iTOL簡介

大家在看高分文章時，總會驚嘆于，為什么人家能做出那么好看而且高大上的系統發育樹，而且好看的圖也能直接提升文章的檔次，沖擊高分文章。人家的樹不管是從配色還是各種注釋信息都讓人無可挑剔，而你每次花了半個月時間做的進化樹不是被老板嫌棄配色丑，就是太單調，沒有各種輔助的注釋信息。然后你默默捧起別人的文章學習時發現他們絕大部分都是用iTOL這個在線工具來進行的系統發育樹的美化的。

之前看有好幾個公眾號的幾篇文章推送了教大家怎么使用iTOL這個網站：http://itol.embl.de/

例如：

宏基因組：教你用iTOL輕松繪制高顏值系統進化樹

生信生信：微生物多樣性研究之物種聚類樹美化工具—iTOL

生信小王子：使用iTOL美化進化樹

iTOL的基本使用流程：

搜索itol后進入如下界面，點右上角Login進入系統

新用戶需要郵箱注冊，老用戶直接登錄

點擊進入My Tree,點擊Upload tree files 或者直接把樹文件拖入框中

點擊樹名稱進入樹的編輯界面，左上角依次是放大，縮小，還原當前窗口，樹的信息以及搜索。右上角是Controls界面

Basic界面可以設計樹的形式，枝長，單擊分支可編輯顏色，線條樣式，序列名稱，在Tree structure中可設置外群等

在Advance中可以顯示或隱藏支持率 7.在合并分支選項中可以設置合并分支的閾值

大家如果從來沒有用過iTOL可以看看以上推文，它們會教你怎么快速入門iTOL網站。但是這些推文都只教你了怎么去注冊iTOL的用戶，怎么上傳你的樹文件等一些非常簡單基本的操作，離真正讓你自己快速繪制一個高顏值進化樹距離還很遠！這些文章都只介紹了軟件在線網頁的使用，但如何準備軟件的數據確是絕大多數用戶的難點。當你想繪制自己的進化樹時，花了半個月搞出來的圖依舊很丑。

今天宏基因組就為你上點干貨，你讓半天時間制作的樹，顏值超過之前半個月的工作。

怎么樣才算是一顆高顏值的進化樹呢？

比如以下這篇文章:

這是宏基因組公眾號解讀過的一篇microbiome的文章 (Beckers, B., et al. (2017). Microbiome 5(1): 25.)。該圖是本文的5個主圖之一，也是本文最為重要的圖。本文無論在數據量還是數據統計展示都很常規，但能發到10分左右的雜志，還是很值得大家學習一下！作者選用了與楊樹不同生態位(根圍土壤、根系、莖、葉子)相關的高豐度菌繪制環形系統發育樹。選用在線的iTOL網站進行系統發育樹美化。不同環形顏色代表不同細菌門，柱形圖代表不同OTUs的相對豐度。

這篇文章中的圖就是用iTOL網站進行繪制的！這個網站的使用非常簡單，當你上傳完樹文件后，你只需要把對應的注釋文件拖到屏幕上樹所在的位置就能自動給你注釋的樹形結果，簡直不要太方便有沒有！但你需要準備所有的柱形圖，熱圖，分組信息等注釋文件。這些文件的準備其實才是最花費時間的步驟！

