關(guān)于數(shù)據(jù)集的小節(jié)：

1、reads：測(cè)序得到的小片段（類似：ATCCTA..GCTA）
2、counts：與已知序列（基因）比對(duì)上的reads個(gè)數(shù)（為整數(shù)，可能是個(gè)位數(shù)也可能是幾千，與基因表達(dá)情況和測(cè)序深度有關(guān)）
3、由于不同基因的reads長(zhǎng)度不同，從統(tǒng)計(jì)角度上看，需要采用FPKM或RPKM來(lái)排除隨機(jī)抽樣帶來(lái)的偏倚。并且，不同的測(cè)序深度，直接影響counts的個(gè)數(shù)。
4、通常，如果數(shù)據(jù)集都為整數(shù)，基本上可以判定是counts值，如果是小數(shù)，基本上可以判定是做整理后的FPKM或RPKM，這個(gè)就需要找到數(shù)據(jù)集的源頭（NCBI或其它數(shù)據(jù)庫(kù)）查看數(shù)據(jù)的說(shuō)明

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的关于RNA-seq数据集的小结的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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