最近，用Python腳本提取，在基因號已知，位置已知條件下，相對應位置的基因序列時發現，這樣很簡單但是很實用的腳本，在網上卻比較難找。而且，能被找到的腳本，相對于具有初級編程能力的人而言，有點難。本人寫了相對于初學者同樣很簡單腳本分享給大家。

首先，我將fa文件處理為單行(嫌麻煩，沒有寫成scaffold_x一行，序列一行的樣子，如圖三)，將下面的序列處理(圖一)：

(補充)經過：

import re

fr=open(r'F:desktopcorrelxxx.fa','r')

fw=open(r'F:desktopcorrelxxx_use.fa','w')

line=fr.read()

r=line.replace('n','')

s=re.sub('>','n>',r)

fw.write(s)

fr.close()

fw.close()

得到(圖二)：

當然你如果不嫌麻煩也可以處理成(圖三)：

假設我含有位置信息源文件(圖四)：

第一列為基因號，最后一列為基因在fa文件中的位置信息；

本人采用圖二的形式，具體腳本(腳本一)；

#author：Wang Binzhong

# -*- coding:utf-8 -*-

fr=open(r'F:desktopCX.txt','r')#讀取含有位置信息的文件

fa=open(r'F:desktopxxxx.fa','r')#讀取處理好的基因序列文件

fw_1=open(r'F:desktopfa_3.txt','w')#寫入

line_cr=fr.readlines()

line_fa=fa.readlines()

for eachline in line_cr:

sp=eachline.strip().split('t')

title_1=eachline.find('scaffold')

start_1=eachline.find(':',title_1)+1

end_1=eachline.find('-',start_1)

d_1=eachline[title_1:start_1-1].strip()#scaffold名稱

d_2=eachline[start_1:end_1].strip()#首位的位置

d_3=eachline[end_1+1:].strip()#末尾的位置

for each_seq in line_fa:

if d_1 == each_seq[:int(len(d_1))+5].strip('ATGC'):#如果對應的名稱在行中，就可以用以下的規則寫入文本

fw_1.write(sp[0]+'t'+each_seq[len(d_1)+int(d_2):len(d_1)+int(d_3)].strip()+'n')#改為：fw_1.write('>'+sp[0]+'n'+each_seq[len(d_1)+int(d_2):len(d_1)+int(d_3)].strip()+'n')可以省略第二步(腳本二)，一步完成

break

fr.close()

fa.close()

fw_1.close()

表頭沒有'>',同時也沒有換行處理，所以需要繼續處理(圖五)：

沒有寫連續的腳本，重新寫了一個(腳本二)：

import re

fr=open(r'F:desktopfa_3.txt','r')

fw=open(r'F:desktopfa_4.fa','w')

line_fr=fr.readlines()

s_1=''

for eachline in line_fr:

s_1=re.sub('t','n',eachline)

fw.write(re.sub('pp','>pp',s_1))

fr.close()

fw.close()

最終得到：

程序比較簡單，Python初學者都可以懂。當然，如果有錯誤的地方可以留言指出，

希望能為需要的同學提供幫助。這個程序只是針對于正鏈的

注：之前寫的出現了一個bug，經過修改后發布成功提取序列，希望對各位有幫助，有用的話可以引用。

鑒于某些人盜版，轉載請注明網址。

轉載本文請聯系原作者獲取授權，同時請注明本文來自王彬忠科學網博客。

鏈接地址：http://blog.sciencenet.cn/blog-783116-801490.html

總結

以上是生活随笔為你收集整理的python 基因序列提取_科学网—简单的Python脚本提取对应位置基因序列（fasta文件） - 王彬忠的博文...的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網站內容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。