說(shuō)到本體論，生信的同學(xué)估計(jì)第一個(gè)想到的就是基因本體論 ( Gene Ontology, GO ) 了，而基因本體論其實(shí)也是開(kāi)放生物醫(yī)學(xué)系統(tǒng)注釋（Open Biomedical Ontologies (OBO)）下的一個(gè)分類項(xiàng)目。今天來(lái)說(shuō)另外一個(gè)生物科學(xué)數(shù)據(jù)分析和數(shù)據(jù)管理本體論——EDAM - Bioscientific data analysis ontology。

背景知識(shí)

關(guān)于本體論，本體論與生物醫(yī)學(xué)的一些背景知識(shí)可以參考隔壁老濕在簡(jiǎn)書(shū)的《學(xué)習(xí)筆記：本體論與生物醫(yī)學(xué)》一文，或者直接閱讀本文章的原文。

這里主要聊一下?EDAM - Bioscientific data analysis ontology。

EDAM 是生物醫(yī)學(xué)領(lǐng)域研究 GO 以外的又一個(gè)例子，個(gè)人最開(kāi)始是從 Galaxy Project 了解得到，EDAM 在 Galaxy 項(xiàng)目中主要用于解決海量生物醫(yī)學(xué)工具在 Galaxy 平臺(tái)面板中分類不統(tǒng)一，用戶難以查找的難題而被納入使用。最早在 Galaxy Release 21.09 版本中上線（參考：《Galaxy Release (v 21.09)，新的工具面板視圖 - 語(yǔ)雀》）。

Galaxy Project - Replace tool panel sections with EDAM

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簡(jiǎn)介

EDAM - Ontology of bioscientific data analysis and data management，是一個(gè)全面的本體論，包含了在生物科學(xué)數(shù)據(jù)分析和數(shù)據(jù)管理(包括計(jì)算生物學(xué)、生物信息學(xué)和生物圖像信息學(xué))中廣泛存在的既定的、熟悉的概念。EDAM 包括與生命科學(xué)中的數(shù)據(jù)分析和數(shù)據(jù)管理相關(guān)的主題（topics）、操作（operations）、數(shù)據(jù)類型（types of data）和數(shù)據(jù)標(biāo)識(shí)符（data identifiers）以及數(shù)據(jù)格式（data formats）。EDAM 提供了一組包含首選術(shù)語(yǔ)和同義詞、相關(guān)術(shù)語(yǔ)、定義和其他信息的概念，組織成一個(gè)簡(jiǎn)單直觀的層次結(jié)構(gòu)，以方便使用（見(jiàn)下圖）。

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的生物科学数据分析和数据管理本体论的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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