PyOrganic

介紹

一個(gè)使用類來(lái)描述有機(jī)化合物結(jié)構(gòu)的Python庫(kù)。

架構(gòu)

Compound：描述化合物

Atom(抽象類) -> Carbon, Hydrogen：描述原子

Bond(抽象類) -> SingleBond, DoubleBond, TripleBond：描述鍵

示例

from PyOrganic import * # 導(dǎo)入 PyOrganic

Methane = Compound() # 定義化合物甲烷

C1 = Carbon(Methane) # 定義5個(gè)原子

H1 = Hydrogen(Methane)

H2 = Hydrogen(Methane)

H3 = Hydrogen(Methane)

H4 = Hydrogen(Methane)

SingleBond(C1, H1) # 連接原子

SingleBond(C1, H2)

SingleBond(C1, H3)

SingleBond(C1, H4)

Methane.entry_atom = C1 # 設(shè)置根原子

print(Methane.chemical_formula) # 輸出化學(xué)式 -> CH?

文檔

class Compound

化合物

方法

def __init__(self)

構(gòu)造化合物

屬性

entry_atom: Atom

訪問(wèn)該化合物的入口點(diǎn)

只讀屬性

atoms: list[Atom]

該化合物所擁有的原子

chemical_formula: str

化學(xué)式

name: str

系統(tǒng)命名法下的名稱(待補(bǔ))

class Atom

原子

方法

def __init__(self, name: str, symbol: str, max_bonds: int, compound: Compound)

構(gòu)造原子

name : 原子名稱

symbol : 元素符號(hào)

max_bonds : 最大能連接的鍵數(shù)

compound : 從屬的化合物

def set_bond(self, bond: Bond)

在該原子上單方面連接新的鍵

bond : 新連接的鍵

def spread(self, atoms: Iterable[Atoms])

遞歸尋找化合物中所有原子

atoms : 由所有原子組成的列表

只讀屬性

bonds: list[Bond]

獲得原子上所連的鍵的集合

compound: Compound

該原子所屬化合物

max_bonds: int

最大可連的鍵的數(shù)量

name: str

原子名稱

next_atoms: list[Atom]

與該原子相連的原子

rest_bonds_value: int

剩余可連的鍵的數(shù)量

symbol: str

元素符號(hào)

class Carbon(Atom)

碳原子

方法

__init__(self, compound: Compound) => Atom.__init__('碳', 'C', 4, compound)

構(gòu)造碳原子

compound : 從屬的化合物

class Hydrogen(Atom)

氫原子

方法

__init__(self, compound: Compound) => Atom.__init__('氫', 'H', 1, compound)

構(gòu)造氫原子

compound : 從屬的化合物

class Bond

鍵

方法

def __init__(self, left_atom: Atom, right_atom: Atom, value: int, name: str):

構(gòu)造鍵

left_atom : 鍵左側(cè)的原子

right_atom : 鍵右側(cè)的原子

value : 鍵值(共用電子對(duì)數(shù))，單鍵為1，雙鍵為2，叁鍵為3

name : 鍵名

只讀屬性

left_atom: Atom

鍵左邊連的原子

right_atom: Atom

鍵右邊連的原子

value: int

鍵值(共用電子對(duì)數(shù))，單鍵為1，雙鍵為2，叁鍵為3

name: str

鍵名

class SingleBond(Bond)

方法

def __init__(left_atom: Atom, right_atom: Atom) => Bond.__init__(leftatom, rightatom, 1, '單鍵')

構(gòu)造單鍵

left_atom : 鍵左側(cè)的原子

right_atom : 鍵右側(cè)的原子

class DoubleBond(Bond)

方法

def __init__(left_atom: Atom, right_atom: Atom) => Bond.__init__(leftatom, rightatom, 2, '雙鍵')

構(gòu)造雙鍵

left_atom : 鍵左側(cè)的原子

right_atom : 鍵右側(cè)的原子

class TripleBond(Bond)

方法

def __init__(left_atom: Atom, right_atom: Atom) => Bond.__init__(leftatom, rightatom, 3, '叁鍵')

構(gòu)造叁鍵

left_atom : 鍵左側(cè)的原子

right_atom : 鍵右側(cè)的原子

class NotTheSameCompoundError(Exception)

當(dāng)不同化合物的原子試圖成鍵時(shí)拋出

class NotEnoughBondsError(Exception)

當(dāng)剩余可連的鍵不足的原子試圖成鍵時(shí)拋出

貢獻(xiàn)者

ZZH

NKID00

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的python 化学结构_PyOrganic的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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