python讀取.nii.gz文件并展示醫學圖片

• 注意細節
• 我的數據集格式
• 展示圖片
• 補充

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注意細節

第一次做醫學圖像相關的內容，拿到數據集卻不會用，搞了半天終于可以打開顯示了，必須寫一個給跟我一樣的小白！！！
1.width, height, queue = img.dataobj.shape
這句話是取shape中的三個參數，而我的patient001_4d.nii.gz這個文件中shape是有四個參數的，我一直用這個文件做測試，然后一直報錯，換其他幾個文件就沒毛病了，要用四個參數的文件，你加一個 width, height, queue,queue1 = img.dataobj.shape就不會報錯，也不會影響后面的內容。
2.我參考了這個博客的代碼：https://blog.csdn.net/m0_37852937/article/details/85031853

我的數據集格式

代碼片.

#查看和顯示nii.gz文件import matplotlib matplotlib.use('TkAgg') from matplotlib import pylab as plt import nibabel as nib from nibabel import nifti1 from nibabel.viewers import OrthoSlicer3Dexample_filename = 'patient001/patient001_frame01.nii.gz' img = nib.load(example_filename) print(img) print(img.header['db_name']) # 輸出頭信息#shape有四個參數 patient001_4d.nii.gz #shape有三個參數 patient001_frame01.nii.gz patient001_frame12.nii.gz #shape有三個參數 patient001_frame01_gt.nii.gz patient001_frame12_gt.nii.gz width, height, queue = img.dataobj.shape OrthoSlicer3D(img.dataobj).show()num = 1 for i in range(0, queue, 10):img_arr = img.dataobj[:, :, i]plt.subplot(5, 4, num)plt.imshow(img_arr, cmap='gray')num += 1plt.show()

展示圖片

補充

可以直接打開nii或者nii.gz格式文件，用itk程序，可以看圖片，也可以將電影MRI切片成png格式的圖片。還可以看專家已經標注好的分割效果。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的python读取.nii.gz文件并展示医学图片的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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