說到本體論，生信的同學(xué)估計(jì)第一個(gè)想到的就是基因本體論 ( Gene Ontology, GO ) 了，而基因本體論其實(shí)也是開放生物醫(yī)學(xué)系統(tǒng)注釋（Open Biomedical Ontologies (OBO)）下的一個(gè)分類項(xiàng)目。今天來說另外一個(gè)生物科學(xué)數(shù)據(jù)分析和數(shù)據(jù)管理本體論——EDAM - Bioscientific data analysis ontology。

背景知識

關(guān)于本體論，本體論與生物醫(yī)學(xué)的一些背景知識可以參考隔壁老濕在簡書的《學(xué)習(xí)筆記：本體論與生物醫(yī)學(xué)》一文，或者直接閱讀本文章的原文。

這里主要聊一下?EDAM - Bioscientific data analysis ontology。

EDAM 是生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域研究 GO 以外的又一個(gè)例子，個(gè)人最開始是從 Galaxy Project 了解得到，EDAM 在 Galaxy 項(xiàng)目中主要用于解決海量生物醫(yī)學(xué)工具在 Galaxy 平臺面板中分類不統(tǒng)一，用戶難以查找的難題而被納入使用。最早在 Galaxy Release 21.09 版本中上線（參考：《Galaxy Release (v 21.09)，新的工具面板視圖 - 語雀》）。

Galaxy Project - Replace tool panel sections with EDAM

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簡介

EDAM - Ontology of bioscientific data analysis and data management，是一個(gè)全面的本體論，包含了在生物科學(xué)數(shù)據(jù)分析和數(shù)據(jù)管理(包括計(jì)算生物學(xué)、生物信息學(xué)和生物圖像信息學(xué))中廣泛存在的既定的、熟悉的概念。EDAM 包括與生命科學(xué)中的數(shù)據(jù)分析和數(shù)據(jù)管理相關(guān)的主題（topics）、操作（operations）、數(shù)據(jù)類型（types of data）和數(shù)據(jù)標(biāo)識符（data identifiers）以及數(shù)據(jù)格式（data formats）。EDAM 提供了一組包含首選術(shù)語和同義詞、相關(guān)術(shù)語、定義和其他信息的概念，組織成一個(gè)簡單直觀的層次結(jié)構(gòu)，以方便使用（見下圖）。

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來源：科研星球網(wǎng)站

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總結(jié)

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