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关于RNA-seq数据集的小结
發(fā)布時(shí)間:2025/1/21
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豆豆
生活随笔
收集整理的這篇文章主要介紹了
关于RNA-seq数据集的小结
小編覺(jué)得挺不錯(cuò)的,現(xiàn)在分享給大家,幫大家做個(gè)參考.
關(guān)于數(shù)據(jù)集的小節(jié):
1、reads:測(cè)序得到的小片段(類似:ATCCTA..GCTA)2、counts:與已知序列(基因)比對(duì)上的reads個(gè)數(shù)(為整數(shù),可能是個(gè)位數(shù)也可能是幾千,與基因表達(dá)情況和測(cè)序深度有關(guān))
3、由于不同基因的reads長(zhǎng)度不同,從統(tǒng)計(jì)角度上看,需要采用FPKM或RPKM來(lái)排除隨機(jī)抽樣帶來(lái)的偏倚。并且,不同的測(cè)序深度,直接影響counts的個(gè)數(shù)。
4、通常,如果數(shù)據(jù)集都為整數(shù),基本上可以判定是counts值,如果是小數(shù),基本上可以判定是做整理后的FPKM或RPKM,這個(gè)就需要找到數(shù)據(jù)集的源頭(NCBI或其它數(shù)據(jù)庫(kù))查看數(shù)據(jù)的說(shuō)明
總結(jié)
以上是生活随笔為你收集整理的关于RNA-seq数据集的小结的全部?jī)?nèi)容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。
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