肿瘤相关甲基化预后分析数据库SurvivalMeth详细使用指南
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肿瘤相关甲基化预后分析数据库SurvivalMeth详细使用指南
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SurvivalMeth數據。廣泛研究表明,DNA甲基化相關功能元件(DMFE),如CpG島相關元件(CIR)、轉錄相關元件(TR)、重復元件(RE)及細胞類型特異性CTCF結合區(CTCFBR)和超級增強子(SE)等,可作為腫瘤患者生存預后的潛在標志物。SurvivalMeth數據庫收集來自TCGA、CCLE和GEO等數據庫中36個腫瘤的13371個樣本中81個DNA甲基化圖譜數據,涵蓋19000個編碼基因、1689653個超級增強子、1304902個CTCFBR和77634個重復元件,總計超過480000個DNA甲基化位點信息,構建比例風險回歸模型,提供感興趣基因及甲基化相關功能元件的預后分析功能,用戶可以進行自定基因或甲基化功能元件組合,借助SurvivalMeth數據庫完成預后相關DMFEs的全面分析,包括DMFE甲基化水平、相關分析、臨床分析、差異分析、DMFE注釋及生存分析與可視化等。
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