比如之前看iTOL網站的官方教程，想著手動去準備一個如下的注釋文件：

DATASET_DOMAINS
SEPARATOR TAB
BACKBONE_COLOR #FFFFFF
BACKBONE_HEIGHT 0
BORDER_WIDTH 0.5
COLOR #bebada
DATASET_LABEL Family
HEIGHT_FACTOR 1
LEGEND_COLORS #a6cee3 #1f78b4 #b2df8a #33a02c #fb9a99 #a6cee3 #1f78b4 #b2df8a #33a02c #fb9a99 #a6cee3 #1f78b4 #b2df8a #33a02c #fb9a99 #a6cee3 #1f78b4 #b2df8a #33a02c #fb9a99 #a6cee3 #1f78b4 #b2df8a #33a02c #fb9a99
LEGEND_LABELS Bacillaceae_1 Bradyrhizobiaceae Burkholderiales_incertae_sedis Caulobacteraceae Chloroplast Comamonadaceae Flavobacteriaceae Herpetosiphonaceae Hyphomicrobiaceae Kineosporiaceae Microbacteriaceae Micromonosporaceae Nocardioidaceae Oxalobacteraceae Pseudomonadaceae Pseudonocardiaceae Rhizobiaceae Rhodospirillaceae Sandaracinaceae Sinobacteraceae Sphingomonadaceae Streptomycetaceae Thermomonosporaceae Unassigned Xanthomonadaceae
LEGEND_SHAPES EL EL EL EL EL RE RE RE RE RE TL TL TL TL TL TR TR TR TR TR DI DI DI DI DI
LEGEND_TITLE Family
MARGIN 5
SHOW_DOMAIN_LABELS 0
WIDTH 25
DATA
OTU_657 10 DI|0|10|#b2df8a|Thermomonosporaceae
OTU_2 10 RE|0|10|#a6cee3|Comamonadaceae
OTU_3 10 TL|0|10|#fb9a99|Pseudomonadaceae
OTU_4 10 TL|0|10|#fb9a99|Pseudomonadaceae
OTU_5 10 EL|0|10|#fb9a99|Chloroplast
OTU_6 10 EL|0|10|#b2df8a|Burkholderiales_incertae_sedis
OTU_8 10 DI|0|10|#1f78b4|Streptomycetaceae
OTU_7 10 RE|0|10|#1f78b4|Flavobacteriaceae
OTU_9 10 TL|0|10|#1f78b4|Micromonosporaceae
OTU_10 10 TR|0|10|#1f78b4|Rhizobiaceae
OTU_17 10 DI|0|10|#33a02c|Unassigned

光想想這里的配色方案就讓人頭疼不已，準備這其中的一個注釋文件可能就要花費幾天時間，不僅費時費力，等你好不容易湊齊了幾十種顏色，結果搭配起來還十分難看。

難道國外那些大牛畫的高大上的進化樹難道是他們自己手動準備的注釋文件，按照自己的審美配的色嗎？

這個我肯定不信，(絕對不能承認自己審美差！)本著開放獲取的原則，本人終于在Github找到了一個別人寫的自動生成iTOL注釋文件的R包table2itol。用上這個R包就能幫助我們快速一鍵生成注釋文件啦！

table2itol的Github地址 https://github.com/mgoeker/table2itol

制作注釋文件

下面我將教大家快速自動生成高大上的注釋文件

Windows軟件安裝

首先要安裝table2itol這個進化樹美化注釋包，要確保你的R的版本高于 3.2 ，如果是windows系統推薦安裝R 3.5，這樣可以在Rstudio界面下直接調用Terminal，(但R語言在windows中對命令行支持比較差，容易出問題)。這時候只有我們準備的文件格式是txt格式就能使得table2itol在window系統下能運行：

1. windows直接下載，將table2itol該文件夾放置在：C:甥敳獲XDocuments 文件夾位置，注意路徑中不能有中文。

Linux軟件安裝

有的同學習慣使用Linux系統，這里也給大家準備了Linux系統下，table2itol.R包的安裝教程：

table2itol的下載和安裝

## Installation

# git clone git@github.com:mgoeker/table2itol.git
# 下載并解壓
wget https://github.com/mgoeker/table2itol/archive/master.zip
unzip master.zip
mv table2itol-master table2itol

# 測試
Rscript table2itol/table2itol.R

chmod +x table2itol.R

./table2itol.R

在R或Rstudio中安裝一些依賴關系

### 安裝依賴包
site="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN"
# 依賴包列表：參數解析、數據變換、繪圖和開發包安裝、安裝依賴、ggplot主題
package_list = c("grid

總結

以上是生活随笔為你收集整理的figtree如何编辑进化树_iTOL快速绘制颜值最高的进化树的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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