基因count值為R1，則校正后count值為：

R1/(L1/1000)?；

注: L1為該基因的長度；

step2：計算total 校正后count值；即所有基因的校正后count值?總和，Rtotal；

step3：計算TPM；TPM?結果為：

R1*1000*1000000/(L1*?Rtoatl)。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的转录组表达量计RPKM、FPKM、TPM说明的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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