PanglaoDB的背景介紹

單細(xì)胞相關(guān)的研究數(shù)據(jù)常常以原始數(shù)據(jù)的形式存儲(chǔ)，由于需要使用復(fù)雜的計(jì)算流程進(jìn)行數(shù)據(jù)處理，生物研究人員很難訪(fǎng)問(wèn)這種格式的數(shù)據(jù)。搭建了PanglaoDB數(shù)據(jù)庫(kù)，通過(guò)基于web的接口來(lái)探索scRNA seq數(shù)據(jù)，徹底降低生物研究人員的入門(mén)成本。

PanglaoDB數(shù)據(jù)庫(kù)，這是2019年年初發(fā)布的一個(gè)單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)包含了超過(guò)1000個(gè)單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)的預(yù)處理和預(yù)計(jì)算分析，涵蓋了大多數(shù)主要的單細(xì)胞平臺(tái)和分析流程，基于來(lái)自各種組織和器官的超過(guò)400萬(wàn)個(gè)細(xì)胞。同時(shí)包含了6000多個(gè)marker基因，可用于細(xì)胞分群注釋的marker數(shù)據(jù)庫(kù)。它的數(shù)據(jù)主要源于已經(jīng)公開(kāi)發(fā)表的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。

該數(shù)據(jù)庫(kù)包含了超過(guò)1054個(gè)單細(xì)胞實(shí)驗(yàn)的預(yù)處理和預(yù)計(jì)算分析，涵蓋了大多數(shù)主要的單細(xì)胞平臺(tái)和分析流程，基于來(lái)自各種組織和器官的超過(guò)400萬(wàn)個(gè)細(xì)胞，在線(xiàn)界面允許用戶(hù)查詢(xún)和探索細(xì)胞類(lèi)型。

但是從上面的截圖來(lái)看，老鼠的數(shù)據(jù)是要多于人類(lèi)的，但是這不影響我們選擇這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的原因，因?yàn)閱渭?xì)胞不管是從注釋上來(lái)說(shuō)，還是從資源獲取上來(lái)說(shuō)，都是多途徑多維度比較好~

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的单细胞数据库PanglaoDB使用指南的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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