PanglaoDB的背景介紹

單細胞相關(guān)的研究數(shù)據(jù)常常以原始數(shù)據(jù)的形式存儲，由于需要使用復雜的計算流程進行數(shù)據(jù)處理，生物研究人員很難訪問這種格式的數(shù)據(jù)。搭建了PanglaoDB數(shù)據(jù)庫，通過基于web的接口來探索scRNA seq數(shù)據(jù)，徹底降低生物研究人員的入門成本。

PanglaoDB數(shù)據(jù)庫，這是2019年年初發(fā)布的一個單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫包含了超過1000個單細胞實驗的預(yù)處理和預(yù)計算分析，涵蓋了大多數(shù)主要的單細胞平臺和分析流程，基于來自各種組織和器官的超過400萬個細胞。同時包含了6000多個marker基因，可用于細胞分群注釋的marker數(shù)據(jù)庫。它的數(shù)據(jù)主要源于已經(jīng)公開發(fā)表的單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。

該數(shù)據(jù)庫包含了超過1054個單細胞實驗的預(yù)處理和預(yù)計算分析，涵蓋了大多數(shù)主要的單細胞平臺和分析流程，基于來自各種組織和器官的超過400萬個細胞，在線界面允許用戶查詢和探索細胞類型。

但是從上面的截圖來看，老鼠的數(shù)據(jù)是要多于人類的，但是這不影響我們選擇這個數(shù)據(jù)庫的原因，因為單細胞不管是從注釋上來說，還是從資源獲取上來說，都是多途徑多維度比較好~

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的单细胞数据库PanglaoDB使用指南的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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