在使用Python進行數據分析時，Jupyter Notebook是一個非常強力的工具，在數據集不是很大的情況下，我們可以使用pandas輕松對txt或csv等純文本格式數據進行讀寫。

然而當數據集的維度或者體積很大時，將數據保存并加載回內存的過程就會變慢，并且每次啟動Jupyter Notebook時都需要等待一段時間直到數據重新加載， 這樣csv格式或任何其他純文本格式數據都失去了吸引力。

本文將對pandas支持的多種格式數據在處理數據的不同方面進行比較，包含I/O速度、內存消耗、磁盤占用空間等指標，試圖找出如何為我們的數據找到一個合適的格式的辦法！

? 格式說明

現在對本文進行對比的幾種數據格式進行說明。

• CSV：最常用的數據格式

• Pickle：用于序列化和反序列化Python對象結構

• MessagePack：類似于json，但是更小更塊

• HDF5：一種常見的跨平臺數據儲存文件

• Feather：一個快速、輕量級的存儲框架

• Parquet：Apache Hadoop的列式存儲格式

? 指標說明

為了找到格式來存儲數據，本文選擇以下指標進行對比。

• size_mb：帶有序列化數據幀的文件的大小

• save_time：將數據幀保存到磁盤所需的時間

• load_time：將先前轉儲的數據幀加載到內存所需的時間

• save_ram_delta_mb：在數據幀保存過程中最大的內存消耗增長

• load_ram_delta_mb：數據幀加載過程中最大的內存消耗增長

注意，當我們使用有效壓縮的二進制數據格式(例如Parquet)時，最后兩個指標變得非常重要。它們可以幫助我們估算加載串行化數據所需的RAM數量，以及數據大小本身。我們將在下一部分中更詳細地討論這個問題。

? 對比

現在開始對前文介紹的5種數據格式進行比較，為了更好地控制序列化的數據結構和屬性我們將使用自己生成的數據集。

下面是生成測試數據的代碼，我們隨機生成具有數字和分類特征的數據集。數值特征取自標準正態分布。分類特征以基數為C的uuid4隨機字符串生成，其中2 <= C <= max_cat_size。

def?generate_dataset(n_rows,?num_count,?cat_count,?max_nan=0.1,?max_cat_size=100):dataset,?types?=?{},?{}def?generate_categories():from?uuid?import?uuid4category_size?=?np.random.randint(2,?max_cat_size)return?[str(uuid4())?for?_?in?range(category_size)]for?col?in?range(num_count):name?=?f'n{col}'values?=?np.random.normal(0,?1,?n_rows)nan_cnt?=?np.random.randint(1,?int(max_nan*n_rows))index?=?np.random.choice(n_rows,?nan_cnt,?replace=False)values[index]?=?np.nandataset[name]?=?valuestypes[name]?=?'float32'for?col?in?range(cat_count):name?=?f'c{col}'cats?=?generate_categories()values?=?np.array(np.random.choice(cats,?n_rows,?replace=True),?dtype=object)nan_cnt?=?np.random.randint(1,?int(max_nan*n_rows))index?=?np.random.choice(n_rows,?nan_cnt,?replace=False)values[index]?=?np.nandataset[name]?=?valuestypes[name]?=?'object'return?pd.DataFrame(dataset),?types

現在我們以CSV文件保存和加載的性能作為基準。將五個隨機生成的具有百萬個觀測值的數據集轉儲到CSV中，然后讀回內存以獲取平均指標。并且針對具有相同行數的20個隨機生成的數據集測試了每種二進制格式。

同時使用兩種方法進行對比：

• 1.將生成的分類變量保留為字符串

• 2.在執行任何I/O之前將其轉換為pandas.Categorical數據類型

1.以字符串作為分類特征

下圖顯示了每種數據格式的平均I/O時間。這里有趣的發現是hdf的加載速度比csv更低，而其他二進制格式的性能明顯更好，而feather和parquet則表現的非常好

保存數據并從磁盤讀取數據時的內存消耗如何？下一張圖片向我們展示了hdf的性能再次不那么好。但可以肯定的是，csv不需要太多額外的內存來保存/加載純文本字符串，而feather和parquet則非常接近

最后，讓我們看一下文件大小的對比。這次parquet顯示出非常好的結果，考慮到這種格式是為有效存儲大量數據而開發的，也是理所當然

2.對特征進行轉換

在上一節中，我們沒有嘗試有效地存儲分類特征，而是使用純字符串，接下來我們使用專用的pandas.Categorical類型再次進行比較。

從上圖可以看到，與純文本csv相比，所有二進制格式都可以顯示其真強大功能，效率遠超過csv，因此我們將其刪除以更清楚地看到各種二進制格式之間的差異。

可以看到feather和pickle擁有最快的I/O速度，接下來該比較數據加載過程中的內存消耗了。下面的條形圖顯示了我們之前提到的有關parquet格式的情況

為什么parquet內存消耗這么高？因為只要在磁盤上占用一點空間，就需要額外的資源才能將數據解壓縮回數據幀。即使文件在持久性存儲磁盤上需要適度的容量，也可能無法將其加載到內存中。

最后我們看下不同格式的文件大小比較。所有格式都顯示出良好的效果，除了hdf仍然需要比其他格式更多的空間。

? 結論

正如我們的上面的測試結果所示，feather格式似乎是在多個Jupyter之間存儲數據的理想選擇。它顯示出很高的I/O速度，不占用磁盤上過多的內存，并且在裝回RAM時不需要任何拆包。

當然這種比較并不意味著我們應該在每種情況下都使用這種格式。例如，不希望將feather格式用作長期文件存儲。此外，當其他格式發揮最佳效果時，它并未考慮所有可能的情況。所以我們也需要根據具體情況進行選擇！

-END-

來源：towardsdatascience、GitHub等?

編譯：劉早起(有刪改)

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的更高效的利用Jupyter+pandas进行数据分析，6种常用数据格式效率对比！的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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