我最近的任務是在python中編寫一個程序，找到距離.pdb(蛋白質數據庫)蛋白質中每種金屬2埃范圍內的原子。這是我為它寫的腳本。

from Bio.PDB import *

parser = PDBParser(PERMISSIVE=True)

def print_coordinates(list):

neighborList = list

for y in neighborList:

print " ", y.get_coord()

structure_id = '5m6n'

fileName = '5m6n.pdb'

structure = parser.get_structure(structure_id, fileName)

atomList = Selection.unfold_entities(structure, 'A')

ns = NeighborSearch(atomList)

for x in structure.get_atoms():

if x.name == 'ZN' or x.name == 'FE' or x.name == 'CU' or x.name == 'MG' or x.name == 'CA' or x.name == 'MN':

center = x.get_coord()

neighbors = ns.search(center,2.0)

neighborList = Selection.unfold_entities(neighbors, 'A')

print x.get_id(), ': ', neighborList

print_coordinates(neighborList)

else:

continue

但這僅適用于單個.pdb文件，我希望能夠讀取它們的整個目錄。由于我直到現在才使用Java，我不完全確定如何在Python 2.7中實現這一點。我的一個想法是，我會將腳本放在try catch語句中，然后放入while循環，然后在它到達結尾時拋出異常，但這就是我將如何在Java中完成的，不知道我將如何在Python中做到這一點。所以我很樂意聽到任何人可能有的想法或示例代碼。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的matlab读取pdb文件,使用BioPython读取.pdb文件的整个目录的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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